From: Comparative analysis of somatic variant calling on matched FF and FFPE WGS samples
Patient ID | Strelka2 | Mutect2 | VarScan2 | Shimmer | At least 2 | |||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
FF | FFPE | FF | FFPE | FF | FFPE | FF | FFPE | FF | FFPE | |
UZ001 | 0.1419 | 0.0847 | 0.1024 | 0.0757 | 0.2010 | 0.0981 | 0.3252* | 0.6759* | 0.0822 | 0.0936 |
GeL007 | 0.1626 | 0.5381* | 0.1285 | 0.1824 | 0.3843 | 0.1981 | 0.1555 | 0.1863 | 0.0714 | 0.1132 |
GeL008 | 0.2133 | 0.1377 | 0.1302 | 0.2501 | 0.4345 | 0.1925 | 0.2466* | 0.1631 | 0.0796 | 0.1704 |
GeL024 | 0.4953 | 0.3111 | 0.1244 | 0.1261 | 0.5331 | 0.2191 | 0.1882 | 0.0556 | 0.1050 | 0.0899 |
GeL028 | 0.1344 | 0.1670 | 0.1041 | 0.0938 | 0.4947 | 0.1503 | 0.1152 | 0.0509 | 0.0666 | 0.0859 |
GeL004 | 0.2067 | 0.2896 | 0.1099 | 0.1611 | 0.3565 | 0.0932 | 0.1940 | 0.3090 | 0.0590 | 0.0775 |
GeL032 | 0.1164 | 0.1168 | 0.0833 | 0.2664 | 0.4955 | 0.1528 | 0.1474 | 0.3310 | 0.0747 | 0.0506 |
GeL065 | 0.1047 | 0.1686 | 0.0580 | 0.1127 | 0.1180 | 0.1425 | 0.1662 | 0.1458 | 0.1574 | 0.0816 |
GeL300 | 0.0822 | 0.2095 | 0.0781 | 0.0827 | 0.0583 | 0.0758 | 0.1022 | 0.1120 | 0.0544 | 0.0558 |
GeL365 | 0.0886 | 0.1701 | 0.0662 | 0.1192 | 0.0862 | 0.1051 | 0.0894 | 0.1362 | 0.0331 | 0.0436 |
Mean | 0.1746 | 0.2200 | 0.0985 | 0.1201 | 0.3162 | 0.1402 | 0.1730 | 0.2030 | 0.0783 | 0.0817 |