Skip to main content

Table 6 Detailed overview of the supervised analysis using CGH test.

From: Gastric cancers of Western European and African patients show different patterns of genomic instability

cytoband region start (bp) region end (bp) p-value fdr cytoband region start (bp) region end (bp) p-value fdr
1p36.33 672780 1359795 0.04 0.15 11p14.2-p14.1 27033269 27371257 0.05 0.15
1p36.32-p36.31 3386389 6294064 0.03 0.12 11q13.3 68509550 69323966 0.04 0.14
1p36.21-p36.13 12798944 15683816 0.03 0.12 11q13.3-q13.4 69314721 70472869 0.04 0.14
1p31.2 67178936 69303906 0.04 0.14 11q22.1-q22.2 98930611 101405228 0.03 0.12
1p31.1 69815162 76679895 0.01 0.06 11q22.2-q22.3 102010610 102424014 0.03 0.12
1p31.1 77428804 77820126 <0.01 0.04 12q21.2 76570565 78724263 0.04 0.14
1p21.2-p21.1 101684496 104502748 0.03 0.12 13q21.31-q21.33 61335626 69275204 0.04 0.14
1q31.1-q31.2 184717073 188976520 0.01 0.09 14q21.1 39694531 42171623 0.02 0.10
1q31.2-q31.3 189822405 193082884 0.02 0.10 14q21.2 42965408 44043547 0.01 0.09
1q31.3 193336091 194242465 0.01 0.08 14q21.2-q21.3 45258184 48298851 0.03 0.12
1q31.3 195068870 195629725 0.03 0.12 15q14 33841939 35953471 0.04 0.14
3p26.3 46140 2377366 <0.01 0.03 15q22.2 57373165 61214280 0.02 0.09
3p24.3 17181327 18148477 <0.01 0.03 15q23 65816865 68768615 0.02 0.09
3p24.3 19033520 21742232 <0.01 0.03 15q23-q24.2 69188639 73645336 0.05 0.15
3p24.3-p24.1 22747912 27531283 0.02 0.10 15q24.2-q25.2 74334873 81024206 0.03 0.12
3p21.31 46545403 47371983 0.05 0.15 16p13.2-p13.12 8777494 12522798 0.05 0.15
3p21.31 47384745 50114898 0.04 0.14 16p11.2 28675396 31163676 <0.01 0.04
3p21.31-p21.2 50533656 51418837 0.01 0.09 16q24.1 82993991 83622386 0.05 0.15
3p21.31-p21.2 51390596 52007218 0.02 0.09 16q24.1 84123856 84922042 0.02 0.09
3p21.1 52658450 53621497 0.01 0.09 16q24.2-q24.3 86986672 87452904 0.03 0.12
3p12.3 76450939 79097142 0.02 0.09 16q24.3 87848795 88465228 0.02 0.09
3p12.3-p12.2 79197544 82066233 <0.01 0.04 16q24.3 88398231 88613383 0.01 0.07
3p12.2-p12.1 82657794 84801874 <0.01 0.03 17p13.3 427024 1071560 <0.01 0.03
3p12.1-p11.2 85234579 87730259 <0.01 0.03 17p13.3-p13.2 2026966 4169913 0.04 0.14
3p11.1 88915283 89771786 <0.01 0.04 17p13.2 4810523 5166678 0.01 0.09
3q11.2 95569618 96250439 0.01 0.05 17p13.1 6780962 7477414 <0.01 0.03
3q25.1-q25.33 151508469 161536133 0.03 0.12 17p13.1 7436435 7682367 <0.01 0.03
3q25.33-q26.1 162044657 164516640 0.03 0.12 17p11.2 17343389 19251691 0.04 0.14
3q26.1 165289729 167697600 0.05 0.15 17q11.2 23133763 28423820 0.02 0.09
3q26.31-q26.32 174848631 180449332 0.05 0.15 17q11.2-q12 28664889 29147086 0.02 0.09
4p15.32-p14 17799729 36260048 0.02 0.11 17q25.1 69709369 71238958 0.01 0.09
4p14 36998587 37497326 0.01 0.09 17q25.1-q25.3 71406319 77588058 0.03 0.12
