TY - JOUR AU - Rhodes, D. R. AU - Yu, J. AU - Shanker, K. AU - Deshpande, N. AU - Varambally, R. AU - Ghosh, D. AU - Barrette, T. AU - Pandey, A. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Large-scale meta-analysis of cancer microarray data identifies common transcriptional profiles of neoplastic transformation and progression JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0401994101 DO - 10.1073/pnas.0401994101 ID - Rhodes2004 ER - TY - JOUR AU - Segal, E. AU - Friedman, N. AU - Koller, D. AU - Regev, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - A module map showing conditional activity of expression modules in cancer JO - Nat Genet VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/ng1434 DO - 10.1038/ng1434 ID - Segal2004 ER - TY - JOUR AU - Horvath, S. AU - Zhang, B. AU - Carlson, M. AU - Lu, K. V. AU - Zhu, S. AU - Felciano, R. M. AU - Laurance, M. F. AU - Zhao, W. AU - Qi, S. AU - Chen, Z. PY - 2006 DA - 2006// TI - Analysis of oncogenic signaling networks in glioblastoma identifies ASPM as a molecular target JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0608396103 DO - 10.1073/pnas.0608396103 ID - Horvath2006 ER - TY - JOUR AU - Stuart, R. O. AU - Wachsman, W. AU - Berry, C. C. AU - Wang-Rodriguez, J. AU - Wasserman, L. AU - Klacansky, I. AU - Masys, D. AU - Arden, K. AU - Goodison, S. AU - McClelland, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - In silico dissection of cell-type-associated patterns of gene expression in prostate cancer JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.2536479100 DO - 10.1073/pnas.2536479100 ID - Stuart2004 ER - TY - JOUR AU - Tomlins, S. A. AU - Mehra, R. AU - Rhodes, D. R. AU - Cao, X. AU - Wang, L. AU - Dhanasekaran, S. M. AU - Kalyana-Sundaram, S. AU - Wei, J. T. AU - Rubin, M. A. AU - Pienta, K. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Integrative molecular concept modeling of prostate cancer progression JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng1935 DO - 10.1038/ng1935 ID - Tomlins2007 ER - TY - JOUR AU - Ramaswamy, S. AU - Ross, K. N. AU - Lander, E. S. AU - Golub, T. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - A molecular signature of metastasis in primary solid tumors JO - Nat Genet VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/ng1060 DO - 10.1038/ng1060 ID - Ramaswamy2003 ER - TY - JOUR AU - Hoerl, A. E. AU - Kennard, R. W. PY - 1970 DA - 1970// TI - Ridge regression: biased estimation for nonorthogonal problems JO - Technometrics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1080/00401706.1970.10488634 DO - 10.1080/00401706.1970.10488634 ID - Hoerl1970 ER - TY - JOUR AU - Varambally, S. AU - Yu, J. AU - Laxman, B. AU - Rhodes, D. R. AU - Mehra, R. AU - Tomlins, S. A. AU - Shah, R. B. AU - Chandran, U. AU - Monzon, F. A. AU - Becich, M. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Integrative genomic and proteomic analysis of prostate cancer reveals signatures of metastatic progression JO - Cancer Cell VL - 8 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccr.2005.10.001 DO - 10.1016/j.ccr.2005.10.001 ID - Varambally2005 ER - TY - JOUR AU - Ward, J. H. PY - 1963 DA - 1963// TI - Hierarchical grouping to optimize an objective function JO - J Am Stat Assoc VL - 58 UR - https://doi.org/10.1080/01621459.1963.10500845 DO - 10.1080/01621459.1963.10500845 ID - Ward1963 ER - TY - STD TI - McQuitty LL: Similarity analysis by reciprocal pairs for discrete and continuous data. Educ Psychol Measure 1966:825-831.. ID - ref10 ER - TY - JOUR AU - Shannon, C. E. PY - 1948 DA - 1948// TI - A mathematical theory of communication JO - Bell Syst Tech J VL - 27 UR - https://doi.org/10.1002/j.1538-7305.1948.tb01338.x DO - 10.1002/j.1538-7305.1948.tb01338.x ID - Shannon1948 ER - TY - JOUR AU - Chen, B. -. S. AU - Li, C. -. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - On the interplay between entropy and robustness of gene regulatory networks JO - Entropy VL - 12 UR - https://doi.org/10.3390/e12051071 DO - 10.3390/e12051071 ID - Chen2010 ER - TY - JOUR AU - Furlanello, C. AU - Serafini, M. AU - Merler, S. AU - Jurman, G. PY - 2003 DA - 2003// TI - Entropy-based gene ranking without selection bias for the predictive classification of microarray data JO - BMC Bioinformatics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-4-54 DO - 10.1186/1471-2105-4-54 ID - Furlanello2003 ER - TY - JOUR AU - Cuzick, J. AU - Swanson, G. P. AU - Fisher, G. AU - Brothman, A. R. AU - Berney, D. M. AU - Reid, J. E. AU - Mesher, D. AU - Speights, V. O. AU - Stankiewicz, E. AU - Foster, C. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Prognostic value of an RNA expression signature derived from cell cycle proliferation genes in patients with prostate cancer: a retrospective study JO - Lancet Oncol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1016/S1470-2045(10)70295-3 DO - 10.1016/S1470-2045(10)70295-3 ID - Cuzick2011 ER - TY - JOUR AU - Fukuma, Y. AU - Matsui, H. AU - Koike, H. AU - Sekine, Y. AU - Shechter, I. AU - Ohtake, N. AU - Nakata, S. AU - Ito, K. AU - Suzuki, K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Role of squalene synthase in prostate cancer risk and the biological aggressiveness of human prostate cancer JO - Prostate Cancer Prostatic Dis VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/pcan.2012.14 DO - 10.1038/pcan.2012.14 ID - Fukuma2012 ER - TY - JOUR AU - Cuzick, J. AU - Berney, D. M. AU - Fisher, G. AU - Mesher, D. AU - Moller, H. AU - Reid, J. E. AU - Perry, M. AU - Park, J. AU - Younus, A. AU - Gutin, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Prognostic value of a cell cycle progression signature for prostate cancer death in a conservatively managed needle biopsy cohort JO - Br J Cancer VL - 106 UR - https://doi.org/10.1038/bjc.2012.39 DO - 10.1038/bjc.2012.39 ID - Cuzick2012 ER - TY - JOUR AU - Yuan, X. AU - Cai, C. AU - Chen, S. AU - Yu, Z. AU - Balk, S. P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Androgen receptor functions in castration-resistant prostate cancer and mechanisms of resistance to new agents targeting the androgen axis JO - Oncogene VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/onc.2013.235 DO - 10.1038/onc.2013.235 ID - Yuan2014 ER - TY - JOUR AU - Jenkins, R. B. AU - Qian, J. AU - Lieber, M. M. AU - Bostwick, D. G. PY - 1997 DA - 1997// TI - Detection of c-myc oncogene amplification and chromosomal anomalies in metastatic prostatic carcinoma by fluorescence in situ hybridization JO - Cancer Res VL - 57 ID - Jenkins1997 ER - TY - JOUR AU - Ellwood-Yen, K. AU - Graeber, T. G. AU - Wongvipat, J. AU - Iruela-Arispe, M. L. AU - Zhang, J. AU - Matusik, R. AU - Thomas, G. V. AU - Sawyers, C. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - Myc-driven murine prostate cancer shares molecular features with human prostate tumors JO - Cancer Cell VL - 4 UR - https://doi.org/10.1016/S1535-6108(03)00197-1 DO - 10.1016/S1535-6108(03)00197-1 ID - Ellwood-Yen2003 ER - TY - JOUR AU - Mikaelsson, E. AU - Danesh-Manesh, A. H. AU - Luppert, A. AU - Jeddi-Tehrani, M. AU - Rezvany, M. R. AU - Sharifian, R. A. AU - Safaie, R. AU - Roohi, A. AU - Osterborg, A. AU - Shokri, F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Fibromodulin, an extracellular matrix protein: characterization of its unique gene and