Skip to main content

Table 10 Artefact contribution to the mutational profiles of the FF and the FFPE sample per caller. Values with an asterisk are artefact estimates based on reconstructed mutation profiles with a cosine similarity below 0.9 with the original mutation profiles. These may be unreliable (see Methods)

From: Comparative analysis of somatic variant calling on matched FF and FFPE WGS samples

Patient ID

Strelka2

Mutect2

VarScan2

Shimmer

At least 2

FF

FFPE

FF

FFPE

FF

FFPE

FF

FFPE

FF

FFPE

UZ001

0.1419

0.0847

0.1024

0.0757

0.2010

0.0981

0.3252*

0.6759*

0.0822

0.0936

GeL007

0.1626

0.5381*

0.1285

0.1824

0.3843

0.1981

0.1555

0.1863

0.0714

0.1132

GeL008

0.2133

0.1377

0.1302

0.2501

0.4345

0.1925

0.2466*

0.1631

0.0796

0.1704

GeL024

0.4953

0.3111

0.1244

0.1261

0.5331

0.2191

0.1882

0.0556

0.1050

0.0899

GeL028

0.1344

0.1670

0.1041

0.0938

0.4947

0.1503

0.1152

0.0509

0.0666

0.0859

GeL004

0.2067

0.2896

0.1099

0.1611

0.3565

0.0932

0.1940

0.3090

0.0590

0.0775

GeL032

0.1164

0.1168

0.0833

0.2664

0.4955

0.1528

0.1474

0.3310

0.0747

0.0506

GeL065

0.1047

0.1686

0.0580

0.1127

0.1180

0.1425

0.1662

0.1458

0.1574

0.0816

GeL300

0.0822

0.2095

0.0781

0.0827

0.0583

0.0758

0.1022

0.1120

0.0544

0.0558

GeL365

0.0886

0.1701

0.0662

0.1192

0.0862

0.1051

0.0894

0.1362

0.0331

0.0436

Mean

0.1746

0.2200

0.0985

0.1201

0.3162

0.1402

0.1730

0.2030

0.0783

0.0817