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Table 2 Genes evaluated by RT-PCR in the algorithm development cohort

From: Development of a blood-based gene expression algorithm for assessment of obstructive coronary artery disease in non-diabetic patients

Gene Symbol MicroArray Evidence1 Cell-Type2 Cluster Metagene Term Algorithm Term3
DDX18 3   1.1   
SSRP1 3   1.2   
CCT2 3 2 1.3   
RPL28 N 2 1.4 Norm 2b
XIST 2 1,4,5 1.5   
RASSF7 3   1.6   
PKD1 3   1.7   
AGPAT5 3 2,7 1.8   
GLS 3   1.9   
TMC8 3   1.10 1 3b,4b
RPS4Y1 2 3 1.11   
KLF12 3 4 1.12   
LCK 2,3 3,4,8 1.13   
CD3D 2,3 3,4,8 1.14 1 3b,4b
AES 3   1.15   
ZAP70 3 3,4,8 1.16   
CD81 3 7,8 1.17   
QDPR 3 2,5 1.18   
FXN 2 2 1.19   
CORO2A 3   1.20   
TCEA1 3 7 1.21   
KMO 3 5,7 2.1   
TLR7 3 5 2.2   
RHOC 3   2.3   
CX3CR1 3 6,8 2.4   
IL11RA 1,2 3,4 3.1   
IL7R 1,2,3 3,4,8 3.2 3  
FAIM3 2,3 3,4,7 3.3   
TCF7 2,3 3,4,8 3.4 3  
CD79B 2,3 7 3.5 2 4a
SPIB 2,3 2,5,7 3.6 2 4a
CD19 3 5,7 3.7   
BLK 3 5,7 3.8   
PI16 2   3.9   
LRRN3 3 3,4 3.10 4  
HNRNPF N   4.1 Norm 5b,6b
TFCP2 N   4.2 Norm 5b,6b
ACBD5 3   4.3   
DIAPH1 3   4.4   
CD37 3 7 4.5   
PLAGL2 3 1 4.6   
SRA1 3   5.1   
CD300A 2 8 5.2   
ELMO2 3 5,8 5.3   
CD33 2 1,6 6.1   
CSPG2 1,2   6.2   
CAT 2 2,5 6.3   
NOD2 1,3 1,6 6.4   
KCNMB1 2   6.5 5  
TCF7L2 3 1,6,8 6.6 5  
PDK4 3   6.7 5  
TBC1D8 3 1,5,6 6.8   
NR4A1 3 5 7.1   
CDKN1C 3 6,8 7.2   
C2 2   7.3   
CLC 2 1,2 8.1 6  
OLIG2 2   8.2   
ADORA3 2   8.3 6  
MMD 1,2,3 7 9.1   
HIST1H2AE 1,3 4,7 9.2 7  
AMFR 2   10.1   
CD34 N 2 10.2   
A_24_P128361 (AF289562) 3   11.1 8 5a
CD248 2,3 4 11.2   
KLRC4 2 4,8 12.1 9 3a
TARP 2,3 4,8 12.2   
CCR5 2 4,5 12.3   
CD8A 1 3,4,8 12.4   
SLAMF7 2 5,8 12.5 9 3a
KLRC2 2 3,4,8 12.6   
PRSS23 2 8 12.7   
NCAM1 N 8 12.8   
TNFRSF10C 3   13.1 11 1b
IL8RB 1,3 1,6,8 13.2 11 1b
TLR4 3 1,6 13.3 11 1b
NAMPT 3 1,5,6 13.4   
AQP9 3 1,6 13.5 10 2c
S100A8 1,2,3 1,5,6 13.6 12 2a
NCF4 2,3 1,6 13.7 10 2c
GLT1D1 1,2,3   13.8   
TXN 2,3 2,5 13.9   
GABARAPL1 3   13.10   
SIRPB2 1,3   13.11   
TRPM6 3   13.12   
CD93 1,2,3 1,5,6 13.13   
ASPRV1 3   13.14   
ALOX5AP 2,3 5 13.15   
BCL2A1 1,2,3 1,6,8 13.16   
F11R 3   14.1   
PTAFR 3 1,6 14.2   
H3F3B 3 7 14.3   
TYROBP 2,3 1,6,8 14.4   
NCF2 3 1,5,6 14.5   
KCNE3 2,3 1,6 14.6 11 1b
LAMP2 2,3 1 14.7   
PLAUR 3 1,6 14.8   
CD14 1 1,5,6 14.9   
HK3 1,2 1,6,8 14.10   
IL18 1   14.11   
RGS18 1,2 1,6 15.1   
BMX 2,3   16.1   
MMP9 2,3   16.2   
S100A12 1,2,3 1,5,6 16.3 12 2a
CLEC4E 2,3   16.4 12 2a
CLEC4D 2,3 1,6 16.5   
CASP5 2,3   16.6 13 1a
TNFAIP6 2,3 1 16.7 13 1a
IL18RAP 1,3 3,4,8 16.8 13 1a
ARG1 2,3   17.1 14  
HP 1 1,2 17.2   
CBS 2,3   17.3 14  
AF161365 3   17.4 15 6a
ALAS2 CN   18.1   
  1. 1 Microarray Evidence: 1 = Wingrove et al, 2 = CATHGEN, 3 = PREDICT, CN = cell-type specific normalization gene, N = global normalization gene
  2. 2 Cell Type: 1 = CD33+ (myeloid), 2 = CD34+(hematopoetic precursor), 3 = CD4+, (T cell) 4 = CD8+ (T cell), 5 = Dendritic, 6 = CD14+ (monocyte), 7 = CD19+ (B cell), 8 = CD56+ (natural killer cell).
  3. 3 For algorithm term identification, genes in the numerators are listed as Na whereas those in the denominators are Nb.