Skip to main content

Advertisement

Table 2 Inclusion frequencies for microarray features selected in at least 20 % of subsampling data sets by any of the approaches (sh: Fine-Gray regression; csh: cause-specific hazard model)

From: Dealing with prognostic signature instability: a strategy illustrated for cardiovascular events in patients with end-stage renal disease

Feature Original endpoint   Updated endpoint   Min Max
  All observations w/o outlier All observations w/o outlier  
  Multi Uni multi Multi Uni multi  
  sh csh sh csh sh csh sh csh sh csh sh csh  
H57987 0.30 0.38 0.31 0.50 0.33 0.40 0.31 0.37 0.41 0.50 0.33 0.38 0.30 0.50
BX094448 0.22 0.22 0.32 0.29 0.17 0.15 0.13 0.15 0.14 0.23 0.08 0.10 0.10 0.32
R36623 0.11 0.10 0 0.12 0.10 0.09 0.25 0.28 0.01 0.29 0.25 0.28 0 0.29
R88065 (VPS72) 0.23 0.20 0.10 0.17 0.27 0.25 0.07 0.10 0.11 0.15 0.10 0.13 0.07 0.27
BX104205 0.19 0.18 0.03 0.04 0 0 0.36 0.33 0.19 0.19 0 0 0 0.36
BX100481 0.14 0.10 0.05 0.01 0.09 0.06 0.26 0.24 0.12 0.04 0.19 0.17 0.01 0.26
BM918155 0 0 0 0 0 0 0.27 0.28 0.13 0.01 0.31 0.32 0 0.32
R00274 0.03 0.03 0.33 0.33 0.04 0.05 0.01 0.01 0.16 0.18 0.01 0.02 0.01 0.33
BX281671 (ITGA2B) 0.19 0.23 0.03 0.12 0.21 0.27 0.02 0.02 0 0.01 0.03 0.04 0 0.23
R10279 0.07 0.05 0.11 0.18 0.06 0.04 0.11 0.10 0.11 0.22 0.04 0.04 0.04 0.22
AA027034 0.04 0.03 0.17 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.25 0.07 0.04 0.04 0.03 0.25
AF086244 0 0 0 0 0 0 0.14 0.13 0.05 0.08 0.20 0.20 0 0.20
AA001661 0.04 0.03 0.16 0.22 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.17 0.01 0.01 0.01 0.22
R06860 0.21 0.11 0 0.03 0.17 0.09 0.01 0.01 0 0 0.01 0.01 0 0.21
  1. Minimum and maximum inclusion frequencies are given in the two rightmost columns. Names of microarray features contained in the original signature are indicated by boldface