TY - BOOK PY - 2015 DA - 2015// TI - Breast Cancer Facts and Figures 2015–2016 PB - American Cancer Society CY - Atlanta ID - ref1 ER - TY - JOUR AU - van Zee, K. J. AU - Barrio, A. V. AU - Tchou, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Treatment and long-term risks for patients with a diagnosis of ductal carcinoma in situ JO - JAMA Oncol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1001/jamaoncol.2015.4860 DO - 10.1001/jamaoncol.2015.4860 ID - van Zee2016 ER - TY - JOUR AU - Kaur, H. AU - Mao, S. AU - Shah, S. AU - Gorski, D. H. AU - Krawetz, S. A. AU - Sloane, B. F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Next-generation sequencing: a powerful tool for the discovery of molecular markers in breast ductal carcinoma in situ JO - Expert Rev Mol Diagn VL - 13 UR - https://doi.org/10.1586/erm.13.4 DO - 10.1586/erm.13.4 ID - Kaur2013 ER - TY - JOUR AU - Lesurf, R. AU - Aure, M. R. AU - Mork, H. H. AU - Vitelli, V. AU - Lundgren, S. AU - Borresen-Dale, A. L. AU - Engebraten, O. PY - 2016 DA - 2016// TI - Molecular features of subtype-specific progression from ductal carcinoma in situ to invasive breast cancer JO - Cell Rep VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2016.06.051 DO - 10.1016/j.celrep.2016.06.051 ID - Lesurf2016 ER - TY - JOUR AU - Miron, A. AU - Varadi, M. AU - Carrasco, D. AU - Li, H. AU - Luongo, L. AU - Kim, H. J. AU - Park, S. Y. AU - Cho, E. Y. AU - Lewis, G. AU - Kehoe, S. AU - Iglehart, J. D. AU - Dillon, D. AU - Allred, D. C. AU - Macconaill, L. AU - Gelman, R. AU - Polyak, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - PIK3CA mutations in in situ and invasive breast carcinomas JO - Cancer Res VL - 70 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-08-2660 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-08-2660 ID - Miron2010 ER - TY - JOUR AU - Banerji, S. AU - Cibulskis, K. AU - Rangel-Escareno, C. AU - Brown, K. K. AU - Carter, S. L. AU - Frederick, A. M. AU - Lawrence, M. S. AU - Sivachenko, A. Y. AU - Sougnez, C. AU - Zou, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Sequence analysis of mutations and translocations across breast cancer subtypes JO - Nature VL - 486 UR - https://doi.org/10.1038/nature11154 DO - 10.1038/nature11154 ID - Banerji2012 ER - TY - JOUR AU - Pape-Zambito, D. AU - Jiang, Z. AU - Wu, H. AU - Devarajan, K. AU - Slater, C. M. AU - Cai, K. Q. AU - Patchefsky, A. AU - Daly, M. B. AU - Chen, X. PY - 2014 DA - 2014// TI - Identifying a highly-aggressive DCIS subgroup by studying intra-individual DCIS heterogeneity among invasive breast cancer patients JO - PloS ONE VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0100488 DO - 10.1371/journal.pone.0100488 ID - Pape-Zambito2014 ER - TY - JOUR AU - Raphael, B. J. AU - Hruban, R. H. AU - Aguirre, A. J. AU - Moffitt, R. A. AU - Yeh, J. J. AU - Stewart, C. AU - Robertson, A. G. AU - Cherniack, A. D. AU - Gupta, M. AU - Getz, G. PY - 2017 DA - 2017// TI - Integrated genomic characterization of pancreatic ductaladenocarcinoma JO - Cancer Cell VL - 32 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccell.2017.07.007 DO - 10.1016/j.ccell.2017.07.007 ID - Raphael2017 ER - TY - JOUR AU - Yates, L. R. AU - Gerstung, M. AU - Knappskog, S. AU - Desmedt, C. AU - Gundem, G. AU - Van Loo, P. AU - Aas, T. AU - Alexandrov, L. B. AU - Larsimont, D. AU - Davies, H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Subclonal diversification of primary breast cancer revealed by multiregion sequencing JO - Nat Med VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/nm.3886 DO - 10.1038/nm.3886 ID - Yates2015 ER - TY - JOUR AU - Edge, S. B. AU - Compton, C. