TY - JOUR AU - Brass, A. L. AU - Dykxhoorn, D. M. AU - Benita, Y. AU - Yan, N. AU - Engelman, A. AU - Xavier, R. J. AU - Lieberman, J. AU - Elledge, S. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Identification of host proteins required for HIV infection through a functional genomic screen JO - Science VL - 319 UR - https://doi.org/10.1126/science.1152725 DO - 10.1126/science.1152725 ID - Brass2008 ER - TY - JOUR AU - Konig, R. AU - Zhou, Y. Y. AU - Elleder, D. AU - Diamond, T. L. AU - Bonamy, G. M. C. AU - Irelan, J. T. AU - Chiang, C. Y. AU - Tu, B. P. AU - De Jesus, P. D. AU - Lilley, C. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Global analysis of host-pathogen interactions that regulate early-stage HIV-1 replication JO - Cell VL - 135 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.07.032 DO - 10.1016/j.cell.2008.07.032 ID - Konig2008 ER - TY - JOUR AU - Zhou, H. L. AU - Xu, M. AU - Huang, Q. AU - Gates, A. T. AU - Zhang, X. H. D. AU - Castle, J. C. AU - Stec, E. AU - Ferrer, M. AU - Strulovici, B. AU - Hazuda, D. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome-Scale RNAi Screen for Host Factors Required for HIV Replication JO - Cell Host Microbe VL - 4 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2008.10.004 DO - 10.1016/j.chom.2008.10.004 ID - Zhou2008 ER - TY - JOUR AU - Yeung, M. L. AU - Houzet, L. AU - Yedavalli, V. S. R. K. AU - Jeang, K. T. PY - 2009 DA - 2009// TI - A genome-wide short hairpin RNA screening of jurkat T-cells for human proteins contributing to productive HIV-1 replication JO - J Biol Chem VL - 284 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M109.010033 DO - 10.1074/jbc.M109.010033 ID - Yeung2009 ER - TY - JOUR AU - Bushman, F. D. AU - Malani, N. AU - Fernandes, J. AU - D’Orso, I. AU - Cagney, G. AU - Diamond, T. L. AU - Zhou, H. L. AU - Hazuda, D. J. AU - Espeseth, A. S. AU - Konig, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Host Cell Factors in HIV Replication: Meta-Analysis of Genome-Wide Studies JO - PLoS Pathog VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1000437 DO - 10.1371/journal.ppat.1000437 ID - Bushman2009 ER - TY - JOUR AU - Mehla, R. AU - Ayyavoo, V. PY - 2012 DA - 2012// TI - Gene Array Studies in HIV-1 Infection JO - Curr HIV/AIDS Rep VL - 9 UR - https://doi.org/10.1007/s11904-011-0100-x DO - 10.1007/s11904-011-0100-x ID - Mehla2012 ER - TY - JOUR AU - Giri, M. S. AU - Nebozhyn, M. AU - Showe, L. AU - Montaner, L. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Microarray data on gene modulation by HIV-1 in immune cells: 2000–2006 JO - J Leukoc Biol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1189/jlb.0306157 DO - 10.1189/jlb.0306157 ID - Giri2006 ER - TY - JOUR AU - Li, Q. S. AU - Smith, A. J. AU - Schacker, T. W. AU - Carlis, J. V. AU - Duan, L. AU - Reilly, C. S. AU - Haase, A. T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Microarray Analysis of Lymphatic Tissue Reveals Stage-Specific, Gene Expression Signatures in HIV-1 Infection JO - J Immunol VL - 183 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.0803222 DO - 10.4049/jimmunol.0803222 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Smith, A. J. AU - Li, Q. S. AU - Wietgrefe, S. W. AU - Schacker, T. W. AU - Reilly, C. S. AU - Haase, A. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Host Genes Associated with HIV-1 Replication in Lymphatic Tissue JO - J Immunol VL - 185 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.1002197 DO - 10.4049/jimmunol.1002197 ID - Smith2010 ER - TY - JOUR AU - Jager, S. AU - Cimermancic, P. AU - Gulbahce, N. AU - Johnson, J. R. AU - McGovern, K. E. AU - Clarke, S. C. AU - Shales, M. AU - Mercenne, G. AU - Pache, L. AU - Li, K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Global landscape of HIV-human protein complexes JO - Nature VL - 481 ID - Jager2012 ER - TY - JOUR AU - Zhang, L. AU - Zhang, X. AU - Ma, Q. AU - Zhou, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Host Proteome Research in HIV Infection JO - Genomics Proteomics Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1016/S1672-0229(10)60001-0 DO - 10.1016/S1672-0229(10)60001-0 ID - Zhang2010 ER - TY - JOUR AU - Kontijevskis, A. AU - Wikberg, J. E. S. AU - Komorowski, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Computational proteomics analysis of HIV‒1 protease interactome JO - Proteins Struct Function Bioinformatics VL - 68 UR - https://doi.org/10.1002/prot.21415 DO - 10.1002/prot.21415 ID - Kontijevskis2007 ER - TY - JOUR AU - Limou, S. AU - Le Clerc, S. AU - Coulonges, C. AU - Carpentier, W. AU - Dina, C. AU - Delaneau, O. AU - Labib, T. AU - Taing, L. AU - Sladek, R. AU - Deveau, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genomewide Association Study of an AIDS-Nonprogression Cohort Emphasizes the Role Played by HLA Genes (ANRS Genomewide Association Study 02) JO - J Infect Dis VL - 199 UR - https://doi.org/10.1086/596067 DO - 10.1086/596067 ID - Limou2009 ER - TY - JOUR AU - Le Clerc, S. AU - Limou, S. AU - Coulonges, C. AU - Carpentier, W. AU - Dina, C. AU - Taing, L. AU - Delaneau, O. AU - Labib, T. AU - Sladek, R. AU - Deveau, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genomewide Association Study of a Rapid Progression Cohort Identifies New Susceptibility Alleles for AIDS (ANRS Genomewide Association Study 03) JO - J Infect Dis VL - 200 UR - https://doi.org/10.1086/605892 DO - 10.1086/605892 ID - Le Clerc2009 ER - TY - JOUR AU - Guergnon, J. AU - Theodorou, I. PY - 2011 DA - 2011// TI - What did we learn on host’s genetics by studying large cohorts of HIV-1-infected patients in the genome-wide association era? JO - Curr Opin HIV AIDS VL - 6 UR - https://doi.org/10.1097/COH.0b013e3283478449 DO - 10.1097/COH.0b013e3283478449 ID - Guergnon2011 ER - TY - JOUR AU - Sheehy, A. M. AU - Gaddis, N. C. AU - Choi, J. D. AU - Malim, M. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - Isolation of a human gene that inhibits HIV-1 infection and is suppressed by the viral Vif protein JO - Nature VL - 418 UR - https://doi.org/10.1038/nature00939 DO - 10.1038/nature00939 ID - Sheehy2002 ER - TY - JOUR AU - Stremlau, M. AU - Owens, C. M. AU - Perron, M. J. AU - Kiessling, M. AU - Autissier, P. AU - Sodroski, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - The cytoplasmic body component TRIM5α restricts HIV-1 infection in Old World monkeys JO - Nature VL - 427 UR - https://doi.org/10.1038/nature02343 DO - 10.1038/nature02343 ID - Stremlau2004 ER - TY - JOUR AU - Neil, S. J. D. AU - Zang, T. AU - Bieniasz, P. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Tetherin inhibits retrovirus release and is antagonized by HIV-1 Vpu JO - Nature VL - 451 UR - https://doi.org/10.1038/nature06553 DO - 10.1038/nature06553 ID - Neil2008 ER - TY - JOUR AU - Tyagi, M. AU - Kashanchi, F. PY - 2012 DA - 2012// TI - New and novel intrinsic host repressive factors against HIV-1: PAF1 complex, HERC5 and others JO - Retrovirology VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1742-4690-9-19 DO - 10.1186/1742-4690-9-19 ID - Tyagi2012 ER - TY - JOUR AU - Liu, L. AU - Oliveira, N. M. M. AU - Cheney, K. M. AU - Pade, C. AU - Dreja, H. AU - Bergin, A. M. H. AU - Borgdorff, V. AU - Beach, D. H. AU - Bishop, C. L. AU - Dittmar, M. T. PY - 2011 DA - 2011// TI - A whole genome screen for HIV