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Table 2 Genes evaluated by RT-PCR in the algorithm development cohort

From: Development of a blood-based gene expression algorithm for assessment of obstructive coronary artery disease in non-diabetic patients

Gene Symbol

MicroArray Evidence1

Cell-Type2

Cluster

Metagene Term

Algorithm Term3

DDX18

3

 

1.1

  

SSRP1

3

 

1.2

  

CCT2

3

2

1.3

  

RPL28

N

2

1.4

Norm

2b

XIST

2

1,4,5

1.5

  

RASSF7

3

 

1.6

  

PKD1

3

 

1.7

  

AGPAT5

3

2,7

1.8

  

GLS

3

 

1.9

  

TMC8

3

 

1.10

1

3b,4b

RPS4Y1

2

3

1.11

  

KLF12

3

4

1.12

  

LCK

2,3

3,4,8

1.13

  

CD3D

2,3

3,4,8

1.14

1

3b,4b

AES

3

 

1.15

  

ZAP70

3

3,4,8

1.16

  

CD81

3

7,8

1.17

  

QDPR

3

2,5

1.18

  

FXN

2

2

1.19

  

CORO2A

3

 

1.20

  

TCEA1

3

7

1.21

  

KMO

3

5,7

2.1

  

TLR7

3

5

2.2

  

RHOC

3

 

2.3

  

CX3CR1

3

6,8

2.4

  

IL11RA

1,2

3,4

3.1

  

IL7R

1,2,3

3,4,8

3.2

3

 

FAIM3

2,3

3,4,7

3.3

  

TCF7

2,3

3,4,8

3.4

3

 

CD79B

2,3

7

3.5

2

4a

SPIB

2,3

2,5,7

3.6

2

4a

CD19

3

5,7

3.7

  

BLK

3

5,7

3.8

  

PI16

2

 

3.9

  

LRRN3

3

3,4

3.10

4

 

HNRNPF

N

 

4.1

Norm

5b,6b

TFCP2

N

 

4.2

Norm

5b,6b

ACBD5

3

 

4.3

  

DIAPH1

3

 

4.4

  

CD37

3

7

4.5

  

PLAGL2

3

1

4.6

  

SRA1

3

 

5.1

  

CD300A

2

8

5.2

  

ELMO2

3

5,8

5.3

  

CD33

2

1,6

6.1

  

CSPG2

1,2

 

6.2

  

CAT

2

2,5

6.3

  

NOD2

1,3

1,6

6.4

  

KCNMB1

2

 

6.5

5

 

TCF7L2

3

1,6,8

6.6

5

 

PDK4

3

 

6.7

5

 

TBC1D8

3

1,5,6

6.8

  

NR4A1

3

5

7.1

  

CDKN1C

3

6,8

7.2

  

C2

2

 

7.3

  

CLC

2

1,2

8.1

6

 

OLIG2

2

 

8.2

  

ADORA3

2

 

8.3

6

 

MMD

1,2,3

7

9.1

  

HIST1H2AE

1,3

4,7

9.2

7

 

AMFR

2

 

10.1

  

CD34

N

2

10.2

  

A_24_P128361 (AF289562)

3

 

11.1

8

5a

CD248

2,3

4

11.2

  

KLRC4

2

4,8

12.1

9

3a

TARP

2,3

4,8

12.2

  

CCR5

2

4,5

12.3

  

CD8A

1

3,4,8

12.4

  

SLAMF7

2

5,8

12.5

9

3a

KLRC2

2

3,4,8

12.6

  

PRSS23

2

8

12.7

  

NCAM1

N

8

12.8

  

TNFRSF10C

3

 

13.1

11

1b

IL8RB

1,3

1,6,8

13.2

11

1b

TLR4

3

1,6

13.3

11

1b

NAMPT

3

1,5,6

13.4

  

AQP9

3

1,6

13.5

10

2c

S100A8

1,2,3

1,5,6

13.6

12

2a

NCF4

2,3

1,6

13.7

10

2c

GLT1D1

1,2,3

 

13.8

  

TXN

2,3

2,5

13.9

  

GABARAPL1

3

 

13.10

  

SIRPB2

1,3

 

13.11

  

TRPM6

3

 

13.12

  

CD93

1,2,3

1,5,6

13.13

  

ASPRV1

3

 

13.14

  

ALOX5AP

2,3

5

13.15

  

BCL2A1

1,2,3

1,6,8

13.16

  

F11R

3

 

14.1

  

PTAFR

3

1,6

14.2

  

H3F3B

3

7

14.3

  

TYROBP

2,3

1,6,8

14.4

  

NCF2

3

1,5,6

14.5

  

KCNE3

2,3

1,6

14.6

11

1b

LAMP2

2,3

1

14.7

  

PLAUR

3

1,6

14.8

  

CD14

1

1,5,6

14.9

  

HK3

1,2

1,6,8

14.10

  

IL18

1

 

14.11

  

RGS18

1,2

1,6

15.1

  

BMX

2,3

 

16.1

  

MMP9

2,3

 

16.2

  

S100A12

1,2,3

1,5,6

16.3

12

2a

CLEC4E

2,3

 

16.4

12

2a

CLEC4D

2,3

1,6

16.5

  

CASP5

2,3

 

16.6

13

1a

TNFAIP6

2,3

1

16.7

13

1a

IL18RAP

1,3

3,4,8

16.8

13

1a

ARG1

2,3

 

17.1

14

 

HP

1

1,2

17.2

  

CBS

2,3

 

17.3

14

 

AF161365

3

 

17.4

15

6a

ALAS2

CN

 

18.1

  
  1. 1 Microarray Evidence: 1 = Wingrove et al, 2 = CATHGEN, 3 = PREDICT, CN = cell-type specific normalization gene, N = global normalization gene
  2. 2 Cell Type: 1 = CD33+ (myeloid), 2 = CD34+(hematopoetic precursor), 3 = CD4+, (T cell) 4 = CD8+ (T cell), 5 = Dendritic, 6 = CD14+ (monocyte), 7 = CD19+ (B cell), 8 = CD56+ (natural killer cell).
  3. 3 For algorithm term identification, genes in the numerators are listed as Na whereas those in the denominators are Nb.