TY - JOUR AU - Perou, C. M. AU - Sorlie, T. AU - Eisen, M. B. AU - van de Rijn, M. AU - Jeffrey, S. S. AU - Rees, C. A. AU - Pollack, J. R. AU - Ross, D. T. AU - Johnsen, H. AU - Akslen, L. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Molecular portraits of human breast tumours JO - Nature VL - 406 UR - https://doi.org/10.1038/35021093 DO - 10.1038/35021093 ID - Perou2000 ER - TY - JOUR AU - Sorlie, T. AU - Perou, C. M. AU - Tibshirani, R. AU - Aas, T. AU - Geisler, S. AU - Johnsen, H. AU - Hastie, T. AU - Eisen, M. B. AU - van de Rijn, M. AU - Jeffrey, S. S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Gene expression patterns of breast carcinomas distinguish tumor subclasses with clinical implications JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.191367098 DO - 10.1073/pnas.191367098 ID - Sorlie2001 ER - TY - JOUR AU - Parker, J. S. AU - Mullins, M. AU - Cheang, M. C. AU - Leung, S. AU - Voduc, D. AU - Vickery, T. AU - Davies, S. AU - Fauron, C. AU - He, X. AU - Hu, Z. PY - 2009 DA - 2009// TI - Supervised risk predictor of breast cancer based on intrinsic subtypes JO - J Clin Oncol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2008.18.1370 DO - 10.1200/JCO.2008.18.1370 ID - Parker2009 ER - TY - JOUR AU - Hu, Z. AU - Fan, C. AU - Oh, D. S. AU - Marron, J. S. AU - He, X. AU - Qaqish, B. F. AU - Livasy, C. AU - Carey, L. A. AU - Reynolds, E. AU - Dressler, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - The molecular portraits of breast tumors are conserved across microarray platforms JO - BMC Genomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-7-96 DO - 10.1186/1471-2164-7-96 ID - Hu2006 ER - TY - JOUR AU - Nielsen, T. O. AU - Parker, J. S. AU - Leung, S. AU - Voduc, D. AU - Ebbert, M. AU - Vickery, T. AU - Davies, S. R. AU - Snider, J. AU - Stijleman, I. J. AU - Reed, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - A comparison of PAM50 intrinsic subtyping with immunohistochemistry and clinical prognostic factors in tamoxifen-treated estrogen receptor-positive breast cancer JO - Clin Cancer Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-10-1282 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-10-1282 ID - Nielsen2010 ER - TY - STD TI - Cheang MCU, Voduc KD, Dongsheng T, Jiang S, Leung S, Chia SK, Shepherd L, Levine MN, Pritchard KI, Davies SR, et al: Responsiveness of intrinsic subtypes to adjuvant anthracycline substitution in the NCIC.CTG MA.5 randomized trial. Clin Cancer Res. in press,  . ID - ref6 ER - TY - JOUR AU - Tibshirani, R. AU - Hastie, T. AU - Narasimhan, B. AU - Chu, G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Diagnosis of multiple cancer types by shrunken centroids of gene expression JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.082099299 DO - 10.1073/pnas.082099299 ID - Tibshirani2002 ER - TY - JOUR AU - Sorlie, T. AU - Tibshirani, R. AU - Parker, J. AU - Hastie, T. AU - Marron, J. S. AU - Nobel, A. AU - Deng, S. AU - Johnsen, H. AU - Pesich, R. AU - Geisler, S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Repeated observation of breast tumor subtypes in independent gene expression data sets JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0932692100 DO - 10.1073/pnas.0932692100 ID - Sorlie2003 ER - TY - JOUR AU - Ellis, M. J. AU - Suman, V. J. AU - Hoog, J. AU - Lin, L. AU - Snider, J. AU - Prat, A. AU - Parker, J. S. AU - Luo, J. AU - DeSchryver, K. AU - Allred, D. