TY - JOUR AU - Perou, C. M. AU - Sorlie, T. AU - Eisen, M. B. AU - Rijn, M. v. a. n. d. e. AU - Jeffrey, S. S. AU - Rees, C. A. AU - Pollack, J. R. AU - Ross, D. T. AU - Johnsen, H. AU - Akslen, L. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Molecular portraits of human breast tumours JO - Nature VL - 406 UR - https://doi.org/10.1038/35021093 DO - 10.1038/35021093 ID - Perou2000 ER - TY - JOUR AU - van't Veer, L. J. AU - Dai, H. AU - Vijver, M. J. v. a. n. d. e. AU - He, Y. D. AU - Hart, A. A. AU - Mao, M. AU - Peterse, H. L. AU - Kooy, K. v. a. n. d. e. r. AU - Marton, M. J. AU - Witteveen, A. T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Gene expression profiling predicts clinical outcome of breast cancer JO - Nature VL - 415 UR - https://doi.org/10.1038/415530a DO - 10.1038/415530a ID - van't Veer2002 ER - TY - JOUR AU - Paik, S. AU - Shak, S. AU - Tang, G. AU - Kim, C. AU - Baker, J. AU - Cronin, M. AU - Baehner, F. L. AU - Walker, M. G. AU - Watson, D. AU - Park, T. PY - 2004 DA - 2004// TI - A multigene assay to predict recurrence of tamoxifen-treated, node-negative breast cancer JO - N Engl J Med VL - 351 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa041588 DO - 10.1056/NEJMoa041588 ID - Paik2004 ER - TY - JOUR AU - Burczynski, M. E. AU - Dorner, A. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Transcriptional profiling of peripheral blood cells in clinical pharmacogenomic studies JO - Pharmacogenomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.2217/14622416.7.2.187 DO - 10.2217/14622416.7.2.187 ID - Burczynski2006 ER - TY - JOUR AU - Aune, T. M. AU - Maas, K. AU - Parker, J. AU - Moore, J. H. AU - Olsen, N. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Profiles of gene expression in human autoimmune disease JO - Cell Biochem Biophys VL - 40 UR - https://doi.org/10.1385/CBB:40:2:081 DO - 10.1385/CBB:40:2:081 ID - Aune2004 ER - TY - JOUR AU - Baechler, E. C. AU - Batliwalla, F. M. AU - Reed, A. M. AU - Peterson, E. J. AU - Gaffney, P. M. AU - Moser, K. L. AU - Gregersen, P. K. AU - Behrens, T. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Gene expression profiling in human autoimmunity JO - Immunol Rev VL - 210 UR - https://doi.org/10.1111/j.0105-2896.2006.00367.x DO - 10.1111/j.0105-2896.2006.00367.x ID - Baechler2006 ER - TY - JOUR AU - Bierhaus, A. AU - Wolf, J. AU - Andrassy, M. AU - Rohleder, N. AU - Humpert, P. M. AU - Petrov, D. AU - Ferstl, R. AU - von Eynatten, M. AU - Wendt, T. AU - Rudofsky, G. PY - 2003 DA - 2003// TI - A mechanism converting psychosocial stress into mononuclear cell activation JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0438019100 DO - 10.1073/pnas.0438019100 ID - Bierhaus2003 ER - TY - JOUR AU - Nagabhushan, M. AU - Mathews, H. L. AU - Witek-Janusek, L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Aberrant nuclear expression of AP-1 and NFkappaB in lymphocytes of women stressed by the experience of breast biopsy JO - Brain Behav Immun VL - 15 UR - https://doi.org/10.1006/brbi.2000.0589 DO - 10.1006/brbi.2000.0589 ID - Nagabhushan2001 ER - TY - JOUR AU - Petersen, A. M. AU - Pedersen, B. K. PY - 2005 DA - 2005// TI - The anti-inflammatory effect of exercise JO - J Appl Physiol VL - 98 UR - https://doi.org/10.1152/japplphysiol.00164.2004 DO - 10.1152/japplphysiol.00164.2004 ID - Petersen2005 ER - TY - JOUR AU - Sureda, A. AU - Ferrer, M. D. AU - Tauler, P. AU - Maestre, I. AU - Aguilo, A. AU - Cordova, A. AU - Tur, J. A. AU - Roche, E. AU - Pons, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Intense physical activity enhances neutrophil antioxidant enzyme