restriction factors JO - Retrovirology VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1742-4690-8-94 DO - 10.1186/1742-4690-8-94 ID - Liu2011 ER - TY - JOUR AU - Levy, J. A. PY - 1993 DA - 1993// TI - Pathogenesis of human-immunodeficiency-virus infection JO - Microbiol Rev VL - 57 ID - Levy1993 ER - TY - JOUR AU - Ho, M. AU - Armstrong, J. AU - McMahon, D. AU - Pazin, G. AU - Huang, X. L. AU - Rinaldo, C. AU - Whiteside, T. AU - Tripoli, C. AU - Levine, G. AU - Moody, D. PY - 1993 DA - 1993// TI - A phase-1 study of adoptive transfer of autologous CD8+ T-lymphocytes in patients with acquired-immunodeficiency-syndrome (AIDS)-related complex or AIDS JO - Blood VL - 81 ID - Ho1993 ER - TY - JOUR AU - Roederer, M. AU - Raju, P. A. AU - Mitra, D. K. AU - Herzenberg, L. A. PY - 1997 DA - 1997// TI - HIV does not replicate in naive CD4 T cells stimulated with CD3/CD28 JO - J Clin Invest VL - 99 UR - https://doi.org/10.1172/JCI119318 DO - 10.1172/JCI119318 ID - Roederer1997 ER - TY - JOUR AU - Mengozzi, M. AU - Malipatlolla, M. AU - De Rosa, S. C. AU - Herzenberg, L. A. AU - Roederer, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Naive CD4 T cells inhibit CD28-costimulated R5 HIV replication in memory CD4 T cells JO - Proc Natl Acad Sci VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.211205098 DO - 10.1073/pnas.211205098 ID - Mengozzi2001 ER - TY - JOUR AU - Barker, E. AU - Bossart, K. N. AU - Levy, J. A. PY - 1998 DA - 1998// TI - Differential effects of CD28 costimulation on HIV production by CD4+ cells JO - J Immunol VL - 161 ID - Barker1998 ER - TY - JOUR AU - Spina, C. A. AU - Prince, H. E. AU - Richman, D. D. PY - 1997 DA - 1997// TI - Preferential replication of HIV-1 in the CD45RO memory cell subset of primary CD4 lymphocytes in vitro JO - J Clin Invest VL - 99 UR - https://doi.org/10.1172/JCI119342 DO - 10.1172/JCI119342 ID - Spina1997 ER - TY - JOUR AU - Levine, B. L. AU - Mosca, J. D. AU - Riley, J. L. AU - Carroll, R. G. AU - Vahey, M. T. AU - Jagodzinski, L. L. AU - Wagner, K. F. AU - Mayers, D. L. AU - Burke, D. S. AU - Weislow, O. S. PY - 1996 DA - 1996// TI - Antiviral effect and ex vivo CD4+ T cell proliferation in HIV-positive patients as a result of CD28 costimulation JO - Science VL - 272 UR - https://doi.org/10.1126/science.272.5270.1939 DO - 10.1126/science.272.5270.1939 ID - Levine1996 ER - TY - JOUR AU - Carroll, R. G. AU - Riley, J. L. AU - Levine, B. L. AU - Feng, Y. AU - Kaushal, S. AU - Ritchey, D. W. AU - Bernstein, W. AU - Weislow, O. S. AU - Brown, C. R. AU - Berger, E. A. PY - 1997 DA - 1997// TI - Differential regulation of HIV-1 fusion cofactor expression by CD28 costimulation of CD4+ T cells JO - Science VL - 276 UR - https://doi.org/10.1126/science.276.5310.273 DO - 10.1126/science.276.5310.273 ID - Carroll1997 ER - TY - JOUR AU - Wright, G. W. AU - Simon, R. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - A random variance model for detection of differential gene expression in small microarray experiments JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg345 DO - 10.1093/bioinformatics/btg345 ID - Wright2003 ER - TY - JOUR AU - Yang, H. AU - Crawford, N. AU - Lukes, L. AU - Finney, R. AU - Lancaster, M. AU - Hunter, K. W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Metastasis predictive signature profiles pre-exist in normal tissues JO - Clin Exper Meta VL - 22 UR - https://doi.org/10.1007/s10585-005-6244-6 DO - 10.1007/s10585-005-6244-6 ID - Yang2005 ER - TY - JOUR AU - Clarke, R. AU - Ressom, H. W. AU - Wang, A. AU - Xuan, J. AU - Liu, M. C. AU - Gehan, E. A. AU - Wang, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - The properties