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - The American Joint Committee on Cancer: the 7th edition of the AJCC cancer staging manual and the future of TNM JO - Ann Surg Oncol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1245/s10434-010-0985-4 DO - 10.1245/s10434-010-0985-4 ID - Edge2010 ER - TY - JOUR AU - Andersen, J. AU - Poulsen, H. S. PY - 1989 DA - 1989// TI - Immunohistochemical estrogen receptor determination in paraffin-embedded tissue. Prediction of response to hormonal treatment in advanced breast cancer JO - Cancer VL - 64 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-W DO - 3.0.CO;2-W ID - Andersen1989 ER - TY - JOUR AU - Perou, C. M. AU - Sorlie, T. AU - Eisen, M. B. AU - van de Rijn, M. AU - Jeffrey, S. S. AU - Rees, C. A. AU - Pollack, J. R. AU - Ross, D. T. AU - Johnsen, H. AU - Akslen, L. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Molecular portraits of human breast tumors JO - Nature VL - 406 UR - https://doi.org/10.1038/35021093 DO - 10.1038/35021093 ID - Perou2000 ER - TY - JOUR PY - 2012 DA - 2012// TI - Comprehensive molecular portraits of human breast tumors JO - Nature VL - 490 UR - https://doi.org/10.1038/nature11412 DO - 10.1038/nature11412 ID - ref13 ER - TY - JOUR AU - Stephens, P. J. AU - Tarpey, P. S. AU - Davies, H. AU - Van Loo, P. AU - Greenman, C. AU - Wedge, D. C. AU - Nik-Zainal, S. AU - Martin, S. AU - Varela, I. AU - Bignell, G. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - The landscape of cancer genes and mutational processes in breast cancer JO - Nature VL - 486 UR - https://doi.org/10.1038/nature11017 DO - 10.1038/nature11017 ID - Stephens2012 ER - TY - JOUR AU - Nik-Zainal, S. AU - Davies, H. AU - Staaf, J. AU - Ramakrishna, M. AU - Glodzik, D. AU - Zou, X. AU - Martincorena, I. AU - Alexandrov, L. B. AU - Martin, S. AU - Wedge, D. C. PY - 2016 DA - 2016// TI - Landscape of somatic mutations in 560 breast cancer whole-genome sequences JO - Nature VL - 534 UR - https://doi.org/10.1038/nature17676 DO - 10.1038/nature17676 ID - Nik-Zainal2016 ER - TY - JOUR AU - Creixell, P. AU - Reimand, J. AU - Haider, S. AU - Wu, G. AU - Shibata, T. AU - Vazquez, M. AU - Mustonen, V. AU - Gonzalez-Perez, A. AU - Pearson, J. AU - Sander, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Pathway and network analysis of cancer genomes JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3440 DO - 10.1038/nmeth.3440 ID - Creixell2015 ER - TY - JOUR AU - Mertins, P. AU - Mani, D. R. AU - Ruggles, K. V. AU - Gillette, M. A. AU - Clauser, K. R. AU - Wang, P. AU - Wang, X. AU - Qiao, J. W. AU - Cao, S. AU - Petralia, F. PY - 2016 DA - 2016// TI - Proteogenomics connects somatic mutations to signalling in breast cancer JO - Nature VL - 534 UR - https://doi.org/10.1038/nature18003 DO - 10.1038/nature18003 ID - Mertins2016 ER - TY - JOUR AU - Lawrence, M. S. AU - Stojanov, P. AU - Mermel, C. H. AU - Robinson, J. T. AU - Garraway, L. A. AU - Golub, T. R. AU - Meyerson, M. AU - Gabriel, S. B. AU - Lander, E. S. AU - Getz, G. PY - 2014 DA - 2014// TI - Discovery and saturation analysis of cancer genes across 21 tumour types JO - Nature VL - 505 UR - https://doi.org/10.1038/nature12912 DO - 10.1038/nature12912 ID - Lawrence2014 ER - TY - JOUR AU - Leiserson, M. D. M. AU - Vandin, F. AU - Wu, H. -. T. AU - Dobson, J. R. AU - Eldridge, J. V. AU - Thomas, J. L. AU - Papoutsaki, A. AU - Kim, Y. AU - Niu, B. AU - McLellan, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Pan-cancer network analysis identifies combinations of rare somatic mutations across