Gastric cancers of Western European and African patients show different patterns of genomic instability

Buffart, Tineke E; Louw, Melanie; van Grieken, Nicole CT; Tijssen, Marianne; Carvalho, Beatriz; Ylstra, Bauke; Grabsch, Heike; Mulder, Chris JJ; van de Velde, Cornelis JH; van der Merwe, Schalk W; Meijer, Gerrit A

doi:10.1186/1755-8794-4-7

BMC Medical Genomics

Table 6 Detailed overview of the supervised analysis using CGH test.

From: Gastric cancers of Western European and African patients show different patterns of genomic instability

cytoband	region start (bp)	region end (bp)	p-value	fdr	cytoband	region start (bp)	region end (bp)	p-value	fdr
1p36.33	672780	1359795	0.04	0.15	11p14.2-p14.1	27033269	27371257	0.05	0.15
1p36.32-p36.31	3386389	6294064	0.03	0.12	11q13.3	68509550	69323966	0.04	0.14
1p36.21-p36.13	12798944	15683816	0.03	0.12	11q13.3-q13.4	69314721	70472869	0.04	0.14
1p31.2	67178936	69303906	0.04	0.14	11q22.1-q22.2	98930611	101405228	0.03	0.12
1p31.1	69815162	76679895	0.01	0.06	11q22.2-q22.3	102010610	102424014	0.03	0.12
1p31.1	77428804	77820126	<0.01	0.04	12q21.2	76570565	78724263	0.04	0.14
1p21.2-p21.1	101684496	104502748	0.03	0.12	13q21.31-q21.33	61335626	69275204	0.04	0.14
1q31.1-q31.2	184717073	188976520	0.01	0.09	14q21.1	39694531	42171623	0.02	0.10
1q31.2-q31.3	189822405	193082884	0.02	0.10	14q21.2	42965408	44043547	0.01	0.09
1q31.3	193336091	194242465	0.01	0.08	14q21.2-q21.3	45258184	48298851	0.03	0.12
1q31.3	195068870	195629725	0.03	0.12	15q14	33841939	35953471	0.04	0.14
3p26.3	46140	2377366	<0.01	0.03	15q22.2	57373165	61214280	0.02	0.09
3p24.3	17181327	18148477	<0.01	0.03	15q23	65816865	68768615	0.02	0.09
3p24.3	19033520	21742232	<0.01	0.03	15q23-q24.2	69188639	73645336	0.05	0.15
3p24.3-p24.1	22747912	27531283	0.02	0.10	15q24.2-q25.2	74334873	81024206	0.03	0.12
3p21.31	46545403	47371983	0.05	0.15	16p13.2-p13.12	8777494	12522798	0.05	0.15
3p21.31	47384745	50114898	0.04	0.14	16p11.2	28675396	31163676	<0.01	0.04
3p21.31-p21.2	50533656	51418837	0.01	0.09	16q24.1	82993991	83622386	0.05	0.15
3p21.31-p21.2	51390596	52007218	0.02	0.09	16q24.1	84123856	84922042	0.02	0.09
3p21.1	52658450	53621497	0.01	0.09	16q24.2-q24.3	86986672	87452904	0.03	0.12
3p12.3	76450939	79097142	0.02	0.09	16q24.3	87848795	88465228	0.02	0.09
3p12.3-p12.2	79197544	82066233	<0.01	0.04	16q24.3	88398231	88613383	0.01	0.07
3p12.2-p12.1	82657794	84801874	<0.01	0.03	17p13.3	427024	1071560	<0.01	0.03
3p12.1-p11.2	85234579	87730259	<0.01	0.03	17p13.3-p13.2	2026966	4169913	0.04	0.14
3p11.1	88915283	89771786	<0.01	0.04	17p13.2	4810523	5166678	0.01	0.09
3q11.2	95569618	96250439	0.01	0.05	17p13.1	6780962	7477414	<0.01	0.03
3q25.1-q25.33	151508469	161536133	0.03	0.12	17p13.1	7436435	7682367	<0.01	0.03
3q25.33-q26.1	162044657	164516640	0.03	0.12	17p11.2	17343389	19251691	0.04	0.14
3q26.1	165289729	167697600	0.05	0.15	17q11.2	23133763	28423820	0.02	0.09
3q26.31-q26.32	174848631	180449332	0.05	0.15	17q11.2-q12	28664889	29147086	0.02	0.09
4p15.32-p14	17799729	36260048	0.02	0.11	17q25.1	69709369	71238958	0.01	0.09
