TY - JOUR AU - Luo, J. AU - Schumacher, M. AU - Scherer, A. AU - Sanoudou, D. AU - Megherbi, D. AU - Davison, T. AU - Shi, T. AU - Tong, W. AU - Shi, L. AU - Hong, H. AU - Zhao, C. AU - Elloumi, F. AU - Shi, W. AU - Thomas, R. AU - Lin, S. AU - Tillinghast, G. AU - Liu, G. AU - Zhou, Y. AU - Herman, D. AU - Li, Y. AU - Deng, Y. AU - Fang, H. AU - Bushel, P. AU - Woods, M. AU - Zhang, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - A comparison of batch effect removal methods for enhancement of prediction performance using MAQC-II microarray gene expression data JO - Pharmacogenomics J VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/tpj.2010.57 DO - 10.1038/tpj.2010.57 ID - Luo2010 ER - TY - JOUR AU - Chen, C. AU - Grennan, K. AU - Badner, J. AU - Zhang, D. AU - Gershon, E. AU - Jin, L. AU - Liu, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Removing batch effects in analysis of expression microarray data: an evaluation of six batch adjustment methods JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0017238 DO - 10.1371/journal.pone.0017238 ID - Chen2011 ER - TY - CHAP AU - Scherer, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Wiley Series Probability Statistics BT - Batch Effects and Noise in Microarray Experiments: Sources and Solutions UR - https://doi.org/10.1002/9780470685983 DO - 10.1002/9780470685983 ID - Scherer2009 ER - TY - JOUR AU - Benito, M. AU - Parker, J. AU - Du, Q. AU - Wu, J. AU - Xiang, D. AU - Perou, C. M. AU - Marron, J. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Adjustment of systematic microarray data biases JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg385 DO - 10.1093/bioinformatics/btg385 ID - Benito2004 ER - TY - JOUR AU - Johnson, W. E. AU - Li, C. AU - Rabinovic, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Adjusting batch effects in microarray expression data using empirical Bayes methods JO - Biostatistics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxj037 DO - 10.1093/biostatistics/kxj037 ID - Johnson2007 ER - TY - JOUR AU - Kendziorski, C. AU - Newton, M. AU - Lan, H. AU - Gould, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - On parametric empirical Bayes methods for comparing multiple groups using replicated gene expression profiles JO - Stat Med VL - 22 UR - https://doi.org/10.1002/sim.1548 DO - 10.1002/sim.1548 ID - Kendziorski2003 ER - TY - JOUR AU - Arnett, F. C. AU - Edworthy, S. M. AU - Bloch, D. A. AU - McShane, D. J. AU - Fries, J. F. AU - Cooper, N. S. AU - Healey, L. A. AU - Kaplan, S. R. AU - Liang, M. H. AU - Luthra, H. S. PY - 1988 DA - 1988// TI - The American Rheumatism Association 1987 revised criteria for the classification of rheumatoid arthritis JO - Arthritis Rheum VL - 31 UR - https://doi.org/10.1002/art.1780310302 DO - 10.1002/art.1780310302 ID - Arnett1988 ER - TY - JOUR AU - Altman, R. AU - Asch, E. AU - Bloch, D. AU - Bole, G. AU - Borenstein, D. AU - Brandt, K. AU - Christy, W. AU - Cooke, T. D. AU - Greenwald, R. AU - Hochberg, M. PY - 1986 DA - 1986// TI - Development of criteria for the classification and reporting of osteoarthritis. Classification of osteoarthritis of the knee. Diagnostic and Therapeutic Criteria Committee of the American Rheumatism Association JO - Arthritis Rheum VL - 29 UR - https://doi.org/10.1002/art.1780290816 DO - 10.1002/art.1780290816 ID - Altman1986 ER - TY - JOUR AU - Zimmermann, T. AU - Kunisch, E. AU - Pfeiffer, R. AU - Hirth, A. AU - Stahl, H. D. AU - Sack, U. AU - Laube, A. AU - Liesaus, E. AU - Roth, A. AU - Palombo-Kinne, E. AU - Emmrich, F. AU - Kinne, R. W. PY - 2001 DA - 2001// TI - Isolation and characterization of rheumatoid arthritis synovial fibroblasts from primary culture–primary culture cells markedly differ from fourth-passage cells JO - Arthritis Res VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/ar142 DO - 10.1186/ar142 ID - Zimmermann2001 ER - TY - STD TI - Gene Expression Omnibus. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/. UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ ID - ref10 ER - TY - JOUR AU - Ferrari, F. AU - Bortoluzzi, S. AU - Coppe, A. AU - Sirota, A. AU - Safran, M. AU - Shmoish, M. AU - Ferrari, S. AU - Lancet, D. AU - Danieli, G. A. AU - Bicciato, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Novel definition files for human GeneChips based on GeneAnnot JO - BMC Bioinforma VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-446 DO - 10.1186/1471-2105-8-446 ID - Ferrari2007 ER - TY - JOUR AU - Chen, Y. AU - Dougherty, E. R. AU - Bittner, M. L. PY - 1997 DA - 1997// TI - Ratio-based decisions and the quantitative analysis of cDNA microarray images JO - J Biomed Opt VL - 2 UR - https://doi.org/10.1117/12.281504 DO - 10.1117/12.281504 ID - Chen1997 ER - TY - JOUR AU - Efron, B. AU - Tibshirani, R. AU - Storey, J. D. AU - Tusher, V. PY - 2001 DA - 2001// TI - Empirical Bayes Analysis of a Microarray Experiment JO - J Am Stat Assoc VL - 96 UR - https://doi.org/10.1198/016214501753382129 DO - 10.1198/016214501753382129 ID - Efron2001 ER - TY - JOUR AU - Newton, M. A. AU - Kendziorski, C. M. AU - Richmond, C. S. AU - Blattner, F. R. AU - Tsui, K. W. PY - 2001 DA - 2001// TI - On differential variability of expression ratios: improving statistical inference about gene expression changes from microarray data JO - J Comput Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1089/106652701300099074 DO - 10.1089/106652701300099074 ID - Newton2001 ER - TY - JOUR AU - Tusher, V. G. AU - Tibshirani, R. AU - Chu, G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response JO - Proc Natl Acad Sci VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.091062498 DO - 10.1073/pnas.091062498 ID - Tusher2001 ER - TY - CHAP AU - Smyth, G. PY - 2004 DA - 2004// TI - Linear models and empirical bayes methods for assessing differential expression in microarray experiments BT - Stat Appl Genet Mol Biol ID - Smyth2004 ER - TY - CHAP AU - Lönnstedt, I. AU - Rimini, R. AU - Nilsson, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Empirical bayes microarray ANOVA and grouping cell lines by equal expression levels BT - Stat Appl Genet Mol Biol ID - Lönnstedt2005 ER - TY - CHAP AU - Pan, W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Incorporating biological information as a prior in an empirical bayes approach to analyzing microarray data BT - Stat Appl Genet Mol Biol ID - Pan2005 ER - TY - JOUR AU - Gottardo, R. AU - Raftery, A. E. AU - Yeung, K. Y. AU - Bumgarner, R. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Bayesian robust inference for differential gene expression in microarrays with multiple samples JO - Biometrics VL - 62 UR - https://doi.org/10.1111/j.1541-0420.2005.00397.x DO - 10.1111/j.1541-0420.2005.00397.x ID - Gottardo2006 ER - TY - STD TI - Combat. http://jlab.byu.edu/ComBat/Abstract.html. UR - http://jlab.byu.edu/ComBat/Abstract.html ID - ref20 ER - TY - CHAP AU - Smyth, G. K. ED - Gentleman, R. ED - Carey, V. ED - Dudoit, S. ED - Irizarry, R. ED - Huber, W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Limma: linear models for microarray data BT - Bioinformatics and Computational Biology Solutions using R and Bioconductor PB - Springer CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/0-387-29362-0_23 DO - 10.1007/0-387-29362-0_23 ID - Smyth2005 ER - TY - JOUR AU - Shi, L. AU - Jones, W. D. AU - Jensen, R. V. AU - Harris, S. C. AU - Perkins, R. G. AU - Goodsaid, F. M. AU - Guo, L. AU - Croner, L. J. AU - Boysen, C. AU - Fang, H. AU - Qian, F. AU - Amur, S. AU - Bao, W. AU - Barbacioru, C. C. AU - Bertholet, V. AU - Cao, X. M. AU - Chu, T. -. M. AU - Collins, P. J. AU - Fan, X. AU - Frueh, F. W. AU - Fuscoe, J. C. AU - Guo, X. AU - Han, J. AU - Herman, D. AU - Hong, H. AU - Kawasaki, E. S. AU - Li, Q. -. Z. AU - Luo, Y. AU - Ma, Y. AU - Mei, N. AU - Peterson, R. L. AU - Puri, R. K. AU - Shippy, R. AU - Su, Z. AU - Sun, Y. A. AU - Sun, H. AU - Thorn, B. AU - Turpaz, Y. AU - Wang, C. AU - Wang, S. J. AU - Warrington, J. A. AU - Willey, J. C. AU - Wu, J. AU - Xie, Q. AU - Zhang, L. AU - Zhang, L. AU - Zhong, S. AU - Wolfinger, R. D. AU - Tong, W. PY - 2008 DA - 2008// TI - The balance of reproducibility, sensitivity, and specificity of lists of differentially expressed genes in microarray studies JO - BMC Bioinforma VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-S9-S10 DO - 10.1186/1471-2105-9-S9-S10 ID - Shi2008 ER - TY - JOUR AU - Falcon, S. AU - Gentleman, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Using GOstats to test gene lists for GO term association JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl567 DO - 10.1093/bioinformatics/btl567 ID - Falcon2007 ER - TY - STD TI - GPower Tutorial. http://www.psycho.uni-duesseldorf.de/aap/projects/gpower/tutorial_01.html. UR - http://www.psycho.uni-duesseldorf.de/aap/projects/gpower/tutorial_01.html ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Faul, F. AU - Erdfelder, E. AU - Lang, A. -. G. AU - Buchner, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - G*Power 3: a flexible statistical power analysis program for the social, behavioral, and biomedical sciences JO - Behav Res Meth VL - 39 UR - https://doi.org/10.3758/BF03193146 DO - 10.3758/BF03193146 ID - Faul2007 ER - TY - JOUR AU - Szekanecz, Z. AU - Koch, A. E. PY - 2001 DA - 2001// TI - Update on synovitis JO - Curr Rheumatol Rep VL - 3 UR - https://doi.org/10.1007/s11926-001-0051-0 DO - 10.1007/s11926-001-0051-0 ID - Szekanecz2001 ER - TY - JOUR AU - Postlethwaite, A. E. AU - Holness, M. A. AU - Katai, H. AU - Raghow, R. PY - 1992 DA - 1992// TI - Human fibroblasts synthesize elevated levels of extracellular matrix proteins in response to interleukin 4 JO - J Clin Invest VL - 90 UR - https://doi.org/10.1172/JCI116015 DO - 10.1172/JCI116015 ID - Postlethwaite1992 ER - TY - JOUR AU - Kinne, R. W. AU - Boehm, S. AU - Iftner, T. AU - Aigner, T. AU - Vornehm, S. AU - Weseloh, G. AU - Bravo, R. AU - Emmrich, F. AU - Kroczek, R. A. PY - 1995 DA - 1995// TI - Synovial fibroblast-like cells strongly express jun-B and C-fos proto-oncogenes in rheumatoid- and osteoarthritis JO - Scand J Rheumatol Suppl VL - 101 UR - https://doi.org/10.3109/03009749509100913 DO - 10.3109/03009749509100913 ID - Kinne1995 ER - TY - JOUR AU - Seki, T. AU - Selby, J. AU - Häupl, T. AU - Winchester, R. PY - 1998 DA - 1998// TI - Use of differential subtraction method to identify genes that characterize the phenotype of cultured rheumatoid arthritis synoviocytes JO - Arthritis Rheum VL - 41 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-X DO - 3.0.CO;2-X ID - Seki1998 ER - TY - JOUR AU - Okada, Y. AU - Morodomi, T. AU - Enghild, J. J. AU - Suzuki, K. AU - Yasui, A. AU - Nakanishi, I. AU - Salvesen, G. AU - Nagase, H. PY - 1990 DA - 1990// TI - Matrix metalloproteinase 2 from human rheumatoid synovial fibroblasts. Purification and activation of the precursor and enzymic properties JO - Eur J Biochem VL - 194 UR - https://doi.org/10.1111/j.1432-1033.1990.tb19462.x DO - 10.1111/j.1432-1033.1990.tb19462.x