Table 1 Comparison of genomic alterations pre- and post-pazopanib resistance
Gene Name | Panel1 | WES1 | WES2 | Impact of Mutation | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
cDNA change | aa change | mutant reads | coverage | VAF | cDNA change | aa change | mutant reads | coverage | VAF | cDNA change | aa change | mutant reads | coverage | VAF | ||
FGFR3 | NA | FGFR3-TACC3 | 900 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | Clinical significance |
ACVR1B | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.85G > A | V29I | 9 | 218 | 0.04 | Unknown significance |
ADGRA2 | c.G3010C | G1004R | 43 | 782 | 0.06 | NA | NA | NA | NA | NA | c.1883C > G | S628C | 9 | 228 | 0.04 | Unknown significance |
AKT3 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.432A > G | T144T | 8 | 111 | 0.07 | Unknown significance |
ARHGAP26 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.2155C > T | R719W | 15 | 331 | 0.05 | Confirmed somatic |
ARID1A | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.352A > C | T118P | 11 | 110 | 0.10 | Unknown significance |
c.780_782delCTC | S261del | 16 | 179 | 0.09 | Unknown significance | |||||||||||
c.1040_1041insAGC | A347dup | 13 | 154 | 0.08 | Unknown significance | |||||||||||
c.457C > G | P153A | 9 | 191 | 0.05 | Confirmed somatic | |||||||||||
ARID1B | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.832G > A | G278S | 23 | 272 | 0.09 | Unknown significance |
c.884G > A | C295Y | 19 | 273 | 0.07 | Unknown significance | |||||||||||
c.1437G > A | M479I | 7 | 131 | 0.05 | Unknown significance | |||||||||||
c.1189 T > G | S397A | 5 | 172 | 0.03 | Unknown significance | |||||||||||
ATM | NA | NA | NA | NA | NA | c.2395G > A | A799T | 13 | 162 | 0.08 | NA | NA | NA | NA | NA | Confirmed somatic |
CDK12 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.1489G > T | A497S | 11 | 172 | 0.06 | Unknown significance |
CDK6 | NA | NA | NA | NA | NA | c.378G > T | M126I | 6 | 151 | 0.04 | c.378G > T | M126I | 8 | 179 | 0.05 | Unknown significance |
CDK8 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.703C > T | H235Y | 5 | 206 | 0.02 | Unknown significance |
CHD4 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.226A > T | M76L | 6 | 69 | 0.09 | Unknown significance |
CREBBP | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.146_148delGAG | G49del | 5 | 226 | 0.02 | Unknown significance |
CSNK1A1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.505A > C | T169P | 5 | 178 | 0.03 | Unknown significance |
CUL3 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.464A > T | D155V | 32 | 98 | 0.33 | Unknown significance |
DICER1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.1A > T | M1L | 7 | 90 | 0.08 | Potential clinical significance |
DPYD | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.170A > G | N57S | 6 | 283 | 0.02 | Unknown significance |
c.229A > G | M77V | 8 | 410 | 0.02 | Unknown significance | |||||||||||
EP300 | c.670C > T | Q224* | 628 | 969 | 0.65 | c.670C > T | Q224* | 27 | 95 | 0.28 | c.670C > T | Q224* | 137 | 143 | 0.96 | Potential clinical significance |
EPHA5 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.1803A > T | E601D | 5 | 106 | 0.05 | Unknown significance |
ERBB3 | c.G2641C | E881Q | 155 | 960 | 0.16 | NA | NA | NA | NA | NA | c.2641G > C | E881Q | 46 | 142 | 0.32 | Unknown significance |
ETV1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.68A > C | N23T | 6 | 146 | 0.04 | Unknown significance |
EWSR1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.898A > T | M300L | 6 | 82 | 0.07 | Unknown significance |
c.988A > C | M330L | 6 | 142 | 0.04 | Unknown significance | |||||||||||
EXT1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.[876 T > C;877G > T] | [V292V;V293L] | 12 | 453 | 0.03 | Unknown significance |
FAM135B | c.1898 T > A | L633* | 257 | 975 | 0.26 | c.1898 T > A | L633* | 5 | 144 | 0.04 | c.1898 T > A | L633* | 67 | 318 | 0.21 | Potential clinical significance |
FANCD2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.719C > A | S240* | 8 | 164 | 0.05 | Potential clinical significance |
c.859C > T | H287Y | 8 | 249 | 0.03 | Unknown significance | |||||||||||