4p14	36998587	37497326	0.01	0.09	17q25.1-q25.3	71406319	77588058	0.03	0.12
4p14	37851044	38103870	0.02	0.11	18q11.2	21431314	21774952	0.01	0.05
4p14-p12	38087293	46781512	0.01	0.09	18q11.2	22104619	22931012	<0.01	0.04
4q12	58332155	59148507	0.04	0.14	18q12.1	23970882	24526449	0.02	0.10
4q12-q13.1	59679465	62653308	0.02	0.10	18q12.1	25034674	26878315	0.01	0.08
4q13.3	74322497	76429795	0.03	0.12	18q12.1	27447009	28415095	0.01	0.09
4q13.3-q21.21	76495364	79353372	0.02	0.09	18q12.1	29409483	30219417	0.01	0.09
4q21.21	79222718	80683287	0.03	0.12	18q12.1-q12.2	30773824	31588529	0.01	0.06
4q33-q34.3	172094999	178721484	0.02	0.10	18q22.1	60340433	61310295	0.03	0.12
4q34.3	178969859	179599683	0.01	0.09	18q22.1	61623805	62645202	0.03	0.12
4q34.3	180819690	183096645	0.02	0.10	18q22.1-q22.3	63092764	68041625	0.03	0.12
4q35.1	184503994	186178296	0.03	0.12	19p13.3	134914	913289	0.01	0.08
5q11.2	50971745	52055659	0.04	0.14	19p13.3	902641	5009969	<0.01	0.04
5q11.2	52909242	56437163	0.03	0.12	19p13.3	5663923	6519297	<0.01	0.01
5q11.2-q12.1	56921490	58947885	0.02	0.09	19p13.3-p13.2	6523443	9826740	<0.01	<0.01
5q14.3	82802677	86118543	0.05	0.15	19p13.2-p13.12	10248852	15116365	<0.01	0.03
5q23.2	122463056	123527915	0.05	0.15	19p13.12-p13.11	15415833	17777501	<0.01	0.01
7p22.1-p21.3	6983150	7932634	<0.01	0.02	19p13.11	18202507	19023254	<0.01	0.03
7p21.3-p21.2	9256088	14085902	<0.01	<0.01	19p12	19877150	21504328	0.01	0.05
7p21.2-p21.1	14342152	19957111	<0.01	0.01	19p12	22133662	22949959	0.01	0.05
7q22.1	98651132	100929260	<0.01	0.03	19q12	33315121	33507712	0.02	0.10
8q24.21	130562467	131126185	0.05	0.15	19q12	34159370	34664148	0.02	0.11
8q24.22	131641447	133561490	0.01	0.09	19q12	34960906	35766560	0.02	0.11
8q24.22	134537164	136154996	0.02	0.11	19q12-q13.11	36958851	37518517	0.05	0.15
8q24.22-q24.23	136472354	138543270	0.04	0.14	19q13.12-q13.13	40883472	43004503	0.03	0.13
8q24.3	141395868	142790557	0.01	0.05	19q13.2-q13.32	46498596	50725496	0.03	0.12
8q24.3	144790054	145357620	0.01	0.09	19q13.32-q13.33	52665374	54718281	0.03	0.12
8q24.3	145585590	145953950	0.02	0.11	19q13.33-q13.43	55461670	63771717	<0.01	0.01
8q24.3	145893230	146238749	0.04	0.14	21q11.2-q21.1	13857799	18774434	<0.01	0.03
9p24.1-p23	8398601	9689968	0.04	0.14	21q21.1	20982315	21411332	<0.01	0.03
9p23	9684353	10554235	0.04	0.14	21q21.1-q21.2	22151920	22943367	<0.01	0.03
10q22.1	70824040	71674097	0.03	0.12	21q21.2	23491399	25568510	<0.01	0.01
10q22.1	72033907	73573433	0.02	0.09	21q21.3	26174732	26923374	0.02	0.09
10q26.3	135110821	135301208	0.03	0.12	21q21.3-q22.11	28596969	30855176	0.03	0.12
11p15.5	178227	626401	0.01	0.05	22q13.33	48473404	49397088	0.04	0.15
11p15.5	1299306	1785278	<0.01	0.03

In total, 133 regions were significantly different (p < 0.05 and fdr≤0.15) between UK and native SA tumors. The chromosomal regions, including the start and end positions, and the fdr rates are listed.

Back to article page

ISSN: 1755-8794

Contact us

Submission enquiries: bmcmedicalgenomics@biomedcentral.com
General enquiries: ORSupport@springernature.com