Dealing with prognostic signature instability: a strategy illustrated for cardiovascular events in patients with end-stage renal disease

Table 2 Inclusion frequencies for microarray features selected in at least 20 % of subsampling data sets by any of the approaches (sh: Fine-Gray regression; csh: cause-specific hazard model)

Feature	Original endpoint						Updated endpoint						Min	Max
	All observations				w/o outlier		All observations				w/o outlier
	Multi		Uni		multi		Multi		Uni		multi
	sh	csh	sh	csh	sh	csh	sh	csh	sh	csh	sh	csh
H57987	0.30	0.38	0.31	0.50	0.33	0.40	0.31	0.37	0.41	0.50	0.33	0.38	0.30	0.50
BX094448	0.22	0.22	0.32	0.29	0.17	0.15	0.13	0.15	0.14	0.23	0.08	0.10	0.10	0.32
R36623	0.11	0.10	0	0.12	0.10	0.09	0.25	0.28	0.01	0.29	0.25	0.28	0	0.29
R88065 (VPS72)	0.23	0.20	0.10	0.17	0.27	0.25	0.07	0.10	0.11	0.15	0.10	0.13	0.07	0.27
BX104205	0.19	0.18	0.03	0.04	0	0	0.36	0.33	0.19	0.19	0	0	0	0.36
BX100481	0.14	0.10	0.05	0.01	0.09	0.06	0.26	0.24	0.12	0.04	0.19	0.17	0.01	0.26
BM918155	0	0	0	0	0	0	0.27	0.28	0.13	0.01	0.31	0.32	0	0.32
R00274	0.03	0.03	0.33	0.33	0.04	0.05	0.01	0.01	0.16	0.18	0.01	0.02	0.01	0.33
BX281671 (ITGA2B)	0.19	0.23	0.03	0.12	0.21	0.27	0.02	0.02	0	0.01	0.03	0.04	0	0.23
R10279	0.07	0.05	0.11	0.18	0.06	0.04	0.11	0.10	0.11	0.22	0.04	0.04	0.04	0.22
AA027034	0.04	0.03	0.17	0.05	0.04	0.03	0.04	0.04	0.25	0.07	0.04	0.04	0.03	0.25
AF086244	0	0	0	0	0	0	0.14	0.13	0.05	0.08	0.20	0.20	0	0.20
AA001661	0.04	0.03	0.16	0.22	0.04	0.03	0.01	0.01	0.06	0.17	0.01	0.01	0.01	0.22
R06860	0.21	0.11	0	0.03	0.17	0.09	0.01	0.01	0	0	0.01	0.01	0	0.21

Minimum and maximum inclusion frequencies are given in the two rightmost columns. Names of microarray features contained in the original signature are indicated by boldface

ISSN: 1755-8794