ID - Okada1990 ER - TY - JOUR AU - Gadher, S. J. AU - Eyre, D. R. AU - Duance, V. C. AU - Wotton, S. F. AU - Heck, L. W. AU - Schmid, T. M. AU - Woolley, D. E. PY - 1988 DA - 1988// TI - Susceptibility of cartilage collagens type II, IX, X, and XI to human synovial collagenase and neutrophil elastase JO - Eur J Biochem VL - 175 UR - https://doi.org/10.1111/j.1432-1033.1988.tb14158.x DO - 10.1111/j.1432-1033.1988.tb14158.x ID - Gadher1988 ER - TY - JOUR AU - Miller, E. J. AU - Gay, S. PY - 1987 DA - 1987// TI - The collagens: an overview and update JO - Meth Enzymol VL - 144 UR - https://doi.org/10.1016/0076-6879(87)44170-0 DO - 10.1016/0076-6879(87)44170-0 ID - Miller1987 ER - TY - JOUR AU - Ricard-Blum, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - The collagen family JO - Cold Spring Harb Perspect Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1101/cshperspect.a004978 DO - 10.1101/cshperspect.a004978 ID - Ricard-Blum2011 ER - TY - JOUR AU - Hjorten, R. AU - Hansen, U. AU - Underwood, R. A. AU - Telfer, H. E. AU - Fernandes, R. J. AU - Krakow, D. AU - Sebald, E. AU - Wachsmann-Hogiu, S. AU - Bruckner, P. AU - Jacquet, R. AU - Landis, W. J. AU - Byers, P. H. AU - Pace, J. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Type XXVII collagen at the transition of cartilage to bone during skeletogenesis JO - Bone VL - 41 UR - https://doi.org/10.1016/j.bone.2007.06.024 DO - 10.1016/j.bone.2007.06.024 ID - Hjorten2007 ER - TY - JOUR AU - Brown, L. J. AU - Alawoki, M. AU - Crawford, M. E. AU - Reida, T. AU - Sears, A. AU - Torma, T. AU - Albig, A. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Lipocalin-7 is a matricellular regulator of angiogenesis JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0013905 DO - 10.1371/journal.pone.0013905 ID - Brown2010 ER - TY - JOUR AU - Zvaifler, N. J. AU - Firestein, G. S. PY - 1994 DA - 1994// TI - Pannus and pannocytes. Alternative models of joint destruction in rheumatoid arthritis JO - Arthritis Rheum VL - 37 UR - https://doi.org/10.1002/art.1780370601 DO - 10.1002/art.1780370601 ID - Zvaifler1994 ER - TY - JOUR AU - Karouzakis, E. AU - Gay, R. E. AU - Gay, S. AU - Neidhart, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Epigenetic deregulation in rheumatoid arthritis JO - Adv Exp Med Biol VL - 711 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4419-8216-2_10 DO - 10.1007/978-1-4419-8216-2_10 ID - Karouzakis2011 ER - TY - JOUR AU - Kinne, R. W. AU - Liehr, T. AU - Beensen, V. AU - Kunisch, E. AU - Zimmermann, T. AU - Holland, H. AU - Pfeiffer, R. AU - Stahl, H. D. AU - Lungershausen, W. AU - Hein, G. AU - Roth, A. AU - Emmrich, F. AU - Claussen, U. AU - Froster, U. G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Mosaic chromosomal aberrations in synovial fibroblasts of patients with rheumatoid arthritis, osteoarthritis, and other inflammatory joint diseases JO - Arthritis Res VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/ar322 DO - 10.1186/ar322 ID - Kinne2001 ER - TY - JOUR AU - Dunger, S. AU - Neumann, S. AU - Zell, R. AU - Birch-Hirschfeld, E. AU - Stelzner, A. AU - Paschke, R. AU - Kinne, R. W. AU - Sickinger, S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Mutation detection in mosaic situations: RNA mismatch assay and denaturing gradient gel electrophoresis are more sensitive than conventional cycle sequencing JO - Anal Biochem VL - 294 UR - https://doi.org/10.1006/abio.2001.5159 DO - 10.1006/abio.2001.5159 ID - Dunger2001 ER - TY - STD TI - The pre-publication history for this paper can be accessed here:http://www.biomedcentral.com/1755-8794/5/23/prepub UR - http://www.biomedcentral.com/1755-8794/5/23/prepub ID - ref40 ER -