Table 3 Histone marks present in scleroderma-associated haplotypes
Haplotype Block | SNP | B cell | Fibroblast | HUVEC | Monocyte | T cell | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
H3K27ac† | H3K4me1 | H3K4me3 | H3K27ac | H3K4me1† | H3K4me3 | H3K27ac | H3K4me1 | H3K4me3 | H3K27ac† | H3K4me1† | H3K4me3† | H3K27ac† | H3K4me1 | H3K4me3 | ||
p val | 0.002 | 0.018 | 0.186 | 0.030 | 0.006 | 0.015 | 0.041 | 0.068 | 0.180 | 0.003 | 0.007 | 0.010 | 0.008 | 0.025 | 0.089 | |
chr1:67340123–67361333 | rs3790567 | – | – | – | – | Y | – | – | – | – | – | – | – | – | – | – |
chr1:167448647–167467063 | rs2056626 | – | Y | Y | Y | Y | Y | – | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | – |
chr1:173222336–173287411 | rs2205960 | – | – | – | Y | Y | – | Y | Y | – | – | Y | – | – | – | – |
chr2:191035723–191071078 | rs3821236 | – | – | – | Y | Y | – | Y | Y | – | Y | Y | Y | – | Y | – |
chr3:159907604–159976265 | rs77583790 | Y | Y | Y | Y | Y | – | Y | Y | – | Y | Y | Y | – | – | Y |
chr6:106181815–106339294 | rs9373839 | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | – |
chr6:137849452–137921300 | rs5029939 | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | – |
chr7:128945562–129071820 | rs10488631 | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
chr15:74751897–74821981 | rs1378942 | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y |
chr16:85956661–85958099 | rs11642873 | – | – | – | – | – | – | – | – | – | – | – | – | – | – | – |
chr19:18068862–18092777 | rs2305743 | Y | Y | Y | Y | Y | – | – | – | – | Y | Y | Y | Y | Y | Y |