protein expression in B-cell chronic lymphocytic leukemia and mantle cell lymphoma JO - Blood VL - 105 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2004-10-3941 DO - 10.1182/blood-2004-10-3941 ID - Mikaelsson2005 ER - TY - JOUR AU - Vallat, L. AU - Magdelenat, H. AU - Merle-Beral, H. AU - Masdehors, P. AU - Potocki De Montalk, G. AU - Davi, F. AU - Kruhoffer, M. AU - Sabatier, L. AU - Orntoft, T. F. AU - Delic, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - The resistance of B-CLL cells to DNA damage-induced apoptosis defined by DNA microarrays JO - Blood VL - 101 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2002-06-1743 DO - 10.1182/blood-2002-06-1743 ID - Vallat2003 ER - TY - JOUR AU - Levens, E. AU - Luo, X. AU - Ding, L. AU - Williams, R. S. AU - Chegini, N. PY - 2005 DA - 2005// TI - Fibromodulin is expressed in leiomyoma and myometrium and regulated by gonadotropin-releasing hormone analogue therapy and TGF-beta through Smad and MAPK-mediated signalling JO - Mol Hum Reprod VL - 11 UR - https://doi.org/10.1093/molehr/gah187 DO - 10.1093/molehr/gah187 ID - Levens2005 ER - TY - JOUR AU - Di Vizio, D. AU - Morello, M. AU - Sotgia, F. AU - Pestell, R. G. AU - Freeman, M. R. AU - Lisanti, M. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - An absence of stromal caveolin-1 is associated with advanced prostate cancer, metastatic disease and epithelial Akt activation JO - Cell Cycle VL - 8 UR - https://doi.org/10.4161/cc.8.15.9116 DO - 10.4161/cc.8.15.9116 ID - Di Vizio2009 ER - TY - JOUR AU - Taylor, B. S. AU - Schultz, N. AU - Hieronymus, H. AU - Gopalan, A. AU - Xiao, Y. AU - Carver, B. S. AU - Arora, V. K. AU - Kaushik, P. AU - Cerami, E. AU - Reva, B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Integrative genomic profiling of human prostate cancer JO - Cancer Cell VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccr.2010.05.026 DO - 10.1016/j.ccr.2010.05.026 ID - Taylor2010 ER - TY - JOUR AU - Rhodes, D. R. AU - Yu, J. AU - Shanker, K. AU - Deshpande, N. AU - Varambally, R. AU - Ghosh, D. AU - Barrette, T. AU - Pandey, A. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - ONCOMINE: a cancer microarray database and integrated data-mining platform JO - Neoplasia VL - 6 UR - https://doi.org/10.1016/S1476-5586(04)80047-2 DO - 10.1016/S1476-5586(04)80047-2 ID - Rhodes2004 ER - TY - STD TI - Itkonen HM, Engedal N, Babaie E, Luhr M, Guldvik IJ, Minner S, Hohloch J, Tsourlakis MC, Schlomm T, Mills IG: UAP1 is overexpressed in prostate cancer and is protective against inhibitors of N-linked glycosylation. Oncogene 2014.. ID - ref26 ER - TY - JOUR AU - Hagisawa, S. AU - Ohyama, C. AU - Takahashi, T. AU - Endoh, M. AU - Moriya, T. AU - Nakayama, J. AU - Arai, Y. AU - Fukuda, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Expression of core 2 beta1,6-N-acetylglucosaminyltransferase facilitates prostate cancer progression JO - Glycobiology VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/glycob/cwi086 DO - 10.1093/glycob/cwi086 ID - Hagisawa2005 ER - TY - JOUR AU - Ma, W. AU - Diep, K. AU - Fritsche, H. A. AU - Shore, N. AU - Albitar, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Diagnostic and prognostic scoring system for prostate cancer using urine and plasma biomarkers JO - Genet Test Mol Biomarkers VL - 18 UR - https://doi.org/10.1089/gtmb.2013.0424 DO - 10.1089/gtmb.2013.0424 ID - Ma2014 ER - TY - JOUR AU - Kamigaito, T. AU - Okaneya, T. AU - Kawakubo, M. AU - Shimojo, H. AU - Nishizawa, O. AU - Nakayama, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Overexpression of O-GlcNAc by prostate cancer cells is significantly associated with poor prognosis of