Skip to main content

Table 4 Total RNA input

From: Biomarker discovery: quantification of microRNAs and other small non-coding RNAs using next generation sequencing

Sample A11 A12 A13 A14 A15
Amount 1ug 0.5ug 0.25ug 0.1ug 0.05ug
RIN 8.2 8.2 8.2 8.2 8.2
Average Quality 38 38 38 38 38
Raw Reads 13.862726 7.995412 11.234898 11.921206 13.026487
Size (<15 nt) 0.12 % 0.11 % 0.54 % 0.18 % 0.29 %
Low Quality (Q <30) 0.99 % 1.02 % 1.11 % 1.04 % 1.22 %
Adapter-Adapter 0.02 % 0.03 % 0.13 % 0.13 % 0.17 %
RNAs >40 nt 0.75 % 3.40 % 1.05 % 1.33 % 0.91 %
Surviving Reads 98.12 % 95.44 % 97.17 % 97.32 % 97.41 %
Unmapped 1.64 % 2.17 % 1.93 % 1.99 % 2.11 %
Unique-Mapped 7.08 % 7.70 % 9.03 % 8.75 % 9.39 %
Multi-Mapped 91.27 % 90.14 % 89.03 % 89.27 % 88.51 %
miRNA 96.40 % 93.99 % 94.35 % 93.95 % 93.48 %
Other ncRNAs 0.47 % 0.78 % 0.84 % 0.88 % 0.95 %
Repeat 0.86 % 2.20 % 1.77 % 2.04 % 2.16 %
Coding Gene 0.05 % 0.07 % 0.09 % 0.09 % 0.11 %
Unknown 0.57 % 0.79 % 1.02 % 1.05 % 1.20 %
miRNA Count (≥1) 499 424 536 558 560
  1. Small RNA data analysis shows the percentage, composition and quality of reads from five libraries produced by our bioinformatics pipeline to test RNA input amounts for small RNA library preparation