From: Comparison of somatic variant detection algorithms using Ion Torrent targeted deep sequencing data
 | BRCA1 | BRCA2 | KRAS | PIK3CA | TP53 |
---|---|---|---|---|---|
MuTect2 | 1056 (n = 207) | 364 (n = 207) | 51 (n = 157) | 45 (n = 137) | 738 (n = 208) |
TVC | 126 (n = 83) | 30 (n = 38) | 10 (n = 31) | 16 (n = 27) | 139 (n = 139) |
VarScan2 | 94 (n = 188) | 57 (n = 194) | 7 (n = 19) | 10 (20) | 111 (n = 161) |
Common | 33 (n = 77) | 8 (n = 34) | 7 (n = 17) | 7 (n = 15) | 81 (n = 122) |
Common (%) | 2.9% (37%) | 2.1% (16.4%) | 13.7% (10.8%) | 14.9% (10.6%) | 10.7% (57.8%) |