TY - JOUR AU - Lopez-Otin, C. PY - 1998 DA - 1998// TI - Breast and prostate Cancer: an analysis of common epidemiological, genetic, and biochemical features JO - Endocr Rev VL - 19 ID - Lopez-Otin1998 ER - TY - JOUR AU - Allred, D. C. AU - Mohsin, S. K. AU - Fuqua, S. A. W. PY - 2001 DA - 2001// TI - Histological and biological evolution of human premalignant breast disease JO - Endocr Relat Cancer VL - 8 UR - https://doi.org/10.1677/erc.0.0080047 DO - 10.1677/erc.0.0080047 ID - Allred2001 ER - TY - JOUR AU - Connell, P. O. AU - Fuqua, S. A. W. AU - Osborne, C. K. AU - Clark, G. M. AU - Allred, D. C. PY - 1998 DA - 1998// TI - Analysis of loss of heterozygosity in 399 premalignant breast lesions at 15 genetic loci JO - J Natl Cancer Inst VL - 90 UR - https://doi.org/10.1093/jnci/90.9.697 DO - 10.1093/jnci/90.9.697 ID - Connell1998 ER - TY - JOUR AU - Collins, L. C. AU - Tamimi, R. M. AU - Baer, H. J. AU - Connolly, J. L. AU - G a, C. AU - Schnitt, S. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Outcome of patients with ductal carcinoma in situ untreated after diagnostic biopsy: results from the nurses’ health study JO - Cancer VL - 103 UR - https://doi.org/10.1002/cncr.20979 DO - 10.1002/cncr.20979 ID - Collins2005 ER - TY - JOUR AU - Frykberg, E. R. AU - FAC, S. PY - 1994 DA - 1994// TI - Overview of the biology and Management of Ductal Carcinoma in Situ of the breast JO - Cancer VL - 74 UR - https://doi.org/10.1002/cncr.2820741321 DO - 10.1002/cncr.2820741321 ID - Frykberg1994 ER - TY - JOUR AU - Cuzick, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Treatment of DCIS--results from clinical trials JO - Surg Oncol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1016/j.suronc.2003.09.001 DO - 10.1016/j.suronc.2003.09.001 ID - Cuzick2003 ER - TY - JOUR AU - Sgroi, D. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Preinvasive breast cancer JO - Annu Rev Pathol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.pathol.4.110807.092306 DO - 10.1146/annurev.pathol.4.110807.092306 ID - Sgroi2010 ER - TY - JOUR AU - Lakhani, S. R. AU - Ashworth, A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Microarray and histopathological analysis of tumours: the future and the past? JO - Nat Rev Cancer VL - 1 UR - https://doi.org/10.1038/35101087 DO - 10.1038/35101087 ID - Lakhani2001 ER - TY - JOUR AU - Kerlikowske, K. PY - 2003 DA - 2003// TI - Characteristics associated with recurrence among women with ductal carcinoma in situ treated by lumpectomy JO - CancerSpectrum Knowl Environ VL - 95 ID - Kerlikowske2003 ER - TY - JOUR AU - Gauthier, M. L. AU - Berman, H. K. AU - Miller, C. AU - Kozakeiwicz, K. AU - Chew, K. AU - Moore, D. AU - Rabban, J. AU - Chen, Y. Y. AU - Kerlikowske, K. AU - Tlsty, T. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Abrogated response to cellular stress identifies DCIS associated with subsequent tumour events and defines basal-like breast tumours JO - Cancer Cell VL - 12 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccr.2007.10.017 DO - 10.1016/j.ccr.2007.10.017 ID - Gauthier2007 ER - TY - JOUR AU - Bethwaite, P. AU - Smith, N. AU - Delahunt, B. AU - Kenwright, D. PY - 1998 DA - 1998// TI - Reproducibility of new classification schemes for the pathology of ductal carcinoma in situ of the breast JO - J Clin Pathol VL - 51 UR - https://doi.org/10.1136/jcp.51.6.450 DO - 10.1136/jcp.51.6.450 ID - Bethwaite1998 ER - TY - JOUR AU - Gradishar, W. