TY - JOUR AU - Futreal, P. AU - Coin, L. AU - Marshall, M. AU - Down, T. AU - Hubbard, T. AU - Wooster, R. AU - Rahman, N. AU - Stratton, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - A census of human cancer genes JO - Nat Rev Cancer VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nrc1299 DO - 10.1038/nrc1299 ID - Futreal2004 ER - TY - JOUR AU - Stratton, M. AU - Campbell, P. AU - Futreal, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - The cancer genome JO - Nature VL - 458 UR - https://doi.org/10.1038/nature07943 DO - 10.1038/nature07943 ID - Stratton2009 ER - TY - JOUR AU - Kinzler, K. AU - Vogelstein, B. PY - 1996 DA - 1996// TI - Lessons from hereditary colorectal cancer JO - Cell VL - 87 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)81333-1 DO - 10.1016/S0092-8674(00)81333-1 ID - Kinzler1996 ER - TY - JOUR AU - Hanahan, D. AU - Weinberg, R. PY - 2000 DA - 2000// TI - The hallmarks of cancer JO - Cell VL - 100 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)81683-9 DO - 10.1016/S0092-8674(00)81683-9 ID - Hanahan2000 ER - TY - JOUR AU - Lengauer, C. AU - Kinzler, K. AU - Vogelstein, B. PY - 1998 DA - 1998// TI - Genetic instabilities in human cancers JO - Nature VL - 396 UR - https://doi.org/10.1038/25292 DO - 10.1038/25292 ID - Lengauer1998 ER - TY - JOUR AU - Stallings, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Origin and functional significance of large-scale chromosomal imbalances in neuroblastoma JO - Cytogenet Genome Res VL - 118 UR - https://doi.org/10.1159/000108291 DO - 10.1159/000108291 ID - Stallings2007 ER - TY - JOUR AU - Weir, B. A. AU - Woo, M. S. AU - Getz, G. AU - Perner, S. AU - Ding, L. AU - Beroukhim, R. AU - Lin, W. M. AU - Province, M. A. AU - Kraja, A. AU - Johnson, L. A. AU - Shah, K. AU - Sato, M. AU - Thomas, R. K. AU - Barletta, J. A. AU - Borecki, I. B. AU - Broderick, S. AU - Chang, A. C. AU - Chiang, D. Y. AU - Chirieac, L. R. AU - Cho, J. AU - Fujii, Y. AU - Gazdar, A. F. AU - Giordano, T. AU - Greulich, H. AU - Hanna, M. AU - Johnson, B. E. AU - Kris, M. G. AU - Lash, A. AU - Lin, L. AU - Lindeman, N. AU - Mardis, E. R. AU - McPherson, J. D. AU - Minna, J. D. AU - Morgan, M. B. AU - Nadel, M. AU - Orringer, M. B. AU - Osborne, J. R. AU - Ozenberger, B. AU - Ramos, A. H. AU - Robinson, J. AU - Roth, J. A. AU - Rusch, V. AU - Sasaki, H. AU - Shepherd, F. AU - Sougnez, C. AU - Spitz, M. R. AU - Tsao, M. S. AU - Twomey, D. AU - Verhaak, R. G. W. AU - Weinstock, G. M. AU - Wheeler, D. A. AU - Winckler, W. AU - Yoshizawa, A. AU - Yu, S. AU - Zakowski, M. F. AU - Zhang, Q. AU - Beer, D. G. AU - Wistuba, I. I. AU - Watson, M. A. AU - Garraway, L. A. AU - Ladanyi, M. AU - Travis, W. D. AU - Pao, W. AU - Rubin, M. A. AU - Gabriel, S. B. AU - Gibbs, R. A. AU - Varmus, H. E. AU - Wilson, R. K. AU - Lander, E. S. AU - Meyerson, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Characterizing the cancer genome in lung adenocarcinoma JO - Nature VL - 450 UR - https://doi.org/10.1038/nature06358 DO - 10.1038/nature06358 ID - Weir2007 ER - TY - JOUR AU - Myllykangas, S. AU - Himberg, J. AU - Bohling, T. AU - Nagy, B. AU - Hollmen, J. AU - Knuutila, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - DNA copy number amplification profiling of human neoplasms JO - Oncogene VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/sj.onc.1209717 DO - 10.1038/sj.onc.1209717 ID - Myllykangas2006 ER - TY - JOUR AU - Coe, B. AU - Lockwood, W. AU - Girard, L. AU - Chari, R. AU - Macaulay, C. AU - Lam, S. AU - Gazdar, A. AU - Minna, J. AU - Lam, W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Di erential disruption of cell cycle pathways in small cell and non-small cell lung cancer JO - Br J Cancer VL - 94 UR - https://doi.org/10.1038/sj.bjc.6603167 DO - 10.1038/sj.bjc.6603167 ID - Coe2006 ER - TY - JOUR AU - Baudis, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genomic imbalances in 5918 malignant epithelial tumors: an explorative meta-analysis of chromosomal CGH data JO - BMC Cancer VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2407-7-226 DO - 10.1186/1471-2407-7-226 ID - Baudis2007 ER - TY - JOUR AU - Kallioniemi, A. AU - Kallioniemi, O. AU - Sudar, D. AU - Rutovitz, D. AU - Gray, J. AU - Waldman, F. AU - Pinkel, D. PY - 1992 DA - 1992// TI - Comparative genomic hybridization for molecular cytogenetic analysis of solid tumors JO - Science VL - 258 UR - https://doi.org/10.1126/science.1359641 DO - 10.1126/science.1359641 ID - Kallioniemi1992 ER - TY - JOUR AU - du Manoir, S. AU - Speicher, M. AU - Joos, S. AU - Schrock, E. AU - Popp, S. AU - Dohner, H. AU - Kovacs, G. AU - Robert-Nicoud, M. AU - Lichter, P. AU - Cremer, T. PY - 1993 DA - 1993// TI - Detection of complete and partial chromosome gains and losses by comparative genomic in situ hybridization JO - Hum Genet VL - 90 UR - https://doi.org/10.1007/BF00202476 DO - 10.1007/BF00202476 ID - du Manoir1993 ER - TY - JOUR AU - Joos, S. AU - Scherthan, H. AU - Speicher, M. AU - Schlegel, J. AU - Cremer, T. AU - Lichter, P. PY - 1993 DA - 1993// TI - Detection of amplified DNA sequences by reverse chromosome painting using genomic tumor DNA as probe JO - Hum Genet VL - 90 UR - https://doi.org/10.1007/BF00202475 DO - 10.1007/BF00202475 ID - Joos1993 ER - TY - JOUR AU - Solinas-Toldo, S. AU - Lampel, S. AU - Stilgenbauer, S. AU - Nickolenko, J. AU - Benner, A. AU - Dohner, H. AU - Cremer, T. AU - Lichter, P. PY - 1997 DA - 1997// TI - Matrix-based comparative genomic hybridization: biochips to screen for genomic imbalances JO - Genes Chromosomes Cancer VL - 20 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-I DO - 3.0.CO;2-I ID - Solinas-Toldo1997 ER - TY - JOUR AU - Pinkel, D. AU - Albertson, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparative genomic hybridization JO - Annu Rev Genomics Hum Genet VL - 6 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.genom.6.080604.162140 DO - 10.1146/annurev.genom.6.080604.162140 ID - Pinkel2005 ER - TY - JOUR AU - Beroukhim, R. AU - Mermel, C. AU - Porter, D. AU - Wei, G. AU - Raychaudhuri, S. AU - Donovan, J. AU - Barretina, J. AU - Boehm, J. AU - Dobson, J. AU - Urashima, M. AU - Henry, K. M. AU - Pinchback, R. AU - Ligon, A. AU - Cho, Y. AU - Haery, L. AU - Greulich, H. AU - Reich, M. AU - Winckler, W. AU - Lawrence, M. AU - Weir, B. AU - Tanaka, K. AU - Chiang, D. AU - Bass, A. AU - Loo, A. AU - Hoffman, C. AU - Prensner, J. AU - Liefeld, T. AU - Gao, Q. AU - Yecies, D. AU - Signoretti, S. AU - Maher, E. AU - Kaye, F. AU - Sasaki, H. AU - Tepper, J. AU - Fletcher, J. AU - Tabernero, J. AU - Baselga, J. AU - Tsao, M. AU - Demichelis, F. AU - Rubin, M. AU - Janne, P. AU - Daly, M. AU - Nucera, C. AU - Levine, R. AU - Ebert, B. AU - Gabriel, S. AU - Rustgi, A. AU - Antonescu, C. AU - Ladanyi, M. AU - Letai, A. AU - Garraway, L. AU - Loda, M. AU - Beer, D. AU - True, L. AU - Okamoto, A. AU - Pomeroy, S. AU - Singer, S. AU - Golub, T. AU - Lander, E. AU - Getz, G. AU - Sellers, W. AU - Meyerson, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - The landscape of