Skip to main content

Table 5 RNA degradation: whole-blood

From: Biomarker discovery: quantification of microRNAs and other small non-coding RNAs using next generation sequencing

Sample C1-C3 C4-C6 C7-C9 C10-C12 C13-C15
Tissue Blood Blood Blood Blood Blood
RIN 9 7 6 2 0
Average Quality 36 36 36 36 35
Raw Reads 14.221591 15.528347 12.679709 14.225867 11.689436
Size (<15 nt) 3.78 % 4.92 % 3.99 % 3.54 % 6.23 %
Low Quality (Q <30) 2.82 % 2.96 % 3.00 % 2.63 % 3.42 %
Adapter-Adapter 1.11 % 0.47 % 0.38 % 0.85 % 3.35 %
RNAs >40 nt 25.56 % 21.41 % 28.98 % 23.04 % 15.47 %
Surviving Reads 66.73 % 70.24 % 63.67 % 69.95 % 71.53 %
Unmapped 3.26 % 4.30 % 3.53 % 2.81 % 3.40 %
Uniq-Mapped 7.78 % 8.83 % 6.82 % 7.98 % 7.74 %
Multi-Mapped 88.96 % 86.87 % 89.65 % 89.21 % 88.86 %
miRNA 91.57 % 87.64 % 92.01 % 93.66 % 89.99 %
Other ncRNAs 1.20 % 3.74 % 0.93 % 0.84 % 1.40 %
Repeat 2.52 % 2.57 % 2.29 % 1.64 % 3.25 %
Coding Gene 0.11 % 0.23 % 0.09 % 0.08 % 0.17 %
Unknown 1.35 % 1.53 % 1.15 % 0.97 % 1.79 %
miRNA Count (≥1) 469 463 399 476 488
  1. Small RNA data analysis shows the percentage, composition and quality of reads from 15 libraries produced by our bioinformatics pipeline to test the effects of RNA quality on small RNA library preparation