pathways and protein complexes JO - Nat Genet VL - 47 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3168 DO - 10.1038/ng.3168 ID - Leiserson2015 ER - TY - JOUR AU - Rudolph, J. D. AU - de Graauw, M. AU - van de Water, B. AU - Geiger, T. AU - Sharan, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Elucidation of signaling pathways from large-scale phosphoproteomic data using protein interaction networks JO - Cell Syst VL - 3 UR - https://doi.org/10.1016/j.cels.2016.11.005 DO - 10.1016/j.cels.2016.11.005 ID - Rudolph2016 ER - TY - JOUR AU - Cowen, L. AU - Ideker, T. AU - Raphael, B. J. AU - Sharan, R. PY - 2017 DA - 2017// TI - Network propagation: a universal amplifier of genetic associations JO - Nat Rev Genet VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/nrg.2017.38 DO - 10.1038/nrg.2017.38 ID - Cowen2017 ER - TY - JOUR AU - Muggerud, A. A. AU - Hallett, M. AU - Johnsen, H. AU - Kleivi, K. AU - Zhou, W. AU - Tahmasebpoor, S. AU - Amini, R. -. M. AU - Botling, J. AU - Børresen-Dale, A. -. L. AU - Sørlie, T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Molecular diversity in ductal carcinoma in situ (DCIS) and early invasive breast cancer JO - Mol Oncol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1016/j.molonc.2010.06.007 DO - 10.1016/j.molonc.2010.06.007 ID - Muggerud2010 ER - TY - JOUR AU - Futreal, P. A. AU - Coin, L. AU - Marshall, M. AU - Down, T. AU - Hubbard, T. AU - Wooster, R. AU - Rahman, N. AU - Stratton, M. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - A census of human cancer genes JO - Nat Rev Cancer VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nrc1299 DO - 10.1038/nrc1299 ID - Futreal2004 ER - TY - JOUR AU - Hurtado, A. AU - Holmes, K. A. AU - Geistlinger, T. R. AU - Hutcheson, I. R. AU - Nicholson, R. I. AU - Brown, M. AU - Jiang, J. AU - Howat, W. AU - Ali, S. AU - Carroll, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Regulation of ERBB2 by oestrogen receptor–PAX2 determines response to tamoxifen JO - Nature VL - 456 UR - https://doi.org/10.1038/nature07483 DO - 10.1038/nature07483 ID - Hurtado2008 ER - TY - JOUR AU - Otto, T. AU - Sicinski, P. PY - 2017 DA - 2017// TI - Cell cycle proteins as promising targets in cancer therapy JO - Nat Rev Cancer VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/nrc.2016.138 DO - 10.1038/nrc.2016.138 ID - Otto2017 ER - TY - JOUR AU - Nehrt, N. L. AU - Peterson, T. A. AU - Park, D. AU - Kann, M. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Domain landscapes of somatic mutations in cancer JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-S4-S9 DO - 10.1186/1471-2164-13-S4-S9 ID - Nehrt2012 ER - TY - JOUR AU - Miller, M. L. AU - Reznik, E. AU - Gauthier, N. P. AU - Aksoy, B. A. AU - Korkut, A. AU - Gao, J. AU - Ciriello, G. AU - Schultz, N. AU - Sander, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Pan-cancer analysis of mutation hotspots in protein domains JO - Cell Syst VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/j.cels.2015.08.014 DO - 10.1016/j.cels.2015.08.014 ID - Miller2015 ER - TY - JOUR AU - Yang, F. AU - Petsalaki, E. AU - Rolland, T. AU - Hill, D. E. AU - Vidal, M. AU - Roth, F. P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Protein domain-level landscape of cancer-type-specific somatic mutations JO - PLoS Comput Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004147 DO - 10.1371/journal.pcbi.1004147 ID - Yang2015 ER - TY - JOUR AU - Kamal, M. AU - Shaaban, A. M. AU - Zhang, L. AU - Walker, C. AU - Gray, S. AU - Toomes, C. AU - Speirs, V. AU - Bell, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Loss