TY - JOUR AU - Killela, P. J. AU - Reitman, Z. J. AU - Jiao, Y. AU - Bettegowda, C. AU - Agrawal, N. AU - Diaz, L. A. AU - Friedman, A. H. AU - Friedman, H. AU - Gallia, G. L. AU - Giovanella, B. C. AU - Grollman, A. P. AU - He, T. -. C. AU - He, Y. AU - Hruban, R. H. AU - Jallo, G. I. AU - Mandahl, N. AU - Meeker, A. K. AU - Mertens, F. AU - Netto, G. J. AU - Rasheed, B. A. AU - Riggins, G. J. AU - Rosenquist, T. A. AU - Schiffman, M. AU - Shih, I. -. M. AU - Theodorescu, D. AU - Torbenson, M. S. AU - Velculescu, V. E. AU - Wang, T. -. L. AU - Wentzensen, N. AU - Wood, L. D. AU - Zhang, M. AU - McLendon, R. E. AU - Bigner, D. D. AU - Kinzler, K. W. AU - Vogelstein, B. AU - Papadopoulos, N. AU - Yan, H. PY - 2013 DA - 2013// TI - TERT promoter mutations occur frequently in gliomas and a subset of tumors derived from cells with low rates of self-renewal JO - Proceedings of the National Academy of Sciences VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1303607110 DO - 10.1073/pnas.1303607110 ID - Killela2013 ER - TY - JOUR AU - Huang, F. W. AU - Hodis, E. AU - Xu, M. J. AU - Kryukov, G. V. AU - Chin, L. AU - Garraway, L. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Highly Recurrent TERT Promoter Mutations in Human Melanoma JO - Science VL - 339 UR - https://doi.org/10.1126/science.1229259 DO - 10.1126/science.1229259 ID - Huang2013 ER - TY - JOUR AU - Mansour, M. R. AU - Abraham, B. J. AU - Anders, L. AU - Berezovskaya, A. AU - Gutierrez, A. AU - Durbin, A. D. AU - Etchin, J. AU - Lawton, L. AU - Sallan, S. E. AU - Silverman, L. B. AU - Loh, M. L. AU - Hunger, S. P. AU - Sanda, T. AU - Young, R. A. AU - Look, A. T. PY - 2014 DA - 2014// TI - An oncogenic super-enhancer formed through somatic mutation of a noncoding intergenic element JO - Science VL - 346 UR - https://doi.org/10.1126/science.1259037 DO - 10.1126/science.1259037 ID - Mansour2014 ER - TY - STD TI - Kumar S, Warrell J, Li S, McGillivray P, Meyerson W, Salichos L, Harmanci A, Martinez-Fundichely A, Chan CWY, Nielsen M, Lochovsky L, Zhang Y, Li X, Pedersen JS, Herrmann C, Getz G, Khurana E, Gerstein M. Passenger mutations in 2500 cancer genomes: Overall molecular functional impact and consequences. bioRxiv. 2018. https://doi.org/10.1101/280446.http://arxiv.org/abs/https://www.biorxiv.org/content/early/2018/03/12/280446.full.pdf.https://www.biorxiv.org/content/early/2018/03/12/280446.full.pdf. UR - https://www.biorxiv.org/content/early/2018/03/12/280446.full.pdf ID - ref4 ER - TY - JOUR AU - McFarland, C. D. AU - Korolev, K. S. AU - Kryukov, G. V. AU - Sunyaev, S. R. AU - Mirny, L. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Impact of deleterious passenger mutations on cancer progression JO - Proceedings of the National Academy of Sciences VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1213968110 DO - 10.1073/pnas.1213968110 ID - McFarland2013 ER - TY - JOUR AU - Alexandrov, L. u. d. m. i. l. B. AU - Nik-Zainal, S. e. r. e. n. a. AU - Wedge, D. a. v. i. d. C. AU - Aparicio, S. a. m. u. e. l. A. J. R. AU - Behjati, S. a. m. AU - Biankin, A. n. d. r. e. w. V. AU - Bignell, G. r. a. h. a. m. R. AU - Bolli, N. i. c. c. o. l. ò. AU - Borg, A. k. e. AU - Børresen-Dale, A. n. n. e. -. L. i. s. e. AU - Boyault, S. a. n. d. r. i. n. e. AU - Burkhardt, B. i. r. g. i. t. AU - Butler, A. d. a. m. P. AU - Caldas, C. a. r. l. o. s. AU - Davies, H. e. l. e. n. R. AU - Desmedt, C. h. r. i. s. t. i. n. e. AU - Eils, R. o. l. a. n. d. AU - Eyfjörd, J. ó. r. u. n. n. E. r. l. a. AU - Foekens, J. o. h. n. A. AU - Greaves, M. e. l. AU - Hosoda, F. u. m. i. e. AU - Hutter, B. a. r. b. a. r. a. AU - Ilicic, T. o. m. i. s. l. a. v. AU - Imbeaud, S. a. n. d. r. i. n. e. AU - Imielinski, M. a. r. c. i. n. AU - Jäger, N. a. t. a. l. i. e. AU - Jones, D. a. v. i. d. T. W. AU - Jones, D. a. v. i. d. AU - Knappskog, S. t. i. a. n. AU - Kool, M. a. r. c. e. l. AU - Lakhani, S. u. n. i. l. R. AU - López-Otín, C. a. r. l. o. s. AU - Martin, S. a. n. c. h. a. AU - Munshi, N. i. k. h. i. l. C. AU - Nakamura, H. i. r. o. m. i. AU - Northcott, P. a. u. l. A. AU - Pajic, M. a. r. i. n. a. AU - Papaemmanuil, E. l. l. i. AU - Paradiso, A. n. g. e. l. o. AU - Pearson, J. o. h. n. V. AU - Puente, X. o. s. e. S. AU - Raine, K. e. i. r. a. n. AU - Ramakrishna, M. a. n. a. s. a. AU - Richardson, A. n. d. r. e. a. L. AU - Richter, J. u. l. i. a. AU - Rosenstiel, P. h. i. l. i. p. AU - Schlesner, M. a. t. t. h. i. a. s. AU - Schumacher, T. o. n. N. AU - Span, P. a. u. l. N. AU - Teague, J. o. n. W. AU - Totoki, Y. a. s. u. s. h. i. AU - Tutt, A. n. d. r. e. w. N. J. AU - Valdés-Mas, R. a. f. a. e. l. AU - van Buuren, M. a. r. i. t. M. AU - van ’t Veer, L. a. u. r. a. AU - Vincent-Salomon, A. n. n. e. AU - Waddell, N. i. c. o. l. a. AU - Yates, L. u. c. y. R. AU - Zucman-Rossi, J. e. s. s. i. c. a. AU - Andrew Futreal, P. AU - McDermott, U. l. t. a. n. AU - Lichter, P. e. t. e. r. AU - Meyerson, M. a. t. t. h. e. w. AU - Grimmond, S. e. a. n. M. AU - Siebert, R. e. i. n. e. r. AU - Campo, E. l. í. a. s. AU - Shibata, T. a. t. s. u. h. i. r. o. AU - Pfister, S. t. e. f. a. n. M. AU - Campbell, P. e. t. e. r. J. AU - Stratton, M. i. c. h. a. e. l. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Signatures of mutational processes in human cancer JO - Nature VL - 500 UR - https://doi.org/10.1038/nature12477 DO - 10.1038/nature12477 ID - Alexandrov2013 ER - TY - JOUR AU - Sabarinathan, R. a. d. h. a. k. r. i. s. h. n. a. n. AU - Mularoni, L. o. r. i. s. AU - Deu-Pons, J. o. r. d. i. AU - Gonzalez-Perez, A. b. e. l. AU - López-Bigas, N. ú. r. i. a. PY - 2016 DA - 2016// TI - Nucleotide excision repair is impaired by binding of transcription factors to DNA JO - Nature VL - 532 UR - https://doi.org/10.1038/nature17661 