Table 1 Identification (in %) of pathogenic genes in each approach
Methods | 1% | 5% | 10% | 20% | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
G1 | G2 | G1,2 | G1 | G2 | G1,2 | G1 | G2 | G1,2 | G1 | G2 | G1,2 | |
BioCarta | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 7,69 | 2,86 | 3,70 | 23,08 | 8,57 | 3,70 | 23,08 | 8,57 |
Candid | 14,81 | 15,38 | 14,29 | 25,93 | 61,54 | 34,29 | 29,63 | 69,23 | 37,14 | 44,44 | 84,62 | 54,29 |
GLAUG4 | 3,70 | 0,00 | 2,86 | 14,81 | 15,38 | 14,29 | 18,52 | 53,85 | 28,57 | 22,22 | 76,92 | 37,14 |
PlySearch | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 7,69 | 6,25 | 6,25 | 15,38 | 12,50 | 12,50 | 23,08 | 18,75 |
CIPHRE | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 7,69 | 2,86 | 0,00 | 15,38 | 5,71 | 0,00 | 15,38 | 5,71 |
Guildify | 14,81 | 23,08 | 14,29 | 18,52 | 38,46 | 22,86 | 25,93 | 53,85 | 34,29 | 44,44 | 69,23 | 51,43 |
DISGENET | 3,70 | 15,38 | 5,71 | 7,41 | 30,77 | 14,29 | 11,11 | 38,46 | 20,00 | 29,63 | 92,31 | 45,71 |
Geneprospector | 3,70 | 30,77 | 11,43 | 22,22 | 84,62 | 34,29 | 22,22 | 100,00 | 40,00 | 33,33 | 100,00 | 48,57 |
GENIE | 7,41 | 0,00 | 5,71 | 14,81 | 46,15 | 25,71 | 25,93 | 76,92 | 40,00 | 37,04 | 84,62 | 48,57 |
SPNS3D | 7,41 | 7,69 | 5,71 | 14,81 | 15,38 | 11,43 | 14,81 | 30,77 | 17,14 | 29,63 | 53,85 | 34,29 |
GeneDistiller | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 7,69 | 6,25 | 6,25 | 7,69 | 12,50 | 12,50 | 15,38 | 18,75 |
MetaRanker | 44,44 | 92,31 | 54,29 | 62,96 | 92,31 | 68,57 | 74,07 | 92,31 | 77,14 | 88,89 | 92,31 | 88,57 |
Consensus | 51,85 | 100,00 | 62,86 | 74,07 | 100,00 | 80,00 | 85,19 | 100,00 | 88,57 | 88,89 | 100,00 | 91,43 |