TY - JOUR AU - Perou, C. M. AU - Sorlie, T. AU - Eisen, M. B. AU - van de Rijn, M. AU - Jeffrey, S. S. AU - Rees, C. A. AU - Pollack, J. R. AU - Ross, D. T. AU - Johnsen, H. AU - Akslen, L. A. AU - Fluge, O. AU - Pergamenchikov, A. AU - Williams, C. AU - Zhu, S. X. AU - Lønning, P. E. AU - Børresen-Dale, A. E. AU - Brown, P. O. AU - Botstein, D. PY - 2000 DA - 2000// TI - Molecular portraits of human breast tumours JO - Nature VL - 406 UR - https://doi.org/10.1038/35021093 DO - 10.1038/35021093 ID - Perou2000 ER - TY - JOUR AU - Lapointe, J. AU - Li, C. AU - Higgins, J. P. AU - van de Rijn, M. AU - Bair, E. AU - Montgomery, K. AU - Ferrari, M. AU - Egevad, L. AU - Rayford, W. AU - Bergerheim, U. AU - Ekman, P. AU - DeMarzo, A. M. AU - Tibshirani, R. AU - Botstein, D. AU - Brown, P. O. AU - Brooks, J. D. AU - Pollack, J. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Gene expression profiling identifies clinically relevant subtypes of prostate cancer JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0304146101 DO - 10.1073/pnas.0304146101 ID - Lapointe2004 ER - TY - JOUR AU - Markert, E. K. AU - Mizuno, H. AU - Vazquez, A. AU - Levine, A. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Molecular classification of prostate cancer using curated expression signatures JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1117029108 DO - 10.1073/pnas.1117029108 ID - Markert2011 ER - TY - JOUR AU - Stuart, R. O. AU - Wachsman, W. AU - Berry, C. C. AU - Wang-Rodriguez, J. AU - Wasserman, L. AU - Klacansky, I. AU - Masys, D. AU - Arden, K. AU - Goodison, S. AU - McClelland, M. AU - Wang, Y. AU - Sawyers, A. AU - Kalcheva, I. AU - Tarin, D. AU - Mercola, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - In silico dissection of cell-type-associated patterns of gene expression in prostate cancer JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.2536479100 DO - 10.1073/pnas.2536479100 ID - Stuart2004 ER - TY - JOUR AU - Schoenborn, J. R. AU - Nelson, P. AU - Fang, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genomic profiling defines subtypes of prostate cancer with the potential for therapeutic stratification JO - Clin Cancer Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-12-3606 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-12-3606 ID - Schoenborn2013 ER - TY - JOUR AU - Svensson, M. A. AU - LaFargue, C. J. AU - MacDonald, T. Y. AU - Pflueger, D. AU - Kitabayashi, N. AU - Santa-Cruz, A. M. AU - Garsha, K. E. AU - Sathyanarayana, U. G. AU - Riley, J. P. AU - Yun, C. S. AU - Nagy, D. AU - Kosmeder, J. W. AU - Pestano, G. A. AU - Tewari, A. K. AU - Demichelis, F. AU - Rubin, M. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Testing mutual exclusivity of ETS rearranged prostate cancer JO - Lab Invest VL - 91 UR - https://doi.org/10.1038/labinvest.2010.179 DO - 10.1038/labinvest.2010.179 ID - Svensson2011 ER - TY - JOUR AU - Kovtun, I. V. AU - Cheville, J. C. AU - Murphy, S. J. AU - Johnson, S. H. AU - Zarei, S. AU - Kosari, F. AU - Sukov, W. R. AU - Karnes, R. J. AU - Vasmatzis, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Lineage relationship of Gleason patterns in Gleason score 7 prostate cancer JO - Cancer Res VL - 73 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-12-2803 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-12-2803 ID - Kovtun2013 ER - TY - JOUR AU - Sboner, A. AU - Demichelis, F. AU - Calza, S. AU - Pawitan, Y. AU - Setlur, S. R. AU - Hoshida, Y. AU - Perner, S. AU - Adami, H. O. AU - Fall, K. AU - Mucci, L. A. AU - Kantoff, P. W. AU - Stampfer, M. AU - Andersson, O. AU - Varenhorst, E. AU - Johansson, J. E. AU - Gerstein, M. B. AU - Golub, T. R. AU - Rubin, M. A. AU - Andren, O. PY - 2010 DA - 2010// TI - Molecular sampling of prostate cancer: a dilemma for predicting disease progression JO - BMC Med Genomics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1755-8794-3-8 DO - 10.1186/1755-8794-3-8 ID - Sboner2010 ER - TY - JOUR AU - Lucas, S. M. AU - Heath, E. I. PY - 2012 DA - 2012// TI - Current challenges in development of differentially expressed and prognostic prostate cancer biomarkers JO - Prostate Cancer VL - 2012 UR - https://doi.org/10.1155/2012/640968 DO - 10.1155/2012/640968 ID - Lucas2012 ER - TY - JOUR AU - Vogelstein, B. AU - Papadopoulos, N. AU - Velculescu, V. E. AU - Zhou, S. AU - Diaz, L. A. AU - Kinzler, K. W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Cancer genome landscapes JO - Science VL - 339 UR - https://doi.org/10.1126/science.1235122 DO - 10.1126/science.1235122 ID - Vogelstein2013 ER - TY - JOUR AU - Barbieri, C. E. AU - Bangma, C. H. AU - Bjartell, A. AU - Catto, J. W. AU - Culig, Z. AU - Gronberg, H. AU - Luo, J. AU - Visakorpi, T. AU - Rubin, M. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - The mutational landscape of prostate cancer JO - Eur Urol VL - 64 UR - https://doi.org/10.1016/j.eururo.2013.05.029 DO - 10.1016/j.eururo.2013.05.029 ID - Barbieri2013 ER - TY - JOUR AU - Bild, A. H. AU - Yao, G. AU - Chang, J. T. AU - Wang, Q. AU - Potti, A. AU - Chasse, D. AU - Joshi, M. B. AU - Harpole, D. AU - Lancaster, J. M. AU - Berchuck, A. AU - Olson, J. A. AU - Marks, J. R. AU - Dressman, H. K. AU - West, M. AU - Nevins, J. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Oncogenic pathway signatures in human cancers as a guide to targeted therapies JO - Nature VL - 439 UR - https://doi.org/10.1038/nature04296 DO - 10.1038/nature04296 ID - Bild2006 ER - TY - JOUR AU - Taylor, B. S. AU - Schultz, N. AU - Hieronymus, H. AU - Gopalan, A. AU - Xiao, Y. AU - Carver, B. S. AU - Arora, V. K. AU - Kaushik, P. AU - Cerami, E. AU - Reva, B. AU - Antipin, Y. AU - Mitsiades, N. AU - Landers, T. AU - Dolgalev, I. AU - Major, J. E. AU - Wilson, M. AU - Socci, N. D. AU - Lash, A. E. AU - Heguy, A. AU - Eastham, J. A. AU - Scher, H. I. AU - Reuter, V. E. AU - Scardino, P. T. AU - Sander, C. AU - Sawyers, C. L. AU - Gerald, W. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Integrative genomic profiling of human prostate cancer JO - Cancer Cell VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccr.2010.05.026 DO - 10.1016/j.ccr.2010.05.026 ID - Taylor2010 ER - TY - JOUR AU - Tomlins, S. A. AU - Rhodes, D. R. AU - Perner, S. AU - Dhanasekaran, S. M. AU - Mehra, R. AU - Sun, X. W. AU - Varambally, S. AU - Cao, X. AU - Tchinda, J. AU - Kuefer, R. AU - Lee, C. AU - Montie, J. E. AU - Shah, R. B. AU - Pienta, K. J. AU - Rubin, M. A. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Recurrent fusion of TMPRSS2 and ETS transcription factor genes in prostate cancer JO - Science VL - 310 UR - https://doi.org/10.1126/science.1117679 DO - 10.1126/science.1117679 ID - Tomlins2005 ER - TY - JOUR AU - Reese, A. C. AU - Landis, P. AU - Han, M. AU - Epstein, J. I. AU - Carter, H. B. PY - 2013 DA - 2013// TI - Expanded criteria to identify men eligible for active surveillance of low risk prostate cancer at johns hopkins: a preliminary analysis JO - J Urol VL - 190 UR - https://doi.org/10.1016/j.juro.2013.05.015 DO - 10.1016/j.juro.2013.05.015 