DO - 10.1038/nature17661 ID - Sabarinathan2016 ER - TY - JOUR AU - Pleasance, E. D. AU - Cheetham, R. K. AU - Stephens, P. J. AU - McBride, D. J. AU - Humphray, S. J. AU - Greenman, C. D. AU - Varela, I. AU - Lin, M. -. L. AU - Ordonez, G. R. AU - Bignell, G. R. AU - Ye, K. AU - Alipaz, J. AU - Bauer, M. J. AU - Beare, D. AU - Butler, A. AU - Carter, R. J. AU - Chen, L. AU - Cox, A. J. AU - Edkins, S. AU - Kokko-Gonzales, P. I. AU - Gormley, N. A. AU - Grocock, R. J. AU - Haudenschild, C. D. AU - Hims, M. M. AU - James, T. AU - Jia, M. AU - Kingsbury, Z. AU - Leroy, C. AU - Marshall, J. AU - Menzies, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - A comprehensive catalogue of somatic mutations from a human cancer genome JO - Nature VL - 463 UR - https://doi.org/10.1038/nature08658 DO - 10.1038/nature08658 ID - Pleasance2010 ER - TY - JOUR AU - Mathelier, A. n. t. h. o. n. y. AU - Fornes, O. r. i. o. l. AU - Arenillas, D. a. v. i. d. J. AU - Chen, C. h. i. h. -. y. u. AU - Denay, G. r. é. g. o. i. r. e. AU - Lee, J. e. s. s. i. c. a. AU - Shi, W. e. n. q. i. a. n. g. AU - Shyr, C. a. s. p. e. r. AU - Tan, G. e. AU - Worsley-Hunt, R. e. b. e. c. c. a. AU - Zhang, A. l. l. e. n. W. AU - Parcy, F. r. a. n. ç. o. i. s. AU - Lenhard, B. o. r. i. s. AU - Sandelin, A. l. b. i. n. AU - Wasserman, W. y. e. t. h. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - JASPAR 2016: a major expansion and update of the open-access database of transcription factor binding profiles JO - Nucleic Acids Research VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv1176 DO - 10.1093/nar/gkv1176 ID - Mathelier2015 ER - TY - JOUR AU - Thomas-Chollier, M. AU - Defrance, M. AU - Medina-Rivera, A. AU - Sand, O. AU - Herrmann, C. AU - Thieffry, D. AU - van Helden, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Rsat 2011: regulatory sequence analysis tools JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr377 DO - 10.1093/nar/gkr377 ID - Thomas-Chollier2011 ER - TY - STD TI - Alexandrov L, Kim J, Haradhvala NJ, Huang MN, Ng AWT, Boot A, Covington KR, Gordenin DA, Bergstrom E, Lopez-Bigas N, Klimczak LJ, McPherson JR, Morganella S, Sabarinathan R, Wheeler DA, Mustonen V, Getz G, Rozen SG, Stratton MR. The repertoire of mutational signatures in human cancer. bioRxiv. 2018. https://doi.org/10.1101/322859.http://arxiv.org/abs/https://www.biorxiv.org/content/early/2018/05/15/322859.full.pdf. https://www.biorxiv.org/content/early/2018/05/15/322859.full.pdf. UR - https://www.biorxiv.org/content/early/2018/05/15/322859.full.pdf ID - ref11 ER - TY - STD TI - McInnes L, Healy J, Melville J. UMAP: Uniform Manifold Approximation and Projection for Dimension Reduction. arXiv e-prints. 