FAT3 | NA | NA | NA | NA | NA | c.6854C > A | P2285H | 16 | 141 | 0.11 | c.6854C > A | P2285H | 61 | 303 | 0.20 | Unknown significance |
FLT1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.2515G > T | G839* | 57 | 289 | 0.20 | Unknown significance |
FOXP1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.1625A > T | K542I | 12 | 150 | 0.08 | Unknown significance |
GATA6 | c.G551A | S184N | 26 | 338 | 0.08 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | Potential clinical significance |
GLI2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.4112C > T | P1371L | 6 | 197 | 0.03 | Unknown significance |
HRAS | c.A422C | Y141S | 32 | 626 | 0.05 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | Unknown significance |
IGF2 | c.20A > C | Q7P | 94 | 445 | 0.21 | c.20A > C | Q7P | 12 | 153 | 0.08 | c.20A > C | Q7P | 105 | 217 | 0.48 | Unknown significance |
IKZF1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.346G > C | D116H | 6 | 276 | 0.02 | Unknown significance |
KAT6A | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.4769G > T | G1590V | 20 | 349 | 0.06 | Unknown significance |
KDM5A | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.396G > A | M132I | 10 | 304 | 0.03 | Unknown significance |
KDM6A | c.2700_2724del | H848Qfs*11 | 499 | 1026 | 0.49 | c.2700_2724del | H900Qfs*11 | 46 | 318 | 0.15 | c.2700_2724del | H900Qfs*11 | 260 | 267 | 0.97 | Potential clinical significance |
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.2327 T > C | I776T | 12 | 156 | 0.08 | Unknown significance | |
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.1423 T > C | S475P | 8 | 113 | 0.07 | Unknown significance | |
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.2038G > A | A680T | 9 | 163 | 0.06 | Unknown significance | |
LIMK1 | NA | NA | NA | NA | NA | c.695G > A | R232Q | 7 | 214 | 0.03 | NA | NA | NA | NA | NA | Unknown significance |
LRP1 | NA | NA | NA | NA | NA | c.9730G > A | V3244I | 5 | 213 | 0.02 | NA | NA | NA | NA | NA | Confirmed somatic |
NCOR1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.5609C > A | T1870N | 14 | 150 | 0.09 | Confirmed somatic |
NF1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.4154A > G | K1385R | 20 | 234 | 0.09 | Unknown significance |
NFIB | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.1346G > C | S449T | 13 | 292 | 0.05 | Unknown significance |
NKX2–1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.16A > G | S6G | 5 | 219 | 0.02 | Unknown significance |
NRG3 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.2090G > A | E355D | 6 | 128 | 0.05 | Confirmed somatic |
NSD1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.155_157dupCTG | T52ins | 23 | 273 | 0.08 | Unknown significance |
c.158 T > C | V53A | 5 | 152 | 0.03 | Unknown significance | |||||||||||
NTRK3 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.1698A > T | P541S | 27 | 101 | 0.27 | Unknown significance |
PLAG1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.53 T > C | V18A | 10 | 245 | 0.04 | Confirmed somatic |
RANBP2 | c.G3469C | D1157H | 123 | 832 | 0.15 | NA | NA | NA | NA | NA | c.2591C > A | D1157H | 101 | 276 | 0.37 | Unknown significance |
RHOA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.209G > T | E186K | 15 | 144 | 0.10 | Unknown significance |
SMARCA4 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.1930G > A | A1423A | 7 | 277 | 0.03 | Unknown significance |
SSX1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.358G > A | K153N | 136 | 257 | 0.53 | Unknown significance |
TCF7L2 | NA | NA | NA | NA | NA | c.670G > A | V224I | 5 | 198 | 0.03 | c.670G > A | S467A | 13 | 172 | 0.08 | Unknown significance |
TEK | c.C3251A | S1084* | 63 | 474 | 0.13 | NA | NA | NA | NA | NA | c.2932G > A | S1084* | 40 | 129 | 0.31 | Unknown significance |
TERT | NA | NA | NA | NA | NA | c.1520A > T | E507V | 21 | 348 | 0.06 | c.2105C > T | E507V | 130 | 645 | 0.20 | Unknown significance |
TP53 | c.772G > A | E258K | 235 | 460 | 0.51 | c.772G > A | E258K | 53 | 241 | 0.22 | c.31G > A | E258K | 121 | 128 | 0.95 | Potential clinical significance |
ZNF703 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | c.58A > G | G21ins | 54 | 599 | 0.09 | Unknown significance |