gene expression. Immunocytochemistry evidence for catalase secretion JO - Free Radic Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1080/10715760701416459 DO - 10.1080/10715760701416459 ID - Sureda2007 ER - TY - JOUR AU - van Erk, M. J. AU - Blom, W. A. AU - van Ommen, B. AU - Hendriks, H. F. PY - 2006 DA - 2006// TI - High-protein and high-carbohydrate breakfasts differentially change the transcriptome of human blood cells JO - Am J Clin Nutr VL - 84 ID - van Erk2006 ER - TY - JOUR AU - Boldrick, J. C. AU - Alizadeh, A. A. AU - Diehn, M. AU - Dudoit, S. AU - Liu, C. L. AU - Belcher, C. E. AU - Botstein, D. AU - Staudt, L. M. AU - Brown, P. O. AU - Relman, D. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Stereotyped and specific gene expression programs in human innate immune responses to bacteria JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.231625398 DO - 10.1073/pnas.231625398 ID - Boldrick2002 ER - TY - JOUR AU - Spurrell, J. C. AU - Wiehler, S. AU - Zaheer, R. S. AU - Sanders, S. P. AU - Proud, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Human airway epithelial cells produce IP-10 (CXCL10) in vitro and in vivo upon rhinovirus infection JO - Am J Physiol Lung Cell Mol Physiol VL - 289 UR - https://doi.org/10.1152/ajplung.00397.2004 DO - 10.1152/ajplung.00397.2004 ID - Spurrell2005 ER - TY - JOUR AU - Stockl, J. AU - Vetr, H. AU - Majdic, O. AU - Zlabinger, G. AU - Kuechler, E. AU - Knapp, W. PY - 1999 DA - 1999// TI - Human major group rhinoviruses downmodulate the accessory function of monocytes by inducing IL-10 JO - J Clin Invest VL - 104 UR - https://doi.org/10.1172/JCI7255 DO - 10.1172/JCI7255 ID - Stockl1999 ER - TY - JOUR AU - McLoughlin, K. AU - Turteltaub, K. AU - Bankaitis-Davis, D. AU - Gerren, R. AU - Siconolfi, L. AU - Storm, K. AU - Cheronis, J. AU - Trollinger, D. AU - Macejak, D. AU - Tryon, V. AU - Bevilacqua, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Limited dynamic range of immune response gene expression observed in healthy blood donors using RT-PCR JO - Mol Med VL - 12 UR - https://doi.org/10.2119/2006-00018.McLoughlin DO - 10.2119/2006-00018.McLoughlin ID - McLoughlin2006 ER - TY - JOUR AU - Baechler, E. C. AU - Batliwalla, F. M. AU - Karypis, G. AU - Gaffney, P. M. AU - Moser, K. AU - Ortmann, W. A. AU - Espe, K. J. AU - Balasubramanian, S. AU - Hughes, K. M. AU - Chan, J. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Expression levels for many genes in human peripheral blood cells are highly sensitive to ex vivo incubation JO - Genes Immun VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/sj.gene.6364098 DO - 10.1038/sj.gene.6364098 ID - Baechler2004 ER - TY - JOUR AU - Hartel, C. AU - Bein, G. AU - Muller-Steinhardt, M. AU - Kluter, H. PY - 2001 DA - 2001// TI - Ex vivo induction of cytokine mRNA expression in human blood samples JO - J Immunol Methods VL - 249 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-1759(00)00334-3 DO - 10.1016/S0022-1759(00)00334-3 ID - Hartel2001 ER - TY - JOUR AU - Campbell, C. AU - Vernon, S. D. AU - Karem, K. L. AU - Nisenbaum, R. AU - Unger, E. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Assessment of normal variability in peripheral blood gene expression JO - Dis Markers VL - 18 UR - https://doi.org/10.1155/2002/462465 DO - 10.1155/2002/462465 ID - Campbell2002 ER - TY - JOUR AU - Eady, J. J. AU - Wortley, G. M. AU - Wormstone, Y. M. AU - Hughes, J. C. AU - Astley, S. B. AU - Foxall, R. J. AU - Doleman, J. F. AU - Elliott, R. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Variation in gene expression profiles of peripheral blood mononuclear cells from healthy volunteers JO - Physiol Genomics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1152/physiolgenomics.00080.2005 DO - 10.1152/physiolgenomics.00080.2005 ID - Eady2005 ER - TY - JOUR AU - Radich, J. P. AU - Mao, M. AU - Stepaniants, S. AU - Biery, M. AU - Castle, J. AU - Ward, T. AU - Schimmack, G. AU - Kobayashi, S. AU - Carleton, M. AU - Lampe, J. AU - Linsley, P. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Individual-specific variation of gene expression in peripheral blood leukocytes JO - Genomics VL - 83 UR - https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2003.12.013 DO - 10.1016/j.ygeno.2003.12.013 ID - Radich2004 ER - TY - JOUR AU - Whitney, A. R. AU - Diehn, M. AU - Popper, S. J. AU - Alizadeh, A. A. AU - Boldrick, J. C. AU - Relman, D. A. AU - Brown, P. O. PY - 2003 DA - 2003// TI - Individuality and variation in gene expression patterns in human blood JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.252784499 DO - 10.1073/pnas.252784499 ID - Whitney2003 ER - TY - JOUR AU - Cobb, J. P. AU - Mindrinos, M. N. AU - Miller-Graziano, C. AU - Calvano, S. E. AU - Baker, H. V. AU - Xiao, W. AU - Laudanski, K. AU - Brownstein, B. H. AU - Elson, C. M. AU - Hayden, D. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Application of genome-wide expression analysis to human health and disease JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0409768102 DO - 10.1073/pnas.0409768102 ID - Cobb2005 ER - TY - JOUR AU - Palmer, C. AU - Diehn, M. AU - Alizadeh, A. A. AU - Brown, P. O. PY - 2006 DA - 2006// TI - Cell-type specific gene expression profiles of leukocytes in human peripheral blood JO - BMC Genomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-7-115 DO - 10.1186/1471-2164-7-115 ID - Palmer2006 ER - TY - JOUR AU - Fan, H. AU - Hegde, P. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - The transcriptome in blood: challenges and solutions for robust expression profiling JO - Curr Mol Med VL - 5 UR - https://doi.org/10.2174/1566524053152861 DO - 10.2174/1566524053152861 ID - Fan2005 ER - TY - JOUR AU - Kim, S. J. AU - Dix, D. J. AU - Thompson, K. E. AU - Murrell, R. N. AU - Schmid, J. E. AU - Gallagher, J. E. AU - Rockett, J. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Effects of storage, RNA extraction, genechip type, and donor sex on gene expression profiling of human whole blood JO - Clin Chem VL - 53 UR - https://doi.org/10.1373/clinchem.2006.078436 DO - 10.1373/clinchem.2006.078436 ID - Kim2007 ER - TY - JOUR AU - Bolstad, B. M. AU - Irizarry, R. A. AU - Astrand, M. AU - Speed, T. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - A comparison of normalization methods for high density oligonucleotide array data based on variance and bias JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/19.2.185 DO - 10.1093/bioinformatics/19.2.185 ID - Bolstad2003 ER - TY - JOUR AU - Huggett, J. AU - Dheda, K. AU - Bustin, S. AU - Zumla, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Real-time RT-PCR normalisation; strategies and considerations JO - Genes Immun VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/sj.gene.6364190 DO - 10.1038/sj.gene.6364190 ID - Huggett2005 ER - TY - JOUR AU - Fellenberg, K. AU - Hauser, N. C. AU - Brors, B. AU - Neutzner, A. AU - Hoheisel, J. D. AU - Vingron, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Correspondence analysis applied to microarray data JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.181597298 DO - 10.1073/pnas.181597298 ID - Fellenberg2001 ER - TY - BOOK AU - Pinheiro, J. C. AU - Bates, D. M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Mixed-effects models in S and S-PLUS PB - Springer CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4419-0318-1 DO - 10.1007/978-1-4419-0318-1 ID - Pinheiro2000 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the False Discovery Rate – a Practical and Powerful Approach to Multiple Testing JO - Journal of the Royal Statistical Society Series B-Methodological VL - 57 ID - Benjamini1995 ER - TY - JOUR AU - Bland, J. M. AU - Altman, D. G. PY - 1986 DA - 1986// TI - Statistical methods for assessing agreement between two methods of clinical measurement JO - Lancet VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(86)90837-8 DO - 10.1016/S0140-6736(86)90837-8 ID - Bland1986 ER - TY - JOUR AU - Bas, A. AU - Forsberg, G. AU - Hammarstrom, S. AU - Hammarstrom, M. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Utility of the housekeeping genes 18S rRNA, beta-actin and glyceraldehyde-3-phosphate-dehydrogenase for normalization in real-time quantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction analysis of gene expression in human T lymphocytes JO - Scand J Immunol VL - 59 UR - https://doi.org/10.1111/j.0300-9475.2004.01440.x DO - 10.1111/j.0300-9475.2004.01440.x ID - Bas2004 ER - TY - JOUR AU - Silver, N. AU - Best, S. AU - Jiang, J. AU - Thein, S. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Selection of housekeeping genes for gene expression studies in human reticulocytes using real-time PCR JO - BMC Mol Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2199-7-33 DO - 10.1186/1471-2199-7-33 ID - Silver2006 ER - TY - JOUR AU - Radonic, A. AU - Thulke, S. AU - Mackay, I. M. AU - Landt, O. AU - Siegert, W. AU - Nitsche, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Guideline to reference gene selection for quantitative real-time PCR JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 313 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2003.11.177 DO - 10.1016/j.bbrc.2003.11.177 ID - Radonic2004 ER - TY - JOUR AU - Barber, R. D. AU - Harmer, D. W. AU - Coleman, R. A. AU - Clark, B. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - GAPDH as a housekeeping gene: analysis of GAPDH mRNA expression in a panel of 72 human tissues JO - Physiol Genomics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1152/physiolgenomics.00025.2005 DO - 10.1152/physiolgenomics.00025.2005 ID - Barber2005 ER - TY - JOUR AU - Li, X. AU - Kim, J. AU - Zhou, J. AU - Gu, W. AU - Quigg, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Use of signal thresholds to determine significant changes in microarray data analyses JO - Genet Mol Biol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1590/S1415-47572005000200002 DO - 10.1590/S1415-47572005000200002 ID - Li2005 ER - TY - JOUR AU - Dobbin, K. K. AU - Beer, D. G. AU - Meyerson, M. AU - Yeatman, T. J. AU - Gerald, W. L. AU - Jacobson, J. W. AU - Conley, B. AU - Buetow, K. H. AU - Heiskanen, M. AU - Simon, R. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Interlaboratory comparability study of cancer gene expression analysis using oligonucleotide microarrays JO - Clin Cancer Res VL - 11 ID - Dobbin2005 ER - TY - JOUR AU - Zhang, J. AU - Finney, R. P. AU - Clifford, R. J. AU - Derr, L. K. AU - Buetow, K. H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Detecting false expression signals in high-density oligonucleotide arrays by an in silico approach JO - Genomics VL - 85 UR - https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2004.11.004 DO - 10.1016/j.ygeno.2004.11.004 ID - Zhang2005 ER - TY - JOUR AU - Tang, Y. AU - Lu, A. AU - Ran, R. AU - Aronow, B. J. AU - Schorry, E. K. AU - Hopkin, R. J. AU - Gilbert, D. L. AU - Glauser, T. A. AU - Hershey, A. D. AU - Richtand, N. W. PY - 2004 DA - 2004// TI - Human blood genomics: distinct profiles for gender, age and neurofibromatosis type 1 JO - Brain Res Mol Brain Res VL - 132 UR - https://doi.org/10.1016/j.molbrainres.2003.10.014 DO - 10.1016/j.molbrainres.2003.10.014 ID - Tang2004 ER - TY - JOUR AU - Welle, S. AU - Brooks, A. I. AU - Delehanty, J. M. AU - Needler, N. AU - Thornton, C. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Gene expression profile of aging in human muscle JO - Physiol Genomics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1152/physiolgenomics.00049.2003 DO - 10.1152/physiolgenomics.00049.2003 ID - Welle2003 ER - TY - JOUR AU - Galvin, J. E. AU - Ginsberg, S. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Expression profiling in the aging brain: a perspective JO - Ageing Res Rev VL - 4 UR - https://doi.org/10.1016/j.arr.2005.06.009 DO - 10.1016/j.arr.2005.06.009 ID - Galvin2005 ER - TY - JOUR AU - Fisher, E. M. AU - Beer-Romero, P. AU - Brown, L. G. AU - Ridley, A. AU - McNeil, J. A. AU - Lawrence, J. B. AU - Willard, H. F. AU - Bieber, F. R. AU - Page, D. C. PY - 1990 DA - 1990// TI - Homologous ribosomal protein genes on the human X and Y chromosomes: escape from X inactivation and possible implications for Turner syndrome JO - Cell VL - 63 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(90)90416-C DO - 10.1016/0092-8674(90)90416-C ID - Fisher1990 ER - TY - JOUR AU - Punyadeera, C. AU - Dassen, H. AU - Klomp, J. AU - Dunselman, G. AU - Kamps, R. AU - Dijcks, F. AU - Ederveen, A. AU - de Goeij, A. AU - Groothuis, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Oestrogen-modulated gene expression in the human endometrium JO - Cell Mol Life Sci VL - 62 UR - https://doi.org/10.1007/s00018-004-4435-y DO - 10.1007/s00018-004-4435-y ID - Punyadeera2005 ER - TY - JOUR AU - Chua, M. S. AU - Barry, C. AU - Chen, X. AU - Salvatierra, O. AU - Sarwal, M. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Molecular profiling of anemia in acute renal allograft rejection using DNA microarrays JO - Am J Transplant VL - 3 UR - https://doi.org/10.1034/j.1600-6143.2003.30104.x DO - 10.1034/j.1600-6143.2003.30104.x ID - Chua2003 ER - TY - JOUR AU - Ono, T. AU - Kurashige, T. AU - Harada, N. AU - Noguchi, Y. AU - Saika, T. AU - Niikawa, N. AU - Aoe, M. AU - Nakamura, S. AU - Higashi, T. AU - Hiraki, A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Identification of proacrosin binding protein sp32 precursor as a human cancer/testis antigen JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.041625098 DO - 10.1073/pnas.041625098 ID - Ono2001 ER - TY - JOUR AU - Schneider, C. AU - King, R. M. AU - Philipson, L. PY - 1988 DA - 1988// TI - Genes specifically expressed at growth arrest of mammalian cells JO - Cell VL - 54 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(88)91065-3 DO - 10.1016/S0092-8674(88)91065-3 ID - Schneider1988 ER - TY - JOUR AU - Yang, H. AU - Harrington, C. A. AU - Vartanian, K. AU - Coldren, C. D. AU - Hall, R. AU - Churchill, G. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Randomization in laboratory procedure is key to obtaining reproducible microarray results JO - PLoS ONE VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0003724 DO - 10.1371/journal.pone.0003724 ID - Yang2008 ER - TY - STD TI - The pre-publication history for this paper can be accessed here:http://www.biomedcentral.com/1755-8794/2/33/prepub UR - http://www.biomedcentral.com/1755-8794/2/33/prepub ID - ref48 ER -