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - The future of breast cancer: the role of prognostic factors JO - Breast Cancer Res Treat VL - 89 UR - https://doi.org/10.1007/s10549-005-0144-y DO - 10.1007/s10549-005-0144-y ID - Gradishar2005 ER - TY - JOUR AU - Patani, N. e. i. l. l. AU - Cutuli, B. r. u. n. o. AU - Mokbel, K. e. f. a. h. PY - 2007 DA - 2007// TI - Current management of DCIS: a review JO - Breast Cancer Research and Treatment VL - 111 UR - https://doi.org/10.1007/s10549-007-9760-z DO - 10.1007/s10549-007-9760-z ID - Patani2007 ER - TY - JOUR AU - Muggerud, A. A. AU - Hallett, M. AU - Johnsen, H. AU - Kleivi, K. AU - Zhou, W. AU - Tahmasebpoor, S. AU - Amini, R. -. M. AU - Botling, J. AU - Børresen-Dale, A. -. L. AU - Sørlie, T. AU - Wärnberg, F. PY - 2010 DA - 2010// TI - Molecular diversity in ductal carcinoma in situ (DCIS) and early invasive breast cancer JO - Mol Oncol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1016/j.molonc.2010.06.007 DO - 10.1016/j.molonc.2010.06.007 ID - Muggerud2010 ER - TY - STD TI - Hannemann J, Velds A, Halfwerk JBG, Kreike B, Peterse JL, van de Vijver MJ: Classification of ductal carcinoma in situ by gene expression profiling. Breast Cancer Res 2006, 8:R61. ID - ref15 ER - TY - JOUR AU - Ma, X. AU - Salunga, R. AU - Tuggle, J. T. AU - Gaudet, J. AU - Enright, E. AU - Mcquary, P. AU - Payette, T. AU - Pistone, M. AU - Stecker, K. AU - Zhang, B. M. AU - Zhou, Y. AU - Varnholt, H. AU - Smith, B. AU - Gadd, M. AU - Chatfield, E. AU - Kessler, J. AU - Baer, T. M. AU - Erlander, M. G. AU - Sgroi, D. C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Gene expression profiles of human breast cancer progression JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0931261100 DO - 10.1073/pnas.0931261100 ID - Ma2003 ER - TY - JOUR AU - Porter, D. AU - Lahti-domenici, J. AU - Keshaviah, A. AU - Bae, Y. K. AU - Argani, P. AU - Marks, J. AU - Richardson, A. AU - Cooper, A. AU - Strausberg, R. AU - Riggins, G. J. AU - Schnitt, S. AU - Gabrielson, E. AU - Gelman, R. AU - Polyak, K. PY - 2003 DA - 2003// TI - Molecular markers in ductal carcinoma in situ of the breast JO - Mol Cancer Res VL - 1 ID - Porter2003 ER - TY - JOUR AU - Schuetz, C. S. AU - Bonin, M. AU - Clare, S. E. AU - Nieselt, K. AU - Sotlar, K. AU - Walter, M. AU - Fehm, T. AU - Solomayer, E. AU - Riess, O. AU - Wallwiener, D. AU - Kurek, R. AU - Neubauer, H. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Progression-specific genes identified by expression profiling of matched ductal carcinomas in situ and invasive breast tumours, combining laser capture microdissection and oligonucleotide microarray analysis JO - Cancer Res VL - 66 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-05-4610 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-05-4610 ID - Schuetz2006 ER - TY - JOUR AU - Bibikova, M. AU - Talantov, D. AU - Chudin, E. AU - Yeakley, J. M. AU - Chen, J. AU - Doucet, D. AU - Wickham, E. AU - Atkins, D. AU - Barker, D. AU - Chee, M. AU - Wang, Y. AU - Fan, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Quantitative gene expression profiling in formalin- fixed, paraffin-embedded tissues using universal bead arrays JO - Am J Pathol VL - 165 UR - https://doi.org/10.1016/S0002-9440(10)63435-9 DO - 10.1016/S0002-9440(10)63435-9 ID - Bibikova2004 ER - TY - JOUR AU - Silverstein, M. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - The University of Southern California/Van Nuys prognostic index for ductal carcinoma in situ of the breast JO - Am J Surg VL - 186 UR - https://doi.org/10.1016/S0002-9610(03)00265-4 DO - 10.1016/S0002-9610(03)00265-4 ID - Silverstein2003 ER - TY - JOUR AU - Nielsen, T. AU - Wallden, B. AU - Schaper, C. AU - Ferree, S. AU - Liu, S. AU - Gao, D. AU - Barry, G. AU - Dowidar, N. AU - Maysuria, M. AU - Storhoff, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Analytical validation of the PAM50-based Prosigna breast Cancer prognostic gene signature assay and nCounter analysis system using formalin-fixed paraffin-embedded breast tumour specimens JO - BMC Cancer VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2407-14-177 DO - 10.1186/1471-2407-14-177 ID - Nielsen2014 ER - TY - JOUR AU - Farragher, S. M. AU - Tanney, A. AU - Kennedy, R. D. AU - Paul Harkin, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - RNA expression analysis from formalin fixed paraffin embedded tissues JO - Histochem Cell Biol VL - 130 UR - https://doi.org/10.1007/s00418-008-0479-7 DO - 10.1007/s00418-008-0479-7 ID - Farragher2008 ER - TY - JOUR AU - Dunning, M. J. AU - Barbosa-Morais, N. L. AU - Lynch, A. G. AU - Tavaré, S. AU - Ritchie, M. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Statistical issues in the analysis of Illumina data JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-85 DO - 10.1186/1471-2105-9-85 ID - Dunning2008 ER - TY - JOUR AU - Gentleman, R. C. AU - Gentleman, R. C. AU - Carey, V. J. AU - Carey, V. J. AU - Bates, D. M. AU - Bates, D. M. AU - Bolstad, B. AU - Bolstad, B. AU - Dettling, M. AU - Dettling, M. AU - Dudoit, S. AU - Dudoit, S. AU - Ellis, B. AU - Ellis, B. AU - Gautier, L. AU - Gautier, L. AU - Ge, Y. AU - Ge, Y. AU - Gentry, J. AU - Gentry, J. AU - Hornik, K. AU - Hornik, K. AU - Hothorn, T. AU - Hothorn, T. AU - Huber, W. AU - Huber, W. AU - Iacus, S. AU - Iacus, S. AU - Irizarry, R. AU - Irizarry, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-10-r80 DO - 10.1186/gb-2004-5-10-r80 ID - Gentleman2004 ER - TY - JOUR AU - Gautier, L. AU - Cope, L. AU - Bolstad, B. M. AU - R a, I. PY - 2004 DA - 2004// TI - Affy - analysis of Affymetrix GeneChip data at the probe level JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg405 DO - 10.1093/bioinformatics/btg405 ID - Gautier2004 ER - TY - JOUR AU - Dunning, M. J. AU - Smith, M. L. AU - Ritchie, M. E. AU - Tavaré, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Beadarray: R classes and methods for Illumina bead-based data JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm311 DO - 10.1093/bioinformatics/btm311 ID - Dunning2007 ER - TY - JOUR AU - Smyth, G. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Linear models and empirical bayes methods for assessing differential expression in microarray experiments JO - Stat Appl Genet Mol Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.2202/1544-6115.1027 DO - 10.2202/1544-6115.1027 ID - Smyth2004 ER - TY - JOUR AU - Hong, F. AU - Breitling, R. AU - McEntee, C. W. AU - Wittner, B. S. AU - Nemhauser, J. L. AU - Chory, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - RankProd: a bioconductor package for detecting differentially expressed genes in meta-analysis JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl476 DO - 10.1093/bioinformatics/btl476 ID - Hong2006 ER - TY - JOUR AU - Falcon, S. AU - Gentleman, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Using GOstats to test gene lists for GO term association JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl567 DO - 10.1093/bioinformatics/btl567 ID - Falcon2007 ER - TY - STD TI - Huber W, von Heydebreck A, Sültmann H, Poustka A, Vingron M: Variance stabilization applied to microarray data calibration and to the quantification of differential expression. Bioinformatics 2002, 18 Suppl 1:S96–S104. ID - ref30 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing JO - J R Statist Soc VL - 57 ID - Benjamini1995 ER - TY - CHAP AU - Morrow, M. AU - Harris, J. R. ED - Harris, J. ED - Lippman, M. E. ED - Morrow, M. ED - Osborne, C. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Ductal carcinoma in situ and microinvasive carcinoma BT - Diseases of the breast PB - Wilkins CY - Philadelphia ID - Morrow2004 ER - TY - JOUR AU - Järvinen, A. K. AU - Hautaniemi, S. AU - Edgren, H. AU - Auvinen, P. AU - Saarela, J. AU - Kallioniemi, O. P. AU - Monni, O. PY - 2004 DA - 2004// TI - Are data from different gene expression microarray platforms comparable? JO - Genomics VL - 83 UR - https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2004.01.004 DO - 10.1016/j.ygeno.2004.01.004 ID - Järvinen2004 ER - TY - JOUR AU - Castellana, B. AU - Escuin, D. AU - Peiró, G. AU - Garcia-Valdecasas, B. AU - Vázquez, T. AU - Pons, C. AU - Pérez-Olabarria, M. AU - Barnadas, A. AU - Lerma, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - ASPN and GJB2 are implicated in the mechanisms of invasion of ductal breast carcinomas JO - J Cancer VL - 3 UR - https://doi.org/10.7150/jca.4120 DO - 10.7150/jca.4120 ID - Castellana2012 ER - TY - JOUR AU - Kim, H. AU - Watkinson, J. AU - Varadan, V. AU - Anastassiou, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Multi-cancer computational analysis reveals invasion-associated variant of desmoplastic reaction involving INHBA, THBS2 and COL11A1 JO - BMC Med Genet VL - 3 ID - Kim2010 ER - TY - JOUR AU - Gozgit, J. M. AU - Pentecost, B. T. AU - Sa, M. AU - Otis, C. N. AU - Wu, C. AU - Arcaro, K. F. PY - 2006 DA - 2006// TI - Use of an aggressive MCF-7 cell line variant, TMX2-28, to study cell invasion in breast cancer JO - Mol Cancer Res VL - 4 UR - https://doi.org/10.1158/1541-7786.MCR-06-0147 DO - 10.1158/1541-7786.MCR-06-0147 ID - Gozgit2006 ER - TY - JOUR AU - Knudsen, E. S. AU - Ertel, A. AU - Davicioni, E. AU - Kline, J. AU - Schwartz, G. F. AU - Witkiewicz, A. K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Progression of ductal carcinoma in situ to invasive breast cancer is associated with gene expression programs of EMT and myoepithelia JO - Breast Cancer Res Treat VL - 133 UR - https://doi.org/10.1007/s10549-011-1894-3 DO - 10.1007/s10549-011-1894-3 ID - Knudsen2012 ER - TY - JOUR AU - Turashvili, G. AU - Bouchal, J. AU - Baumforth, K. AU - Wei, W. AU - Dziechciarkova, M. AU - Ehrmann, J. AU - Klein, J. AU - Fridman, E. AU - Skarda, J. AU - Srovnal, J. AU - Hajduch, M. AU - Murray, P. AU - Kolar, Z. PY - 2007 DA - 2007// TI - Novel markers for differentiation of lobular and ductal invasive breast carcinomas by laser microdissection and microarray analysis JO - BMC Cancer VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2407-7-55 DO - 10.1186/1471-2407-7-55 ID - Turashvili2007 ER - TY - JOUR AU - Ma, X. -. J. AU - Dahiya, S. AU - Richardson, E. AU - Erlander, M. AU - Sgroi, D. C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Gene expression profiling of the tumour microenvironment during breast cancer progression JO - Breast Cancer Res VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/bcr2222 DO - 10.1186/bcr2222 ID - Ma2009 ER - TY - JOUR AU - Taube, J. H. AU - Herschkowitz, J. I. AU - Komurov, K. AU - Zhou, A. Y. AU - Gupta, S. AU - Yang, J. AU - Hartwell, K. AU - Onder, T. T. AU - Gupta, P. B. AU - Evans, K. W. AU - Hollier, B. G. AU - Ram, P. T. AU - Lander, E. S. AU - Rosen, J. M. AU - R a, W. AU - S a, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Core epithelial-to-mesenchymal transition interactome gene-expression signature is associated with claudin-low and metaplastic breast cancer subtypes JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1004900107 DO - 10.1073/pnas.1004900107 ID - Taube2010 ER - TY - JOUR AU - Anastassiou, D. AU - Rumjantseva, V. AU - Cheng, W. AU - Huang, J. AU - Canoll, P. D. AU - Yamashiro, D. J. AU - Kandel, J. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Human cancer cells express slug-based epithelial-mesenchymal transition gene expression signature obtained in vivo JO - BMC Cancer VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2407-11-529 DO - 10.1186/1471-2407-11-529 ID - Anastassiou2011 ER - TY - JOUR AU - Jechlinger, M. AU - Grunert, S. AU - Tamir, I. H. AU - Janda, E. AU - Lüdemann, S. AU - Waerner, T. AU - Seither, P. AU - Weith, A. AU - Beug, H. AU - Kraut, N. PY - 2003 DA - 2003// TI - Expression profiling of epithelial plasticity in tumour progression JO - Oncogene VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/sj.onc.1206887 DO - 10.1038/sj.onc.1206887 ID - Jechlinger2003 ER - TY - JOUR AU - Van, V. L. J. AU - Dai, H. AU - Van De, V. M. J. AU - Van Der, K. K. AU - Marton, M. J. AU - Witteveen, A. T. AU - Schreiber, G. J. AU - Kerkhoven, R. M. AU - Roberts, C. AU - Bernards, Â. AU - Friend, S. H. AU - Linsley, P. S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Gene expression profiling predicts clinical outcome of breast cancer JO - Nature VL - 415 UR - https://doi.org/10.1038/415530a DO - 10.1038/415530a ID - Van2002 ER - TY - JOUR AU - Vargas, A. n. a. C. r. i. s. t. i. n. a. AU - Reed, A. m. y. E. M. c. C. a. r. t. AU - Waddell, N. i. c. AU - Lane, A. n. n. e. t. t. e. AU - Reid, L. y. n. n. e. E. AU - Smart, C. h. a. n. e. l. E. AU - Cocciardi, S. i. b. y. l. l. e. AU - da Silva, L. e. o. n. a. r. d. AU - Song, S. a. r. a. h. AU - Chenevix-Trench, G. e. o. r. g. i. a. AU - Simpson, P. e. t. e. r. T. AU - Lakhani, S. u. n. i. l. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Gene expression profiling of tumour epithelial and stromal compartments during breast cancer progression JO - Breast Cancer Research and Treatment VL - 135 UR - https://doi.org/10.1007/s10549-012-2123-4 DO - 10.1007/s10549-012-2123-4 ID - Vargas2012 ER - TY - JOUR AU - Arora, S. AU - Kaur, J. AU - Sharma, C. AU - Mathur, M. AU - Bahadur, S. AU - Shukla, N. K. AU - Deo, S. V. S. AU - Ralhan, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Stromelysin 3, Ets-1, and vascular endothelial growth factor expression in oral precancerous and cancerous lesions: correlation with microvessel density, progression, and prognosis JO - Clin Cancer Res VL - 11 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-04-0572 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-04-0572 ID - Arora2005 ER - TY - JOUR AU - Cheng, C. -. W. AU - Yu, J. -. C. AU - Wang, H. -. W. AU - Huang, C. -. S. AU - Shieh, J. -. C. AU - Fu, Y. -. P. AU - Chang, C. -. W. AU - Wu, P. -. E. AU - Shen, C. -. Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - The clinical implications of MMP-11 and CK-20 expression in human breast cancer JO - Clin Chim Acta VL - 411 UR - https://doi.org/10.1016/j.cca.2009.11.009 DO - 10.1016/j.cca.2009.11.009 ID - Cheng2010 ER - TY - JOUR AU - Chang, H. AU - Yang, M. AU - Yang, Y. AU - Hou, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - MMP13 is potentially a new tumour marker for JO - Oncol Rep VL - 22 ID - Chang2009 ER -