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Randomized phase II neoadjuvant comparison between letrozole, anastrozole, and exemestane for postmenopausal women with estrogen receptor-rich stage 2 to 3 breast cancer: clinical and biomarker outcomes and predictive value of the baseline PAM50-based intrinsic subtype--ACOSOG Z103 JO - J Clin Oncol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2010.31.6950 DO - 10.1200/JCO.2010.31.6950 ID - Ellis2011 ER - TY - JOUR AU - Esserman, L. J. AU - Berry, D. A. AU - Cheang, M. C. AU - Yau, C. AU - Perou, C. M. AU - Carey, L. AU - DeMichele, A. AU - Gray, J. W. AU - Conway-Dorsey, K. AU - Lenburg, M. E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Chemotherapy response and recurrence-free survival in neoadjuvant breast cancer depends on biomarker profiles: results from the I-SPY 1 TRIAL (CALGB 150007/150012; ACRIN 6657) JO - Breast Cancer Res Treat VL - 132 UR - https://doi.org/10.1007/s10549-011-1895-2 DO - 10.1007/s10549-011-1895-2 ID - Esserman2012 ER - TY - JOUR AU - Gonzalez-Angulo, A. M. AU - Iwamoto, T. AU - Liu, S. AU - Chen, H. AU - Do, K. A. AU - Hortobagyi, G. N. AU - Mills, G. B. AU - Meric-Bernstam, F. AU - Symmans, W. F. AU - Pusztai, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Gene expression, molecular class changes, and pathway analysis after neoadjuvant systemic therapy for breast cancer JO - Clin Cancer Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-11-2762 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-11-2762 ID - Gonzalez-Angulo2012 ER - TY - JOUR AU - Iwamoto, T. AU - Booser, D. AU - Valero, V. AU - Murray, J. L. AU - Koenig, K. AU - Esteva, F. J. AU - Ueno, N. T. AU - Zhang, J. AU - Shi, W. AU - Qi, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - Estrogen receptor (ER) mRNA and ER-related gene expression in breast cancers that are 1% to 10% ER-positive by immunohistochemistry JO - J Clin Oncol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2011.36.2574 DO - 10.1200/JCO.2011.36.2574 ID - Iwamoto2012 ER - TY - JOUR AU - Paik, S. AU - Shak, S. AU - Tang, G. AU - Kim, C. AU - Baker, J. AU - Cronin, M. AU - Baehner, F. L. AU - Walker, M. G. AU - Watson, D. AU - Park, T. PY - 2004 DA - 2004// TI - A multigene assay to predict recurrence of tamoxifen-treated, node-negative breast cancer JO - N Engl J Med VL - 351 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa041588 DO - 10.1056/NEJMoa041588 ID - Paik2004 ER - TY - JOUR AU - Tutt, A. AU - Wang, A. AU - Rowland, C. AU - Gillett, C. AU - Lau, K. AU - Chew, K. AU - Dai, H. AU - Kwok, S. AU - Ryder, K. AU - Shu, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Risk estimation of distant metastasis in node-negative, estrogen receptor-positive breast cancer patients using an RT-PCR based prognostic expression signature JO - BMC Cancer VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2407-8-339 DO - 10.1186/1471-2407-8-339 ID - Tutt2008 ER - TY - JOUR AU - Sotiriou, C. AU - Wirapati, P. AU - Loi, S. AU - Harris, A. AU - Fox, S. AU - Smeds, J. AU - Nordgren, H. AU - Farmer, P. AU - Praz, V. AU - Haibe-Kains, B. PY - 2006 DA - 2006// TI - Gene expression profiling in breast cancer: understanding the molecular basis of histologic grade to improve prognosis JO - J Natl Cancer Inst VL - 98 UR - https://doi.org/10.1093/jnci/djj052 DO - 10.1093/jnci/djj052 ID - Sotiriou2006 ER - TY - JOUR AU - van de Vijver, M. J. AU - He, Y. D. AU - van't Veer, L. J. AU - Dai, H. AU - Hart, A. A. AU - Voskuil, D. W. AU - Schreiber, G. J. AU - Peterse, J. L. AU - Roberts, C. AU - Marton, M. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - A gene-expression signature as a predictor of survival in breast cancer JO - N Engl J Med VL - 347 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa021967 DO - 10.1056/NEJMoa021967 ID - van de Vijver2002 ER - TY - JOUR AU - Perreard, L. AU - Fan, C. AU - Quackenbush, J. F. AU - Mullins, M. AU - Gauthier, N. P. AU - Nelson, E. AU - Mone, M. AU - Hansen, H. AU - Buys, S. S. AU - Rasmussen, K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Classification and risk stratification of invasive breast carcinomas using a real-time quantitative RT-PCR assay JO - Breast Cancer Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/bcr1399 DO - 10.1186/bcr1399 ID - Perreard2006 ER - TY - JOUR AU - Mullins, M. AU - Perreard, L. AU - Quackenbush, J. F. AU - Gauthier, N. AU - Bayer, S. AU - Ellis, M. AU - Parker, J. AU - Perou, C. M. AU - Szabo, A. AU - Bernard, P. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Agreement in breast cancer classification between microarray and quantitative reverse transcription PCR from fresh-frozen and formalin-fixed, paraffin-embedded tissues JO - Clin Chem VL - 53 UR - https://doi.org/10.1373/clinchem.2006.083725 DO - 10.1373/clinchem.2006.083725 ID - Mullins2007 ER - TY - JOUR AU - Nielsen, T. O. AU - Hsu, F. D. AU - Jensen, K. AU - Cheang, M. AU - Karaca, G. AU - Hu, Z. AU - Hernandez-Boussard, T. AU - Livasy, C. AU - Cowan, D. AU - Dressler, L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Immunohistochemical and clinical characterization of the basal-like subtype of invasive breast carcinoma JO - Clin Cancer Res VL - 10 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-04-0220 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-04-0220 ID - Nielsen2004 ER - TY - CHAP AU - Morrison, D. H. AU - Rahardja, D. AU - King, E. AU - Peng, Y. AU - Sarode, V. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Tumour biomarker expression relative to age and molecular subtypes of invasive breast cancer BT - Br J Cancer ID - Morrison2012 ER - TY - JOUR AU - Caudle, A. S. AU - Yu, T. K. AU - Tucker, S. L. AU - Bedrosian, I. AU - Litton, J. K. AU - Gonzalez-Angulo, A. M. AU - Hoffman, K. AU - Meric-Bernstam, F. AU - Hunt, K. K. AU - Buchholz, T. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Local-regional control according to surrogate markers of breast cancer subtypes and response to neoadjuvant chemotherapy in breast cancer patients undergoing breast conserving therapy JO - Breast Cancer Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/bcr3198 DO - 10.1186/bcr3198 ID - Caudle2012 ER - TY - JOUR AU - Martin, M. AU - Rodriguez-Lescure, A. AU - Ruiz, A. AU - Alba, E. AU - Calvo, L. AU - Ruiz-Borrego, M. AU - Munarriz, B. AU - Rodriguez, C. A. AU - Crespo, C. AU - de Alava, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Randomized phase 3 trial of fluorouracil, epirubicin, and cyclophosphamide alone or followed by Paclitaxel for early breast cancer JO - J Natl Cancer Inst VL - 100 UR - https://doi.org/10.1093/jnci/djn151 DO - 10.1093/jnci/djn151 ID - Martin2008 ER - TY - JOUR AU - Allred, D. C. AU - Harvey, J. M. AU - Berardo, M. AU - Clark, G. M. PY - 1998 DA - 1998// TI - Prognostic and predictive factors in breast cancer by immunohistochemical analysis JO - Modern Pathol VL - 11 ID - Allred1998 ER - TY - JOUR AU - Wolff, A. C. AU - Hammond, M. E. AU - Schwartz, J. N. AU - Hagerty, K. L. AU - Allred, D. C. AU - Cote, R. J. AU - Dowsett, M. AU - Fitzgibbons, P. L. AU - Hanna, W. M. AU - Langer, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - American Society of Clinical Oncology/College