of high-dimensional data spaces: implications for exploring gene and protein expression data JO - Nat Rev Cancer VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrc2294 DO - 10.1038/nrc2294 ID - Clarke2008 ER - TY - JOUR AU - Ramoni, M. F. AU - Sebastiani, P. AU - Kohane, I. S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Cluster analysis of gene expression dynamics JO - Proc Natl Acad Sci VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.132656399 DO - 10.1073/pnas.132656399 ID - Ramoni2002 ER - TY - JOUR AU - Miller, L. D. AU - Long, P. M. AU - Wong, L. AU - Mukherjee, S. AU - McShane, L. M. AU - Liu, E. T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Optimal gene expression analysis by microarrays JO - Cancer Cell VL - 2 UR - https://doi.org/10.1016/S1535-6108(02)00181-2 DO - 10.1016/S1535-6108(02)00181-2 ID - Miller2002 ER - TY - JOUR AU - Harris, M. A. AU - Clark, J. I. AU - Ireland, A. AU - Lomax, J. AU - Ashburner, M. AU - Collins, R. AU - Eilbeck, K. AU - Lewis, S. AU - Mungall, C. AU - Richter, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - The Gene Ontology (GO) project in 2006 JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj021 DO - 10.1093/nar/gkj021 ID - Harris2006 ER - TY - JOUR AU - Pujana, M. A. AU - Han, J. D. AU - Starita, L. M. AU - Stevens, K. N. AU - Tewari, M. AU - Ahn, J. S. AU - Rennert, G. AU - Moreno, V. AU - Kirchhoff, T. AU - Gold, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Network modeling links breast cancer susceptibility and centrosome dysfunction JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2007.2 DO - 10.1038/ng.2007.2 ID - Pujana2007 ER - TY - JOUR AU - Prieto, C. AU - Risueno, A. AU - Fontanillo, C. AU - De las Rivas, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Human gene coexpression landscape: confident network derived from tissue transcriptomic profiles JO - PLoS One VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0003911 DO - 10.1371/journal.pone.0003911 ID - Prieto2008 ER - TY - JOUR AU - Barabasi, A. L. AU - Oltvai, Z. N. PY - 2004 DA - 2004// TI - Network biology: understanding the cell’s functional organization JO - Nat rev VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1272 DO - 10.1038/nrg1272 ID - Barabasi2004 ER - TY - JOUR AU - Ravasz, E. AU - Somera, A. L. AU - Mongru, D. A. AU - Oltvai, Z. N. AU - Barabasi, A. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Hierarchical organization of modularity in metabolic networks JO - Science VL - 297 UR - https://doi.org/10.1126/science.1073374 DO - 10.1126/science.1073374 ID - Ravasz2002 ER - TY - JOUR AU - Chen, F. AU - Zhu, H. H. AU - Zhou, L. F. AU - Li, J. AU - Zhao, L. Y. AU - Wu, S. S. AU - Wang, J. AU - Liu, W. AU - Chen, Z. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genes related to the very early stage of ConA-induced fulminant hepatitis: a gene-chip-based study in a mouse model JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-240 DO - 10.1186/1471-2164-11-240 ID - Chen2010 ER - TY - JOUR AU - Chen, L. AU - Xu, W. -. w. AU - Han, M. -. j. AU - Guo, Y. AU - Wang, J. AU - Cui, W. -. q. AU - Jia, M. -. h. AU - Ma, Y. -. l. AU - Lu, L. AU - Zhang, H. -. T. PY - 2011 DA - 2011// TI - CD3/CD28 costimulation-induced resistance to HIV-1 and cell subsets analysis JO - Int J Immunol VL - 34 ID - Chen2011 ER - TY - JOUR AU - Zheng, Q. AU - Wang, X. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - GOEAST: a web-based software toolkit for Gene Ontology enrichment analysis JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn276 DO - 10.1093/nar/gkn276 ID - Zheng2008 ER - TY - JOUR AU - Jonathan, D. AU - John, P. AU - David, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - The biological context of HIV-1 host interactions reveals subtle insights into a system hijack JO - BMC Syst Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-4-80 DO - 10.1186/1752-0509-4-80 ID - Jonathan2010 ER - TY - JOUR AU - Jeong, H. AU - Mason, S. P. AU - Barabasi, A. L. AU - Oltvai, Z. N. PY - 2001 DA - 2001// TI - Lethality and centrality in protein networks JO - Nature VL - 411 UR - https://doi.org/10.1038/35075138 DO - 10.1038/35075138 ID - Jeong2001 ER - TY - JOUR AU - Oswald-Richter, K. AU - Grill, S. M. AU - Leelawong, M. AU - Tseng, M. AU - Kalams, S. A. AU - Hulgan, T. AU - Haas, D. W. AU - Unutmaz, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification of a CCR5-expressing T cell subset that is resistant to R5-tropic HIV infection JO - PLoS Pathog VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.0030058 DO - 10.1371/journal.ppat.0030058 ID - Oswald-Richter2007 ER - TY - JOUR AU - Creson, J. R. AU - Lin, A. A. AU - Li, Q. AU - Broad, D. F. AU - Roberts, M. R. AU - Anderson, S. J. PY - 1999 DA - 1999// TI - The mode and duration of anti-CD28 costimulation determine resistance to infection by macrophage-tropic strains of human immunodeficiency virus type 1 in vitro JO - J Virol VL - 73 ID - Creson1999 ER - TY - JOUR AU - Riley, J. L. AU - Levine, B. L. AU - Craighead, N. AU - Francomano, T. AU - Kim, D. AU - Carroll, R. G. AU - June, C. H. PY - 1998 DA - 1998// TI - Native and memory CD4 T cells differ in their susceptibilities to human immunodeficiency virus type 1 infection following CD28 costimulation: Implications for transmission and pathogenesis JO - J Virol VL - 72 ID - Riley1998 ER - TY - JOUR AU - Naghavi, M. H. AU - Goff, S. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Retroviral proteins that interact with the host cell cytoskeleton JO - Curr Opin Immunol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.coi.2007.07.003 DO - 10.1016/j.coi.2007.07.003 ID - Naghavi2007 ER - TY - JOUR AU - Liu, Y. AU - Belkina, N. V. AU - Shaw, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - HIV Infection of T Cells: Actin-in and Actin-out JO - Sci Signal VL - 2 UR - https://doi.org/10.1126/scisignal.266pe23 DO - 10.1126/scisignal.266pe23 ID - Liu2009 ER - TY - JOUR AU - Foley, J. F. AU - Yu, C. R. AU - Solow, R. AU - Yacobucci, M. AU - Peden, K. W. C. AU - Farber, J. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Roles for CXC chemokine ligands 10 and 11 in recruiting CD4+ T cells to HIV-1-infected monocyte-derived macrophages, dendritic cells, and lymph nodes JO - J Immunol VL - 174 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.174.8.4892 DO - 10.4049/jimmunol.174.8.4892 ID - Foley2005 ER - TY - JOUR AU - Butler, S. L. AU - Johnson, E. P. AU - Bushman, F. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Human immunodeficiency virus cDNA metabolism: notable stability of two-long terminal repeat circles JO - J Virol VL - 76 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.76.8.3739-3747.2002 DO - 10.1128/JVI.76.8.3739-3747.2002 ID - Butler2002 ER - TY - JOUR AU - Schwartz, O. AU - Maréchal, V. AU - Friguet, B. AU - Arenzana-Seisdedos, F. AU - Heard, J. M. PY - 1998 DA - 1998// TI - Antiviral activity of the proteasome on incoming human immunodeficiency virus type 1 JO - J Virol VL - 72 ID - Schwartz1998 ER - TY - JOUR AU - Baumeister, W. AU - Walz, J. AU - Proteolysis, C. PY - 1998 DA - 1998// TI - The proteasome: paradigm review of a self-compartmentalizing protease JO - Cell VL - 92 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)80929-0 DO - 10.1016/S0092-8674(00)80929-0 ID - Baumeister1998 