2018:1802–03426. http://arxiv.org/abs/1802.034261802.03426. ID - ref12 ER - TY - JOUR AU - McInnes, L. e. l. a. n. d. AU - Healy, J. o. h. n. AU - Astels, S. t. e. v. e. PY - 2017 DA - 2017// TI - hdbscan: Hierarchical density based clustering JO - The Journal of Open Source Software VL - 2 UR - https://doi.org/10.21105/joss.00205 DO - 10.21105/joss.00205 ID - McInnes2017 ER - TY - JOUR AU - Żemojtel, T. o. m. a. s. z. AU - kiełbasa, S. z. y. m. o. n. M. AU - Arndt, P. e. t. e. r. F. AU - Behrens, S. a. r. a. h. AU - Bourque, G. u. i. l. l. a. u. m. e. AU - Vingron, M. a. r. t. i. n. PY - 2011 DA - 2011// TI - CpG Deamination Creates Transcription Factor–Binding Sites with High Efficiency JO - Genome Biology and Evolution VL - 3 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evr107 DO - 10.1093/gbe/evr107 ID - Żemojtel2011 ER - TY - STD TI - Fox EJ, Salk JJ, Loeb LA. Exploring the implications of distinct mutational signatures and mutation rates in aging and cancer. Genome Med. 2016; 8(1):30. https://doi.org/10.1186/s13073-016-0286-z. ID - ref15 ER - TY - JOUR AU - Li, Z. AU - Abraham, B. AU - Berezovskaya, A. AU - Farah, N. AU - Liu, Y. AU - Leon, T. AU - Fielding, A. AU - Tan, S. H. AU - Sanda, T. AU - Weintraub, A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Apobec signature mutation generates an oncogenic enhancer that drives lmo1 expression in t-all JO - Leukemia VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/leu.2017.75 DO - 10.1038/leu.2017.75 ID - Li2017 ER - TY - STD TI - Mao P, Brown AJ, Esaki S, Lockwood S, Poon GMK, Smerdon MJ, Roberts SA, Wyrick JJ. ETS transcription factors induce a unique UV damage signature that drives recurrent mutagenesis in melanoma. Nat Commun. 2018; 9(1):2626. https://doi.org/10.1038/s41467-018-05064-0. ID - ref17 ER - TY - JOUR AU - Rheinbay, E. s. t. h. e. r. AU - Parasuraman, P. r. a. s. a. n. n. a. AU - Grimsby, J. o. n. n. a. AU - Tiao, G. r. a. c. e. AU - Engreitz, J. e. s. s. e. M. AU - Kim, J. a. e. g. i. l. AU - Lawrence, M. i. c. h. a. e. l. S. AU - Taylor-Weiner, A. m. a. r. o. AU - Rodriguez-Cuevas, S. e. r. g. i. o. AU - Rosenberg, M. a. r. a. AU - Hess, J. u. l. i. a. n. AU - Stewart, C. h. i. p. AU - Maruvka, Y. o. s. e. f. E. AU - Stojanov, P. e. t. a. r. AU - Cortes, M. a. r. i. a. L. AU - Seepo, S. a. r. a. AU - Cibulskis, C. a. r. r. i. e. AU - Tracy, A. d. a. m. AU - Pugh, T. r. e. v. o. r. J. AU - Lee, J. e. s. s. e. AU - Zheng, Z. o. n. g. l. i. AU - Ellisen, L. e. i. f. W. AU - Iafrate, A. J. o. h. n. AU - Boehm, J. e. s. s. e. S. AU - Gabriel, S. t. a. c. e. y. B. AU - Meyerson, M. a. t. t. h. e. w. AU - Golub, T. o. d. d. R. AU - Baselga, J. o. s. e. AU - Hidalgo-Miranda, A. l. f. r. e. d. o. AU - Shioda, T. o. s. h. i. AU - Bernards, A. n. d. r. e. AU - Lander, E. r. i. c. S. AU - Getz, G. a. d. PY - 2017 DA - 2017// TI - Recurrent and functional regulatory mutations in breast cancer JO - Nature VL - 547 UR - https://doi.org/10.1038/nature22992 DO - 10.1038/nature22992 ID - Rheinbay2017 ER -