of American Pathologists guideline recommendations for human epidermal growth factor receptor 2 testing in breast cancer JO - J Clin Oncol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2006.09.2775 DO - 10.1200/JCO.2006.09.2775 ID - Wolff2007 ER - TY - JOUR AU - Eisen, M. B. AU - Spellman, P. T. AU - Brown, P. O. AU - Botstein, D. PY - 1998 DA - 1998// TI - Cluster analysis and display of genome-wide expression patterns JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 95 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.95.25.14863 DO - 10.1073/pnas.95.25.14863 ID - Eisen1998 ER - TY - JOUR AU - Ebbert, M. T. AU - Bastien, R. R. AU - Boucher, K. M. AU - Martin, M. AU - Carrasco, E. AU - Caballero, R. AU - Stijleman, I. J. AU - Bernard, P. S. AU - Facelli, J. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Characterization of uncertainty in the classification of multivariate assays: application to PAM50 centroid-based genomic predictors for breast cancer treatment plans JO - J Clin Bioinforma VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/2043-9113-1-37 DO - 10.1186/2043-9113-1-37 ID - Ebbert2011 ER - TY - JOUR AU - Liu, Y. AU - Hayes, D. N. AU - Nobel, A. AU - Marron, J. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Statistical Significance of Clustering for High-Dimension, Low-Sample Size Data JO - J Am Stat Assoc VL - 103 UR - https://doi.org/10.1198/016214508000000454 DO - 10.1198/016214508000000454 ID - Liu2008 ER - TY - JOUR AU - Elloumi, F. AU - Hu, Z. AU - Li, Y. AU - Parker, J. S. AU - Gulley, M. L. AU - Amos, K. D. AU - Troester, M. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Systematic Bias in Genomic Classification Due to Contaminating Non-neoplastic Tissue in Breast Tumor Samples JO - BMC Med Genomics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1755-8794-4-54 DO - 10.1186/1755-8794-4-54 ID - Elloumi2011 ER - TY - JOUR AU - Geiss, G. K. AU - Bumgarner, R. E. AU - Birditt, B. AU - Dahl, T. AU - Dowidar, N. AU - Dunaway, D. L. AU - Fell, H. P. AU - Ferree, S. AU - George, R. D. AU - Grogan, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Direct multiplexed measurement of gene expression with color-coded probe pairs JO - Nat Biotechnol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1385 DO - 10.1038/nbt1385 ID - Geiss2008 ER - TY - JOUR AU - Chia, S. K. AU - Bramwell, V. H. AU - Tu, D. AU - Shepherd, L. E. AU - Jiang, S. AU - Vickery, T. AU - Mardis, E. AU - Leung, S. AU - Ung, K. AU - Pritchard, K. I. PY - 2012 DA - 2012// TI - A 50-Gene Intrinsic Subtype Classifier for Prognosis and Prediction of Benefit from Adjuvant Tamoxifen JO - Clin Cancer Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-12-0286 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-12-0286 ID - Chia2012 ER - TY - JOUR AU - Cheang, M. C. AU - Voduc, K. D. AU - Tu, D. AU - Jiang, S. AU - Leung, S. AU - Chia, S. K. AU - Shepherd, L. E. AU - Levine, M. N. AU - Pritchard, K. I. AU - Davies, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Responsiveness of intrinsic subtypes to adjuvant anthracycline substitution in the NCIC.CTG MA.5 randomized trial JO - Clin Cancer Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-11-2956 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-11-2956 ID - Cheang2012 ER - TY - JOUR AU - Soreide, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Receiver-operating characteristic curve analysis in diagnostic, prognostic and predictive biomarker research JO - J Clin Pathol VL - 62 UR - https://doi.org/10.1136/jcp.2008.061010 