Skip to main content

Table 4 Total RNA input

From: Biomarker discovery: quantification of microRNAs and other small non-coding RNAs using next generation sequencing

Sample

A11

A12

A13

A14

A15

Amount

1ug

0.5ug

0.25ug

0.1ug

0.05ug

RIN

8.2

8.2

8.2

8.2

8.2

Average Quality

38

38

38

38

38

Raw Reads

13.862726

7.995412

11.234898

11.921206

13.026487

Size (<15 nt)

0.12 %

0.11 %

0.54 %

0.18 %

0.29 %

Low Quality (Q <30)

0.99 %

1.02 %

1.11 %

1.04 %

1.22 %

Adapter-Adapter

0.02 %

0.03 %

0.13 %

0.13 %

0.17 %

RNAs >40 nt

0.75 %

3.40 %

1.05 %

1.33 %

0.91 %

Surviving Reads

98.12 %

95.44 %

97.17 %

97.32 %

97.41 %

Unmapped

1.64 %

2.17 %

1.93 %

1.99 %

2.11 %

Unique-Mapped

7.08 %

7.70 %

9.03 %

8.75 %

9.39 %

Multi-Mapped

91.27 %

90.14 %

89.03 %

89.27 %

88.51 %

miRNA

96.40 %

93.99 %

94.35 %

93.95 %

93.48 %

Other ncRNAs

0.47 %

0.78 %

0.84 %

0.88 %

0.95 %

Repeat

0.86 %

2.20 %

1.77 %

2.04 %

2.16 %

Coding Gene

0.05 %

0.07 %

0.09 %

0.09 %

0.11 %

Unknown

0.57 %

0.79 %

1.02 %

1.05 %

1.20 %

miRNA Count (≥1)

499

424

536

558

560

  1. Small RNA data analysis shows the percentage, composition and quality of reads from five libraries produced by our bioinformatics pipeline to test RNA input amounts for small RNA library preparation