of CSMD1 expression is associated with high tumor grade and poor survival in invasive ductal breast carcinoma JO - Breast Cancer Res Treat VL - 121 UR - https://doi.org/10.1007/s10549-009-0500-4 DO - 10.1007/s10549-009-0500-4 ID - Kamal2010 ER - TY - JOUR AU - Nooter, K. AU - De La Riviere, G. B. AU - Look, M. P. AU - van Wingerden, K. E. AU - Henzen-Logmans, S. C. AU - Scheper, R. J. AU - Flens, M. J. AU - Klijn, J. G. M. AU - Stoter, G. AU - Foekens, J. A. PY - 1997 DA - 1997// TI - The prognostic significance of expression of the multidrug resistance-associated protein (MRP) in primary breast cancer JO - British J Cancer VL - 76 UR - https://doi.org/10.1038/bjc.1997.414 DO - 10.1038/bjc.1997.414 ID - Nooter1997 ER - TY - JOUR AU - Pawson, T. AU - Gish, G. D. AU - Nash, P. PY - 2001 DA - 2001// TI - SH2 domains, interaction modules and cellular wiring JO - Trends Cell Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/S0962-8924(01)02154-7 DO - 10.1016/S0962-8924(01)02154-7 ID - Pawson2001 ER - TY - JOUR AU - Eck, M. J. AU - Shoelson, S. E. AU - Harrison, S. C. PY - 1993 DA - 1993// TI - Recognition of a high-affinity phosphotyrosyl peptide by the Src homology-2 domain of p56lck JO - Nature VL - 362 UR - https://doi.org/10.1038/362087a0 DO - 10.1038/362087a0 ID - Eck1993 ER - TY - JOUR AU - Forbes, S. A. AU - Beare, D. AU - Boutselakis, H. AU - Bamford, S. AU - Bindal, N. AU - Tate, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - COSMIC: somatic cancer genetics at high-resolution JO - Nucleic Acids Res VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw1121 DO - 10.1093/nar/gkw1121 ID - Forbes2016 ER - TY - JOUR AU - Saffran, D. C. AU - Parolini, O. AU - Fitch-Hilgenberg, M. E. AU - Rawlings, D. J. AU - Afar, D. AU - Witte, O. N. AU - Conley, M. E. PY - 1994 DA - 1994// TI - A point mutation in the SH2 domain of Bruton’s tyrosine kinase in atypical X-linked agammaglobulinemia JO - New England J Med VL - 330 UR - https://doi.org/10.1056/NEJM199405263302104 DO - 10.1056/NEJM199405263302104 ID - Saffran1994 ER - TY - JOUR AU - Tartaglia, M. AU - Mehler, E. L. AU - Goldberg, R. AU - Zampino, G. AU - Brunner, H. G. AU - Kremer, H. AU - van der Burgt, I. AU - Crosby, A. AU - Ion, A. AU - Jeffery, S. AU - Kalidas, K. AU - Patton, M. AU - Kucherlapati, R. AU - Gelb, B. PY - 2001 DA - 2001// TI - Mutations in PTPN11, encoding the protein tyrosine phosphatase SHP-2, cause Noonan syndrome JO - Nat Genet VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/ng772 DO - 10.1038/ng772 ID - Tartaglia2001 ER - TY - JOUR AU - Ciriello, G. AU - Gatza, M. L. AU - Beck, A. H. AU - Wilkerson, M. D. AU - Rhie, S. K. AU - Pastore, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Comprehensive molecular portraits of invasive lobular breast cancer JO - Cell VL - 163 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.09.033 DO - 10.1016/j.cell.2015.09.033 ID - Ciriello2015 ER - TY - JOUR AU - Jackson, R. A. AU - Chen, E. S. PY - 2016 DA - 2016// TI - Synthetic lethal approaches for assessing combinatorial efficacy of chemotherapeutic drugs JO - Pharmacol Ther VL - 162 UR - https://doi.org/10.1016/j.pharmthera.2016.01.014 DO - 10.1016/j.pharmthera.2016.01.014 ID - Jackson2016 ER - TY - JOUR AU - Tokheim, C. J. AU - Papadopoulos, N. AU - Kinzler, K. W. AU - Vogelstein, B. AU - Karchin, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Evaluating the evaluation of cancer driver genes JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 113 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1616440113 DO - 10.1073/pnas.1616440113 ID - Tokheim2016 ER -