4p14 37851044 38103870 0.02 0.11 18q11.2 21431314 21774952 0.01 0.05
4p14-p12 38087293 46781512 0.01 0.09 18q11.2 22104619 22931012 <0.01 0.04
4q12 58332155 59148507 0.04 0.14 18q12.1 23970882 24526449 0.02 0.10
4q12-q13.1 59679465 62653308 0.02 0.10 18q12.1 25034674 26878315 0.01 0.08
4q13.3 74322497 76429795 0.03 0.12 18q12.1 27447009 28415095 0.01 0.09
4q13.3-q21.21 76495364 79353372 0.02 0.09 18q12.1 29409483 30219417 0.01 0.09
4q21.21 79222718 80683287 0.03 0.12 18q12.1-q12.2 30773824 31588529 0.01 0.06
4q33-q34.3 172094999 178721484 0.02 0.10 18q22.1 60340433 61310295 0.03 0.12
4q34.3 178969859 179599683 0.01 0.09 18q22.1 61623805 62645202 0.03 0.12
4q34.3 180819690 183096645 0.02 0.10 18q22.1-q22.3 63092764 68041625 0.03 0.12
4q35.1 184503994 186178296 0.03 0.12 19p13.3 134914 913289 0.01 0.08
5q11.2 50971745 52055659 0.04 0.14 19p13.3 902641 5009969 <0.01 0.04
5q11.2 52909242 56437163 0.03 0.12 19p13.3 5663923 6519297 <0.01 0.01
5q11.2-q12.1 56921490 58947885 0.02 0.09 19p13.3-p13.2 6523443 9826740 <0.01 <0.01
5q14.3 82802677 86118543 0.05 0.15 19p13.2-p13.12 10248852 15116365 <0.01 0.03
5q23.2 122463056 123527915 0.05 0.15 19p13.12-p13.11 15415833 17777501 <0.01 0.01
7p22.1-p21.3 6983150 7932634 <0.01 0.02 19p13.11 18202507 19023254 <0.01 0.03
7p21.3-p21.2 9256088 14085902 <0.01 <0.01 19p12 19877150 21504328 0.01 0.05
7p21.2-p21.1 14342152 19957111 <0.01 0.01 19p12 22133662 22949959 0.01 0.05
7q22.1 98651132 100929260 <0.01 0.03 19q12 33315121 33507712 0.02 0.10
8q24.21 130562467 131126185 0.05 0.15 19q12 34159370 34664148 0.02 0.11
8q24.22 131641447 133561490 0.01 0.09 19q12 34960906 35766560 0.02 0.11
8q24.22 134537164 136154996 0.02 0.11 19q12-q13.11 36958851 37518517 0.05 0.15
8q24.22-q24.23 136472354 138543270 0.04 0.14 19q13.12-q13.13 40883472 43004503 0.03 0.13
8q24.3 141395868 142790557 0.01 0.05 19q13.2-q13.32 46498596 50725496 0.03 0.12
8q24.3 144790054 145357620 0.01 0.09 19q13.32-q13.33 52665374 54718281 0.03 0.12
8q24.3 145585590 145953950 0.02 0.11 19q13.33-q13.43 55461670 63771717 <0.01 0.01
8q24.3 145893230 146238749 0.04 0.14 21q11.2-q21.1 13857799 18774434 <0.01 0.03
9p24.1-p23 8398601 9689968 0.04 0.14 21q21.1 20982315 21411332 <0.01 0.03
9p23 9684353 10554235 0.04 0.14 21q21.1-q21.2 22151920 22943367 <0.01 0.03
10q22.1 70824040 71674097 0.03 0.12 21q21.2 23491399 25568510 <0.01 0.01
10q22.1 72033907 73573433 0.02 0.09 21q21.3 26174732 26923374 0.02 0.09
10q26.3 135110821 135301208 0.03 0.12 21q21.3-q22.11 28596969 30855176 0.03 0.12
11p15.5 178227 626401 0.01 0.05 22q13.33 48473404 49397088 0.04 0.15
11p15.5 1299306 1785278 <0.01 0.03      
  1. In total, 133 regions were significantly different (p < 0.05 and fdr≤0.15) between UK and native SA tumors. The chromosomal regions, including the start and end positions, and the fdr rates are listed.