DO - 10.1136/jcp.2008.061010 ID - Soreide2009 ER - TY - JOUR AU - Hammond, M. E. AU - Hayes, D. F. AU - Dowsett, M. AU - Allred, D. C. AU - Hagerty, K. L. AU - Badve, S. AU - Fitzgibbons, P. L. AU - Francis, G. AU - Goldstein, N. S. AU - Hayes, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - American Society of Clinical Oncology/College Of American Pathologists guideline recommendations for immunohistochemical testing of estrogen and progesterone receptors in breast cancer JO - J Clin Oncol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2009.25.6529 DO - 10.1200/JCO.2009.25.6529 ID - Hammond2010 ER - TY - JOUR AU - Garcia-Caballero, T. AU - Grabau, D. AU - Green, A. R. AU - Gregory, J. AU - Schad, A. AU - Kohlwes, E. AU - Ellis, I. O. AU - Watts, S. AU - Mollerup, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Determination of HER2 amplification in primary breast cancer using dual-colour chromogenic in situ hybridization is comparable to fluorescence in situ hybridization: a European multicentre study involving 168 specimens JO - Histopathology VL - 56 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2559.2010.03503.x DO - 10.1111/j.1365-2559.2010.03503.x ID - Garcia-Caballero2010 ER - TY - JOUR AU - Dabbs, D. J. AU - Klein, M. E. AU - Mohsin, S. K. AU - Tubbs, R. R. AU - Shuai, Y. AU - Bhargava, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - High False-Negative Rate of HER2 Quantitative Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction of the Oncotype DX Test: An Independent Quality Assurance Study JO - J Clin Oncol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2011.34.7963 DO - 10.1200/JCO.2011.34.7963 ID - Dabbs2011 ER - TY - JOUR AU - Swain, S. M. AU - Jeong, J. H. AU - Geyer, C. E. AU - Costantino, J. P. AU - Pajon, E. R. AU - Fehrenbacher, L. AU - Atkins, J. N. AU - Polikoff, J. AU - Vogel, V. G. AU - Erban, J. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Longer therapy, iatrogenic amenorrhea, and survival in early breast cancer JO - N Engl J Med VL - 362 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa0909638 DO - 10.1056/NEJMoa0909638 ID - Swain2010 ER - TY - JOUR AU - Prat, A. AU - Parker, J. S. AU - Karginova, O. AU - Fan, C. AU - Livasy, C. AU - Herschkowitz, J. I. AU - He, X. AU - Perou, C. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Phenotypic and molecular characterization of the claudin-low intrinsic subtype of breast cancer JO - Breast Cancer Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/bcr2635 DO - 10.1186/bcr2635 ID - Prat2010 ER - TY - CHAP AU - Ha, G. AU - Roth, A. AU - Lai, D. AU - Bashashati, A. AU - Ding, J. AU - Goya, R. AU - Giuliany, R. AU - Rosner, J. AU - Oloumi, A. AU - Shumansky, K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Integrative analysis of genome-wide loss of heterozygosity and mono-allelic expression at nucleotide resolution reveals disrupted pathways in triple negative breast cancer BT - Genome Res ID - Ha2012 ER - TY - JOUR AU - Curtis, C. AU - Shah, S. P. AU - Chin, S. F. AU - Turashvili, G. AU - Rueda, O. M. AU - Dunning, M. J. AU - Speed, D. AU - Lynch, A. G. AU - Samarajiwa, S. AU - Yuan, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - The genomic and transcriptomic architecture of 2,000 breast tumours reveals novel subgroups JO - Nature VL - 486 ID - Curtis2012 ER - TY - STD TI - The pre-publication history for this paper can be accessed here:http://www.biomedcentral.com/1755-8794/5/44/prepub UR - http://www.biomedcentral.com/1755-8794/5/44/prepub ID - ref40 ER -