somatic copy-number alteration across human cancers JO - Nature VL - 463 UR - https://doi.org/10.1038/nature08822 DO - 10.1038/nature08822 ID - Beroukhim2010 ER - TY - JOUR AU - Liu, J. AU - Ranka, S. AU - Kahveci, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Markers improve clustering of CGH data JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl624 DO - 10.1093/bioinformatics/btl624 ID - Liu2007 ER - TY - JOUR AU - Hoglund, M. AU - Frigyesi, A. AU - Sall, T. AU - Gisselsson, D. AU - Mitelman, F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Statistical behavior of complex cancer karyotypes JO - Genes Chromosomes Cancer VL - 42 UR - https://doi.org/10.1002/gcc.20143 DO - 10.1002/gcc.20143 ID - Hoglund2005 ER - TY - JOUR AU - Desper, R. AU - Jiang, F. AU - Kallioniemi, O. AU - Moch, H. AU - Papadimitriou, C. AU - Schaffer, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Distance-based reconstruction of tree models for oncogenesis JO - J Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1089/10665270050514936 DO - 10.1089/10665270050514936 ID - Desper2000 ER - TY - JOUR AU - Gerstung, M. AU - Baudis, M. AU - Moch, H. AU - Beerenwinkel, N. PY - 2009 DA - 2009// TI - Quantifying cancer progression with conjunctive Bayesian networks JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp505 DO - 10.1093/bioinformatics/btp505 ID - Gerstung2009 ER - TY - JOUR AU - Vogelstein, B. AU - Fearon, E. AU - Hamilton, S. AU - Kern, S. AU - Preisinger, A. AU - Leppert, M. AU - Nakamura, Y. AU - White, R. AU - Smits, A. AU - Bos, J. PY - 1988 DA - 1988// TI - Genetic alterations during colorectal-tumor development JO - N Engl J Med VL - 319 UR - https://doi.org/10.1056/NEJM198809013190901 DO - 10.1056/NEJM198809013190901 ID - Vogelstein1988 ER - TY - JOUR AU - Dohner, H. AU - Stilgenbauer, S. AU - Benner, A. AU - Leupolt, E. AU - Krober, A. AU - Bullinger, L. AU - Dohner, K. AU - Bentz, M. AU - Lichter, P. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genomic aberrations and survival in chronic lymphocytic leukemia JO - N Engl J Med VL - 343 UR - https://doi.org/10.1056/NEJM200012283432602 DO - 10.1056/NEJM200012283432602 ID - Dohner2000 ER - TY - JOUR AU - Bredel, M. AU - Scholtens, D. AU - Harsh, G. AU - Bredel, C. AU - Chandler, J. AU - Renfrow, J. AU - Yadav, A. AU - Vogel, H. AU - Scheck, A. AU - Tibshirani, R. AU - Sikic, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - A network model of a cooperative genetic landscape in brain tumors JO - JAMA VL - 302 UR - https://doi.org/10.1001/jama.2009.997 DO - 10.1001/jama.2009.997 ID - Bredel2009 ER - TY - JOUR AU - Klijn, C. AU - Bot, J. AU - Adams, D. AU - Reinders, M. AU - Wessels, L. AU - Jonkers, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Identification of networks of co-occurring, tumor-related DNA copy number changes using a genome-wide scoring approach JO - PLoS Comput Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000631 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000631 ID - Klijn2010 ER - TY - JOUR AU - Baudis, M. AU - Cleary, M. L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Progenetix.net: an online repository for molecular cytogenetic aberration data JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.12.1228 DO - 10.1093/bioinformatics/17.12.1228 ID - Baudis2001 ER - TY - JOUR AU - Boerma, E. AU - Siebert, R. AU - Kluin, P. AU - Baudis, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Translocations involving 8q24 in Burkitt lymphoma and other malignant lymphomas: a historical review of cytogenetics in the light of todays knowledge JO - Leukemia VL - 23 UR - https://doi.org/10.1038/leu.2008.281 DO - 10.1038/leu.2008.281 ID - Boerma2009 ER - TY - BOOK AU - Tan, P. N. AU - Steinbach, M. AU - Kumar, V. PY - 2005 DA - 2005// TI - Introduction to data mining PB - Addison Wesley CY - Bosotn, MA, USA ID - Tan2005 ER - TY - JOUR AU - Eguchi, S. AU - Yamamoto, Y. AU - Sakano, S. AU - Chochi, Y. AU - Nakao, M. AU - Kawauchi, S. AU - Furuya, T. AU - Oga, A. AU - Matsuyama, H. AU - Sasaki, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - The loss of 8p23.3 is a novel marker for predicting progression and recurrence of bladder tumors without muscle invasion JO - Cancer Genet Cytogenet VL - 200 UR - https://doi.org/10.1016/j.cancergencyto.2010.03.007 DO - 10.1016/j.cancergencyto.2010.03.007 ID - Eguchi2010 ER - TY - JOUR AU - Wang, Q. AU - Moyret-Lalle, C. AU - Couzon, F. AU - Surbiguet-Clippe, C. AU - Saurin, J. AU - Lorca, T. AU - Navarro, C. AU - Puisieux, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Alterations of anaphase-promoting complex genes in human colon cancer cells JO - Oncogene VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/sj.onc.1206224 DO - 10.1038/sj.onc.1206224 ID - Wang2003 ER - TY - JOUR AU - Loro, L. AU - Johannessen, A. AU - Vintermyr, O. PY - 2005 DA - 2005// TI - Loss of BCL-2 in the progression of oral cancer is not attributable to mutations JO - J Clin Pathol VL - 58 UR - https://doi.org/10.1136/jcp.2004.021709 DO - 10.1136/jcp.2004.021709 ID - Loro2005 ER - TY - JOUR AU - Maliekal, T. AU - Antony, M. AU - Nair, A. AU - Paulmurugan, R. AU - Karunagaran, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Loss of expression, and mutations of Smad 2 and Smad 4 in human cervical cancer JO - Oncogene VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/sj.onc.1206806 DO - 10.1038/sj.onc.1206806 ID - Maliekal2003 ER - TY - JOUR AU - Lin, H. K. AU - Chen, Z. AU - Wang, G. AU - Nardella, C. AU - Lee, S. W. AU - Chan, C. H. AU - Yang, W. L. AU - Wang, J. AU - Egia, A. AU - Nakayama, K. I. AU - Cordon-Cardo, C. AU - Teruya-Feldstein, J. AU - Pandolfi, P. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Skp2 targeting suppresses tumorigenesis by Arf-p53-independent cellular senescence JO - Nature VL - 464 UR - https://doi.org/10.1038/nature08815 DO - 10.1038/nature08815 ID - Lin2010 ER - TY - JOUR AU - Groden, J. AU - Thliveris, A. AU - Samowitz, W. AU - Carlson, M. AU - Gelbert, L. AU - Albertsen, H. AU - Joslyn, G. AU - Stevens, J. AU - Spirio, L. AU - Robertson, M. AU - al, e. t. PY - 1991 DA - 1991// TI - Identification and characterization of the familial adenomatous polyposis coli gene JO - Cell VL - 66 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(81)90021-0 DO - 10.1016/0092-8674(81)90021-0 ID - Groden1991 ER - TY - JOUR AU - Kinzler, K. AU - Nilbert, M. AU - Vogelstein, B. AU - Bryan, T. AU - Levy, D. AU - Smith, K. AU - Preisinger, A. AU - Hamilton, S. AU - Hedge, P. AU - Markham, A. AU - al, e. t. PY - 1991 DA - 1991// TI - Identification of a gene located at chromosome 5q21 that is mutated in colorectal cancers JO - Science VL - 251 UR - https://doi.org/10.1126/science.1848370 DO - 10.1126/science.1848370 ID - Kinzler1991 ER - TY - JOUR AU - Nishisho, I. AU - Nakamura, Y. AU - Miyoshi, Y. AU - Miki, Y. AU - Ando, H. AU - Horii, A. AU - Koyama, K. AU - Utsunomiya, J. AU - Baba, S. AU - Hedge, P. PY - 1991 DA - 1991// TI - Mutations of chromosome 5q21 genes in FAP and colorectal cancer