Table 2 Average rank of identified pathogenic genes in each method
Methods | 1% | 5% | 10% | 20% | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
G1 | G2 | G1,2 | G1 | G2 | G1,2 | G1 | G2 | G1,2 | G1 | G2 | G1,2 | |
BioCarta | Â | Â | Â | Â | 4,0 | 4,0 | 7,0 | 5,7 | 5,7 | 7,0 | 5,7 | 5,7 |
Candid | 18,8 | 9,0 | 17,2 | 44,1 | 70,9 | 58,3 | 71,3 | 92,0 | 73,8 | 180,7 | 157,9 | 182,5 |
GLAUG4 | 1 | Â | 1 | 3,0 | 5,0 | 3,2 | 4,8 | 8,3 | 6,4 | 6,5 | 11,2 | 9,1 |
PlySearch | 0 | 0 | 0 | Â | 1,0 | 1,0 | 2,0 | 1,5 | 1,5 | 3,0 | 2,3 | 2,3 |
CIPHRE | Â | Â | Â | Â | 15,0 | 15,0 | Â | 28,5 | 28,5 | Â | 28,5 | 28,5 |
Guildify | 36,0 | 41,0 | 29,0 | 57,0 | 155,6 | 117,6 | 300,1 | 324,0 | 353,9 | 1010,9 | 648,9 | 864,1 |
DISGENET | 2,0 | 1,5 | 1,5 | 3,0 | 2,8 | 3,0 | 6,3 | 4,6 | 5,7 | 15,5 | 13,4 | 13,8 |
Geneprospector | 4,0 | 2,5 | 2,5 | 11,2 | 7,7 | 7,7 | 11,2 | 9,8 | 9,6 | 24,0 | 9,8 | 16,7 |
GENIE | 2,0 | Â | 2,0 | 5,8 | 7,7 | 6,4 | 11,0 | 12,3 | 10,9 | 19,2 | 13,8 | 15,8 |
SPNS3D | 2,0 | 3,0 | 2,0 | 4,0 | 5,5 | 4,0 | 4,0 | 8,0 | 6,2 | 12,9 | 13,4 | 13,9 |
GeneDistiller | 0,0 | 0,0 | 0,0 | Â | 1,0 | 1,0 | 1,0 | 1,0 | 1,0 | 1,5 | 1,5 | 1,3 |
MetaRanker | 45,8 | 43,7 | 44,9 | 143,8 | 43,7 | 114,5 | 297,3 | 43,7 | 231,4 | 648,6 | 43,7 | 511,9 |
Consensus | 36,4 | 15,8 | 28,0 | 118,2 | 15,8 | 88,3 | 272,6 | 15,8 | 205,7 | 372,0 | 15,8 | 282,4 |