patients JO - Prostate Cancer Prostatic Dis VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/pcan.2013.56 DO - 10.1038/pcan.2013.56 ID - Kamigaito2014 ER - TY - JOUR AU - Itkonen, H. M. AU - Minner, S. AU - Guldvik, I. J. AU - Sandmann, M. J. AU - Tsourlakis, M. C. AU - Berge, V. AU - Svindland, A. AU - Schlomm, T. AU - Mills, I. G. PY - 2013 DA - 2013// TI - O-GlcNAc transferase integrates metabolic pathways to regulate the stability of c-MYC in human prostate cancer cells JO - Cancer Res VL - 73 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-13-0549 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-13-0549 ID - Itkonen2013 ER - TY - JOUR AU - Gurel, B. AU - Iwata, T. AU - Koh, C. M. AU - Jenkins, R. B. AU - Lan, F. AU - Van Dang, C. AU - Hicks, J. L. AU - Morgan, J. AU - Cornish, T. C. AU - Sutcliffe, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Nuclear MYC protein overexpression is an early alteration in human prostate carcinogenesis JO - Mod Pathol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/modpathol.2008.111 DO - 10.1038/modpathol.2008.111 ID - Gurel2008 ER - TY - JOUR AU - Chou, T. Y. AU - Hart, G. W. AU - Dang, C. V. PY - 1995 DA - 1995// TI - c-Myc is glycosylated at threonine 58, a known phosphorylation site and a mutational hot spot in lymphomas JO - J Biol Chem VL - 270 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.270.43.25935 DO - 10.1074/jbc.270.43.25935 ID - Chou1995 ER - TY - JOUR AU - Tomlins, S. A. AU - Rhodes, D. R. AU - Perner, S. AU - Dhanasekaran, S. M. AU - Mehra, R. AU - Sun, X. W. AU - Varambally, S. AU - Cao, X. AU - Tchinda, J. AU - Kuefer, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Recurrent fusion of TMPRSS2 and ETS transcription factor genes in prostate cancer JO - Science VL - 310 UR - https://doi.org/10.1126/science.1117679 DO - 10.1126/science.1117679 ID - Tomlins2005 ER - TY - JOUR AU - Deyoung, M. P. AU - Scheurle, D. AU - Damania, H. AU - Zylberberg, C. AU - Narayanan, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Down’s syndrome-associated single minded gene as a novel tumor marker JO - Anticancer Res VL - 22 ID - Deyoung2002 ER - TY - JOUR AU - Halvorsen, O. J. AU - Rostad, K. AU - Oyan, A. M. AU - Puntervoll, H. AU - Bo, T. H. AU - Stordrange, L. AU - Olsen, S. AU - Haukaas, S. A. AU - Hood, L. AU - Jonassen, I. PY - 2007 DA - 2007// TI - Increased expression of SIM2-s protein is a novel marker of aggressive prostate cancer JO - Clin Cancer Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-06-1207 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-06-1207 ID - Halvorsen2007 ER - TY - JOUR AU - Koh, C. M. AU - Gurel, B. AU - Sutcliffe, S. AU - Aryee, M. J. AU - Schultz, D. AU - Iwata, T. AU - Uemura, M. AU - Zeller, K. I. AU - Anele, U. AU - Zheng, Q. PY - 2011 DA - 2011// TI - Alterations in nucleolar structure and gene expression programs in prostatic neoplasia are driven by the MYC oncogene JO - Am J Pathol VL - 178 UR - https://doi.org/10.1016/j.ajpath.2010.12.040 DO - 10.1016/j.ajpath.2010.12.040 ID - Koh2011 ER - TY - JOUR AU - Wang, L. AU - Li, Y. AU - Yang, X. AU - Yuan, H. AU - Li, X. AU - Qi, M. AU - Chang, Y. W. AU - Wang, C. AU - Fu, W. AU - Yang, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - ERG-SOX4 interaction promotes epithelial-mesenchymal transition in prostate cancer cells JO - Prostate VL - 74 UR - https://doi.org/10.1002/pros.22783 DO - 10.1002/pros.22783 ID - Wang2014 ER - TY - JOUR AU - Leshem, O. AU - Madar, S. AU - Kogan-Sakin, I. AU - Kamer, I. AU - Goldstein, I. AU - Brosh, R. AU - Cohen, Y. AU - Jacob-Hirsch, J. AU - Ehrlich, M. AU - Ben-Sasson, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - TMPRSS2/ERG promotes epithelial to mesenchymal transition through the ZEB1/ZEB2 axis in a prostate cancer model JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0021650 DO - 10.1371/journal.pone.0021650 ID - Leshem2011 ER - TY - JOUR AU - Ribeiro, F. R. AU - Paulo, P. AU - Costa, V. L. AU - Barros-Silva, J. D. AU - Ramalho-Carvalho, J. AU - Jeronimo, C. AU - Henrique, R. AU - Lind, G. E. AU - Skotheim, R. I. AU - Lothe, R. A. AU - Teixeira, M. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cysteine-rich secretory protein-3 (CRISP3) is strongly up-regulated in prostate carcinomas with the TMPRSS2-ERG fusion gene JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0022317 DO - 10.1371/journal.pone.0022317 ID - Ribeiro2011 ER - TY - JOUR AU - Itkonen, H. M. AU - Mills, I. G. PY - 2013 DA - 2013// TI - N-linked glycosylation supports cross-talk between receptor tyrosine kinases and androgen receptor JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0065016 DO - 10.1371/journal.pone.0065016 ID - Itkonen2013 ER - TY - JOUR AU - Visakorpi, T. AU - Hyytinen, E. AU - Koivisto, P. AU - Tanner, M. AU - Keinanen, R. AU - Palmberg, C. AU - Palotie, A. AU - Tammela, T. AU - Isola, J. AU - Kallioniemi, O. P. PY - 1995 DA - 1995// TI - In vivo amplification of the androgen receptor gene and progression of human prostate cancer JO - Nat Genet VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/ng0495-401 DO - 10.1038/ng0495-401 ID - Visakorpi1995 ER - TY - JOUR AU - Tomlins, S. A. AU - Aubin, S. M. AU - Siddiqui, J. AU - Lonigro, R. J. AU - Sefton-Miller, L. AU - Miick, S. AU - Williamsen, S. AU - Hodge, P. AU - Meinke, J. AU - Blase, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Urine TMPRSS2:ERG fusion transcript stratifies prostate cancer risk in men with elevated serum PSA JO - Sci Transl Med VL - 3 UR - https://doi.org/10.1126/scitranslmed.3001970 DO - 10.1126/scitranslmed.3001970 ID - Tomlins2011 ER - TY - JOUR AU - Grasso, C. S. AU - Wu, Y. M. AU - Robinson, D. R. AU - Cao, X. AU - Dhanasekaran, S. M. AU - Khan, A. P. AU - Quist, M. J. AU - Jing, X. AU - Lonigro, R. J. AU - Brenner, J. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - The mutational landscape of lethal castration-resistant prostate cancer JO - Nature VL - 487 UR - https://doi.org/10.1038/nature11125 DO - 10.1038/nature11125 ID - Grasso2012 ER - TY - JOUR AU - Fleischmann, A. AU - Saramaki, O. R. AU - Zlobec, I. AU - Rotzer, D. AU - Genitsch, V. AU - Seiler, R. AU - Visakorpi, T. AU - Thalmann, G. N. PY - 2014 DA - 2014// TI - Prevalence and prognostic significance of TMPRSS2-ERG gene fusion in lymph node positive prostate cancers JO - Prostate VL - 74 UR - https://doi.org/10.1002/pros.22882 DO - 10.1002/pros.22882 ID - Fleischmann2014 ER - TY - JOUR AU - Nam, R. K. AU - Sugar, L. AU - Wang, Z. AU - Yang, W. AU - Kitching, R. AU - Klotz, L. H. AU - Venkateswaran, V. AU - Narod, S. A. AU - Seth, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Expression of TMPRSS2:ERG gene fusion in prostate cancer cells is an important prognostic factor for cancer progression JO - Cancer Biol Ther VL - 6 UR - https://doi.org/10.4161/cbt.6.1.3489 DO - 10.4161/cbt.6.1.3489 ID - Nam2007 ER - TY - JOUR AU - Saramaki, O. R. AU - Harjula, A. E. AU - Martikainen, P. M. AU - Vessella, R. L. AU - Tammela, T. L. AU - Visakorpi, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - TMPRSS2:ERG fusion identifies a subgroup of prostate cancers with a favorable prognosis JO - Clin Cancer Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-07-2051 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-07-2051 ID - Saramaki2008 ER -