ID - Reese2013 ER - TY - JOUR AU - Bertilsson, H. AU - Angelsen, A. AU - Viset, T. AU - Skogseth, H. AU - Tessem, M. B. AU - Halgunset, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - A new method to provide a fresh frozen prostate slice suitable for gene expression study and MR spectroscopy JO - Prostate VL - 71 UR - https://doi.org/10.1002/pros.21260 DO - 10.1002/pros.21260 ID - Bertilsson2011 ER - TY - JOUR AU - Bertilsson, H. AU - Tessem, M. B. AU - Flatberg, A. AU - Viset, T. AU - Gribbestad, I. AU - Angelsen, A. AU - Halgunset, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Changes in gene transcription underlying the aberrant citrate and choline metabolism in human prostate cancer samples JO - Clin Cancer Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-11-2929 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-11-2929 ID - Bertilsson2012 ER - TY - JOUR AU - Palmer, N. P. AU - Schmid, P. R. AU - Berger, B. AU - Kohane, I. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - A gene expression profile of stem cell pluripotentiality and differentiation is conserved across diverse solid and hematopoietic cancers JO - Genome Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-8-r71 DO - 10.1186/gb-2012-13-8-r71 ID - Palmer2012 ER - TY - JOUR AU - Ben-Porath, I. AU - Thomson, M. W. AU - Carey, V. J. AU - Ge, R. AU - Bell, G. W. AU - Regev, A. AU - Weinberg, R. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - An embryonic stem cell-like gene expression signature in poorly differentiated aggressive human tumors JO - Nat Genet VL - 40 UR - https://doi.org/10.1038/ng.127 DO - 10.1038/ng.127 ID - Ben-Porath2008 ER - TY - JOUR AU - Mizuno, H. AU - Spike, B. T. AU - Wahl, G. M. AU - Levine, A. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Inactivation of p53 in breast cancers correlates with stem cell transcriptional signatures JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1017001108 DO - 10.1073/pnas.1017001108 ID - Mizuno2010 ER - TY - JOUR AU - Bernstein, B. E. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Xie, X. AU - Kamal, M. AU - Huebert, D. J. AU - Cuff, J. AU - Fry, B. AU - Meissner, A. AU - Wernig, M. AU - Plath, K. AU - Jaenisch, R. AU - Wagschal, A. AU - Feil, R. AU - Schreiber, S. L. AU - Lander, E. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - A bivalent chromatin structure marks key developmental genes in embryonic stem cells JO - Cell VL - 125 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.02.041 DO - 10.1016/j.cell.2006.02.041 ID - Bernstein2006 ER - TY - JOUR AU - O’Hagan, H. M. AU - Wang, W. AU - Sen, S. AU - Destefano Shields, C. AU - Lee, S. S. AU - Zhang, Y. W. AU - Clements, E. G. AU - Cai, Y. AU - Van Neste, L. AU - Easwaran, H. AU - Casero, R. A. AU - Sears, C. L. AU - Baylin, S. B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Oxidative damage targets complexes containing DNA methyltransferases, SIRT1, and polycomb members to promoter CpG Islands JO - Cancer Cell VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccr.2011.09.012 DO - 10.1016/j.ccr.2011.09.012 ID - O’Hagan2011 ER - TY - JOUR AU - Nie, Z. Q. AU - Hu, G. Q. AU - Wei, G. AU - Cui, K. R. AU - Yamane, A. AU - Resch, W. AU - Wang, R. N. AU - Green, D. R. AU - Tessarollo, L. AU - Casellas, R. AU - Zhao, K. AU - Levens, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - c-Myc is a universal amplifier of expressed genes in lymphocytes and embryonic stem cells JO - Cell VL - 151 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.08.033 DO - 10.1016/j.cell.2012.08.033 ID - Nie2012 ER - TY - JOUR AU - Lin, C. Y. AU - Loven, J. AU - Rahl, P. B. AU - Paranal, R. M. AU - Burge, C. B. AU - Bradner, J. E. AU - Lee, T. I. AU - Young, R. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Transcriptional amplification in tumor cells with elevated c-Myc JO - Cell VL - 151 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.08.026 DO - 10.1016/j.cell.2012.08.026 ID - Lin2012 ER - TY - JOUR AU - Kim, J. AU - Woo, A. J. AU - Chu, J. AU - Snow, J. W. AU - Fujiwara, Y. AU - Kim, C. G. AU - Cantor, A. B. AU - Orkin, S. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - A Myc network accounts for similarities between embryonic stem and cancer cell transcription programs JO - Cell VL - 143 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2010.09.010 DO - 10.1016/j.cell.2010.09.010 ID - Kim2010 ER - TY - JOUR AU - Tomlins, S. A. AU - Bjartell, A. AU - Chinnaiyan, A. M. AU - Jenster, G. AU - Nam, R. K. AU - Rubin, M. A. AU - Schalken, J. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - ETS gene fusions in prostate cancer: from discovery to daily clinical practice JO - Eur Urol VL - 56 UR - https://doi.org/10.1016/j.eururo.2009.04.036 DO - 10.1016/j.eururo.2009.04.036 ID - Tomlins2009 ER - TY - JOUR AU - Yu, J. AU - Mani, R. S. AU - Cao, Q. AU - Brenner, C. J. AU - Cao, X. AU - Wang, X. AU - Wu, L. AU - Li, J. AU - Hu, M. AU - Gong, Y. AU - Cheng, H. AU - Laxman, B. AU - Vellaichamy, A. AU - Shankar, S. AU - Li, Y. AU - Dhanasekaran, S. M. AU - Morey, R. AU - Barrette, T. AU - Lonigro, R. J. AU - Tomlins, S. A. AU - Varambally, S. AU - Qin, Z. S. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - An integrated network of androgen receptor, polycomb, and TMPRSS2-ERG gene fusions in prostate cancer progression JO - Cancer Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccr.2010.03.018 DO - 10.1016/j.ccr.2010.03.018 ID - Yu2010 ER - TY - JOUR AU - Kim, J. AU - Roh, M. AU - Doubinskaia, I. AU - Algarroba, G. N. AU - Eltoum, I. E. AU - Abdulkadir, S. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - A mouse model of heterogeneous, c-MYC-initiated prostate cancer with loss of Pten and p53 JO - Oncogene VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/onc.2011.236 DO - 10.1038/onc.2011.236 ID - Kim2012 ER - TY - JOUR AU - Bakin, R. E. AU - Gioeli, D. AU - Sikes, R. A. AU - Bissonette, E. A. AU - Weber, M. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Constitutive activation of the Ras/mitogen-activated protein kinase signaling pathway promotes androgen hypersensitivity in LNCaP prostate cancer cells JO - Cancer Res VL - 63 ID - Bakin2003 ER - TY - JOUR AU - Moul, J. W. AU - Friedrichs, P. A. AU - Lance, R. S. AU - Theune, S. M. AU - Chang, E. H. PY - 1992 DA - 1992// TI - Infrequent RAS oncogene mutations in human prostate cancer JO - Prostate VL - 20 UR - https://doi.org/10.1002/pros.2990200407 DO - 10.1002/pros.2990200407 ID - Moul1992 ER - TY - JOUR AU - Nauseef, J. T. AU - Henry, M. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Epithelial-to-mesenchymal transition in prostate cancer: paradigm or puzzle? JO - Nat Rev Urol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrurol.2011.85 DO - 10.1038/nrurol.2011.85 ID - Nauseef2011 ER - TY - JOUR AU - Grivennikov, S. I. AU - Greten, F. R. AU - Karin, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Immunity, inflammation, and cancer JO - Cell VL - 140 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2010.01.025 DO - 10.1016/j.cell.2010.01.025 ID - Grivennikov2010 ER - TY - JOUR AU - De Marzo, A. M. AU - Platz, E. A. AU - Sutcliffe, S. AU - Xu, J. AU - Gronberg, H. AU - Drake, C. G. AU - Nakai, Y. AU - Isaacs, W. B. AU - Nelson, W. G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Inflammation in prostate carcinogenesis JO - Nat Rev Cancer VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrc2090 DO - 10.1038/nrc2090 ID - De Marzo2007 ER - TY - JOUR AU - Vashchenko, N. AU - Abrahamsson, P. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Neuroendocrine differentiation in prostate cancer: implications for new treatment modalities JO - Eur Urol VL - 47 UR - https://doi.org/10.1016/j.eururo.2004.09.007 DO - 10.1016/j.eururo.2004.09.007 ID - Vashchenko2005 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Xia, X. Q. AU - Jia, Z. AU - Sawyers, A. AU - Yao, H. AU - Wang-Rodriquez, J. AU - Mercola, D. AU - McClelland, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - In silico estimates of tissue components in surgical samples based on expression profiling data JO - Cancer Res VL - 70 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-10-0021 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-10-0021 ID - Wang2010 ER - TY - JOUR AU - Chen, X. AU - Xu, S. AU - McClelland, M. AU - Rahmatpanah, F. AU - Sawyers, A. AU - Jia, Z. AU - Mercola, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - An accurate prostate cancer prognosticator using a seven-gene signature plus Gleason score and taking cell type heterogeneity into account JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0045178 DO - 10.1371/journal.pone.0045178 ID - Chen2012 ER - TY - JOUR AU - Subramanian, A. AU - Tamayo, P. AU - Mootha, V. K. AU - Mukherjee, S. AU - Ebert, B. L. AU - Gillette, M. A. AU - Paulovich, A. AU - Pomeroy, S. L. AU - Golub, T. R. AU - Lander, E. S. AU - Mesirov, J. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0506580102 DO - 10.1073/pnas.0506580102 ID - Subramanian2005 ER - TY - JOUR AU - Steiger, J. H. PY - 1980 DA - 1980// TI - Tests for comparing elements of a correlation matrix JO - Psychol Bull VL - 87 UR - https://doi.org/10.1037/0033-2909.87.2.245 DO - 10.1037/0033-2909.87.2.245 ID - Steiger1980 ER - TY - JOUR AU - Risk, M. C. AU - Knudsen, B. S. AU - Coleman, I. AU - Dumpit, R. F. AU - Kristal, A. R. AU - LeMeur, N. AU - Gentleman, R. C. AU - True, L. D. AU - Nelson, P. S. AU - Lin, D. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Differential gene expression in benign prostate epithelium of men with and without prostate cancer: evidence for a prostate cancer field effect JO - Clin Cancer Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-10-0272 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-10-0272 ID - Risk2010 ER - TY - JOUR AU - Boyd, L. K. AU - Mao, X. AU - Xue, L. AU - Lin, D. AU - Chaplin, T. AU - Kudahetti, S. C. AU - Stankiewicz, E. AU - Yu, Y. AU - Beltran, L. AU - Shaw, G. AU - Hines, J. AU - Oliver, T. D. AU - Berney, D. M. AU - Young, B. D. AU - Lu, Y. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - High-resolution genome-wide copy-number analysis suggests a monoclonal origin of multifocal prostate cancer JO - Genes Chromosomes Cancer VL - 51 UR - https://doi.org/10.1002/gcc.21944 DO - 10.1002/gcc.21944 ID - Boyd2012 ER - TY - STD TI - The pre-publication history for this paper can be accessed here:http://www.biomedcentral.com/1755-8794/7/50/prepub UR - http://www.biomedcentral.com/1755-8794/7/50/prepub ID - ref41 ER -