ER - TY - JOUR AU - Coux, O. AU - Tanaka, K. AU - Goldberg, A. L. PY - 1996 DA - 1996// TI - Structure and functions of the 20S and 26S proteasomes JO - Annu Rev Biochem VL - 65 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.bi.65.070196.004101 DO - 10.1146/annurev.bi.65.070196.004101 ID - Coux1996 ER - TY - JOUR AU - Wei, B. L. AU - Denton, P. W. AU - O’Neill, E. AU - Luo, T. AU - Foster, J. L. AU - Garcia, J. V. PY - 2005 DA - 2005// TI - Inhibition of lysosome and proteasome function enhances human immunodeficiency virus type 1 infection JO - J Virol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.79.9.5705-5712.2005 DO - 10.1128/JVI.79.9.5705-5712.2005 ID - Wei2005 ER - TY - JOUR AU - Sankaran, S. AU - Guadalupe, M. AU - Reay, E. AU - George, M. D. AU - Flamm, J. AU - Prindiville, T. AU - Dandekar, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gut mucosal T cell responses and gene expression correlate with protection against disease in long-term HIV-1-infected nonprogressors JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0503463102 DO - 10.1073/pnas.0503463102 ID - Sankaran2005 ER - TY - JOUR AU - Salgado, M. AU - Lopez-Romero, P. AU - Callejas, S. AU - Lopez, M. AU - Labarga, P. AU - Dopazo, A. AU - Soriano, V. AU - Rodes, B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Characterization of host genetic expression patterns in HIV-infected individuals with divergent disease progression JO - Virology VL - 411 UR - https://doi.org/10.1016/j.virol.2010.12.037 DO - 10.1016/j.virol.2010.12.037 ID - Salgado2011 ER - TY - JOUR AU - Varbanov, M. AU - Espert, L. AU - Biard-Piechaczyk, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Mechanisms of CD4 T-cell depletion triggered by HIV-1 viral proteins JO - AIDS Rev VL - 8 ID - Varbanov2006 ER - TY - JOUR AU - MacPherson, J. I. AU - Dickerson, J. E. AU - Pinney, J. W. AU - Robertson, D. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Patterns of HIV-1 protein interaction identify perturbed host-cellular subsystems JO - PLoS Comput Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000863 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000863 ID - MacPherson2010 ER - TY - JOUR AU - Krishnan, V. AU - Zeichner, S. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Host cell gene expression during human immunodeficiency virus type I latency and reactivation and effects of targeting genes that are differentially expressed in viral latency JO - J Virol VL - 78 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.78.17.9458-9473.2004 DO - 10.1128/JVI.78.17.9458-9473.2004 ID - Krishnan2004 ER - TY - JOUR AU - Chun, T. W. AU - Justement, J. S. AU - Lempicki, R. A. AU - Yang, J. AU - Dennis, G. AU - Hallahan, C. W. AU - Sanford, C. AU - Pandya, P. AU - Liu, S. AU - McLaughlin, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Gene expression and viral prodution in latently infected, resting CD4+ T cells in viremic versus aviremic HIV-infected individuals JO - Proc Natl Acad Sci VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0437640100 DO - 10.1073/pnas.0437640100 ID - Chun2003 ER - TY - JOUR AU - Huang, T. AU - Xu, Z. AU - Chen, L. AU - Cai, Y. D. AU - Kong, X. PY - 2011 DA - 2011// TI - Computational Analysis of HIV-1 Resistance Based on Gene Expression Profiles and the Virus-Host Interaction Network JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0017291 DO - 10.1371/journal.pone.0017291 ID - Huang2011 ER - TY - STD TI - The pre-publication history for this paper can be accessed here:http://www.biomedcentral.com/1755-8794/6/15/prepub UR - http://www.biomedcentral.com/1755-8794/6/15/prepub ID - ref62 ER -