patients JO - Science VL - 253 UR - https://doi.org/10.1126/science.1651563 DO - 10.1126/science.1651563 ID - Nishisho1991 ER - TY - JOUR AU - Ashton-Rickardt, P. AU - Wyllie, A. AU - Bird, C. AU - Dunlop, M. AU - Steel, C. AU - Morris, R. AU - Piris, J. AU - Romanowski, P. AU - Wood, R. AU - White, R. AU - al, e. t. PY - 1991 DA - 1991// TI - MCC, a candidate familial polyposis gene in 5q.21, shows frequent allele loss in colorectal and lung cancer JO - Oncogene VL - 6 ID - Ashton-Rickardt1991 ER - TY - JOUR AU - Trauzold, A. AU - Roder, C. AU - Sipos, B. AU - Karsten, K. AU - Arlt, A. AU - Jiang, P. AU - Martin-Subero, J. AU - Siegmund, D. AU - Muerkoster, S. AU - Pagerols-Raluy, L. AU - Siebert, R. AU - Wajant, H. AU - Kalthoff, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - CD95 and TRAF2 promote invasiveness of pancreatic cancer cells JO - FASEB J VL - 19 ID - Trauzold2005 ER - TY - JOUR AU - Sugano, N. AU - Suda, T. AU - Godai, T. AU - Tsuchida, K. AU - Shiozawa, M. AU - Sekiguchi, H. AU - Yoshihara, M. AU - Matsukuma, S. AU - Sakuma, Y. AU - Tsuchiya, E. AU - Kameda, Y. AU - Akaike, M. AU - Miyagi, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - MDM2 gene amplification in colorectal cancer is associated with disease progression at the primary site, but inversely correlated with distant metastasis JO - Genes Chromosomes Cancer VL - 49 ID - Sugano2010 ER - TY - JOUR AU - Dierlamm, J. AU - Penas, E. M. AU - Bentink, S. AU - Wessendorf, S. AU - Berger, H. AU - Hummel, M. AU - Klapper, W. AU - Lenze, D. AU - Rosenwald, A. AU - Haralambieva, E. AU - Ott, G. AU - Cogliatti, S. AU - Moller, P. AU - Schwaenen, C. AU - Stein, H. AU - Loffer, M. AU - Spang, R. AU - Trumper, L. AU - Siebert, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Gain of chromosome region 18q21 including the MALT1 gene is associated with the activated B-cell-like gene expression subtype and increased BCL2 gene dosage and protein expression in diffuse large B-cell lymphoma JO - Haematologica VL - 93 UR - https://doi.org/10.3324/haematol.12057 DO - 10.3324/haematol.12057 ID - Dierlamm2008 ER - TY - JOUR AU - Konnikova, L. AU - Simeone, M. AU - Kruger, M. AU - Kotecki, M. AU - Cochran, B. PY - 2005 DA - 2005// TI - Signal transducer and activator of transcription 3 (STAT3) regulates human telomerase reverse transcriptase (hTERT) expression in human cancer and primary cells JO - Cancer Res VL - 65 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-05-0924 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-05-0924 ID - Konnikova2005 ER - TY - JOUR AU - He, B. AU - Reguart, N. AU - You, L. AU - Mazieres, J. AU - Xu, Z. AU - Lee, A. AU - Mikami, I. AU - McCormick, F. AU - Jablons, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Blockade of Wnt-1 signaling induces apoptosis in human colorectal cancer cells containing downstream mutations JO - Oncogene VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/sj.onc.1208511 DO - 10.1038/sj.onc.1208511 ID - He2005 ER - TY - JOUR AU - Shannon, P. AU - Markiel, A. AU - Ozier, O. AU - Baliga, N. AU - Wang, J. AU - Ramage, D. AU - Amin, N. AU - Schwikowski, B. AU - Ideker, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks JO - Genome Research VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1239303 DO - 10.1101/gr.1239303 ID - Shannon2003 ER - TY - STD TI - The pre-publication history for this paper can be accessed here:http://www.biomedcentral.com/1755-8794/4/21/prepub UR - http://www.biomedcentral.com/1755-8794/4/21/prepub ID - ref43 ER -